Job Description P0A825 Confidence 99.96% Date Thu Jan 5 11:06:42 GMT 2012 Rank 130 Aligned Residues 375 % Identity 14% Template c3ihjA_ PDB info PDB header:transferase Chain: A: PDB Molecule:alanine aminotransferase 2; PDBTitle: human alanine aminotransferase 2 in complex with plp Resolution 2.30 Å

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		4	.	.	.	.	.	10	.	.	.												.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.					.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.
Predicted Secