Job Description P0AD68 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:20:08 GMT 2012 Rank 5 Aligned Residues 479 % Identity 22% Template c1mwuA_ PDB info PDB header:biosynthetic protein Chain: A: PDB Molecule:penicillin-binding protein 2a; PDBTitle: structure of methicillin acyl-penicillin binding protein 2a2 from methicillin resistant staphylococcus aureus strain3 27r at 2.60 a resolution. Resolution 2.60 Å

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		55	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.			.
Predicted Secondary structure																																																																															.	.
Query SS confidence																																																																															.	.
Query Sequence		K	E	G	D	M	R	S	L	R	V	Q	Q	V	S	T	S	R	G	M	I	T	D	R	S	G	R	P	L	A	V	S	V	P	V	K	A	I	W	A	D	P	K	E	V	H	D	A	G	G	I	S	V	G	D	R	W	K	A	L	A	N	A	L	N	I	P	L	D	Q	L	S	A	R	I	N	A	N	.	.	P
Query Conservation																																																																															.	.
Alig confidence																																																		.	.	.	.	.	.	.																							.	.
Template Conservation																																																		.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		G	M	Q	K	D	Q	S	I	H	I	E	N	L	K	S	E	R	G	K	I	L	D	R	N	N	V	E	L	A	N	T	G	T	A	Y	E	I	G	I	V	P	K	N	V	S	K	K	D	.	.	.	.	.	.	.	Y	K	A	I	A	K	E	L	S	I	S	E	D	Y	I	K	Q	Q	M	D	Q	N	W	V	Q
Template Known Secondary structure		T			S	S																		T	T																	T	T	T			T	T	T	.	.	.	.	.	.	.								T	T											T	S	T	T
Template Predicted Secondary structure																																																		.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		135	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.								.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.
		133	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.																		.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		K	G	R	F	I	Y	L	A	R	Q	V	N	P	D	M	A	D	Y	I	K	K	L	K	L	P	G	I	H	L	R	E	E	S	R	R	Y	Y	P	S	G	E	V	T	A	H	L	I	G	F	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	N	V	D	S	Q	G	I	E	G	V	E	K	S
Query Conservation																																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence										.																																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation										.
Template Sequence		D	D	T	F	V	P	L	K	.	T	V	K	K	M	D	E	Y	L	S	D	F	A	K	K	F	H	L	T	T	N	E	T	E	S	R	N	Y	P	L	E	K	A	T	S	H	L	L	G	Y	V	G	P	I	N	S	E	E	L	K	Q	K	E	Y	K	G	Y	K	D	D	A	V	I	G	K	K	G	L	E	K	L
Template Known Secondary structure		T	T							.			S	S											T	T	T												T	T	G	G	G	G												T	T	T	T	T	S	G	G	G	T	T			S	S						S
Template Predicted Secondary structure										.
Template SS confidence
		208	.	210	.	.	.	.	.		.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.
		196	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.		.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																									.
Query SS confidence																									.
Query Sequence		F	D	K	W	L	T	G	Q	P	G	E	R	I	V	R	K	D	R	Y	G	R	V	I	.	E	D	I	S	S	T	D	S	Q	A	A	H	N	L	A	L	S	I	D	E	R	L	Q	A	L	V	Y	R	E	L	N	N	A	V	A	F	N	K	A	E	S	G	S	A	V	L	V	D	V	N	T	G	E	V	L	A
Query Conservation																									.
Alig confidence																									.																															.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																								.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		Y	D	K	K	L	Q	H	E	D	G	Y	R	V	T	I	V	D	D	N	S	N	T	I	A	H	T	L	I	E	K	K	K	K	D	G	K	D	I	Q	L	T	I	D	A	K	V	Q	K	S	I	Y	N	N	M	.	.	.	.	.	.	.	K	N	D	Y	G	S	G	T	A	I	H	P	Q	T	G	E	L	L	A
Template Known Secondary structure		T							B										T	T	T													B							B	S												T	T	.	.	.	.	.	.	.	T	T	S									T	T	T		B
Template Predicted Secondary structure																																																								.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		287	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340								.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		275	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.													.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.		.	.	.	.	.	.	340	.
Predicted Secondary structure														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																.
Query SS confidence														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																.
Query Sequence		M	A	N	S	P	S	Y	N	P	N	N	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	G	T	P	K	E	A	M	R	N	R	T	I	T	D	V	F	E	P	G	S	T	V	K	P	M	V	V	M	T	A	L	Q	R	G	V	V	R	E	N	S	V	L	N	T	I	P	.	Y	R	I	N	G	H	E	I
Query Conservation														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																.
Alig confidence														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																.					.																											.
Template Conservation																																									.					.
Template Sequence		L	V	S	T	P	S	Y	D	V	Y	P	F	M	Y	G	M	S	N	E	E	Y	N	K	L	T	E	D	K	K	E	P	L	L	N	K	F	Q	I	T	.	T	S	P	G	.	T	Q	K	I	L	T	A	M	I	G	L	N	N	K	T	L	D	D	K	T	S	Y	K	I	D	G	K	G	W	Q	K	D	K	S	W
Template Known Secondary structure						S				S																			T	T		T	T	S		T	T	T	S		.	B				.														T	S			T	T							S	S				S	S	G	G	G
Template Predicted Secondary structure																																									.					.
Template SS confidence
		360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.		.	400	.	.		.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.
		342	.	.							.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure					.	.	.	.	.	.
Query SS confidence					.	.	.	.	.	.
Query Sequence		K	D	V	.	.	.	.	.	.	A	R	Y	S	E	L	T	L	T	G	V	L	Q	K	S	S	N	V	G	V	S	K	L	A	L	A	M	P	S	S	A	L	V	D	T	Y	S	R	F	G	L	G	K	A	T	N	L	G	L	V	G	E	R	S	G	L	Y	P	Q	K	Q	R	W	S	D	I	E	R	A	T	F
Query Conservation					.	.	.	.	.	.
Alig confidence					.	.	.	.	.	.																																																											.	.
Template Conservation																																																																					.	.
Template Sequence		G	G	Y	N	V	T	R	Y	E	V	V	N	G	N	I	D	L	K	Q	A	I	E	S	S	D	N	I	F	F	A	R	V	A	L	E	L	G	S	K	K	F	E	K	G	M	K	K	L	G	V	G	E	D	I	P	S	D	Y	P	F	Y	N	A	Q	I	S	N	.	.	N	L	D	N	E	I	L	L	A	D	S
Template Known Secondary structure		T	T						S	S														T	T																									T	T	T	S				S	S	S						B	S			.	.		T	T	S
Template Predicted Secondary structure																																																																					.	.
Template SS confidence
		439	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.			.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.
		416	.	.	.	420		.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.		440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.
Predicted Secondary structure							.																				.
Query SS confidence							.																				.
Query Sequence		S	F	G	Y	G	.	L	M	V	T	P	L	Q	L	A	R	V	Y	A	T	I	G	S	Y	G	.	I	Y	R	P	L	S	I	T	K	V	D	P	P	V	P	G	E	R	V	F	P	E	S	I	V	R	T	V	V	H	M	M	E	S	V	A	L	P	G	G	G	G	V	K	A	A	I	K	G	Y	R	I	A	I
Query Conservation							.																				.
Alig confidence							.																				.																																							.
Template Conservation																																																																		.
Template Sequence		G	Y	G	Q	G	E	I	L	I	N	P	V	Q	I	L	S	I	Y	S	A	L	E	N	N	G	N	I	N	A	P	H	L	L	K	D	T	K	N	K	V	W	K	K	N	I	I	S	K	E	N	I	N	L	L	T	D	G	M	Q	Q	V	V	N	K	.	T	H	K	E	D	I	Y	R	S	Y	A	N	L	I	G
Template Known Secondary structure		T	T	T		S	S		B	B											G	G	G	T	T	T						B		B	S	S	S							S		S	S																		T	.	T	T	T	T	T	T			T	T	S
Template Predicted Secondary structure																																																																		.
Template SS confidence
		518	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.		.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.
		494	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		K	T	G	T	A	K	K	V	G	P	D	G	R	Y	I	N	K	Y	I	A	Y	T	A	G	V	A	P	A	S	Q	P	R	F	A	L	V	V	V	I	N	D	P	Q	A	G	K	Y	Y	G	G	A	V	S	A	P	V	F	G	A	I	M	G	G	V	L	R	T	M	N	I	E	P	D
Query Conservation
Alig confidence									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.									.																					.	.
Template Conservation									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.									.																					.	.
Template Sequence		K	S	G	T	A	E	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Q	I	G	W	F	I	S	Y	.	D	K	D	N	P	N	M	M	M	A	I	N	V	K	D	V	Q	D	K	G	.	.	M	A	S	Y	N	A	K	I	S	G	K	V	Y	D	E	L	Y	E	N	G	N	K	K	Y	D
Template Known Secondary structure									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.									.		T	T	S		S											T	T	T	T	.	.	T																T	G	G	G	T	S
Template Predicted Secondary structure									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.									.																					.	.
Template SS confidence
		597	.	.	600	.	.	.											.	.	.	.	.	.	610	.		.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.			.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.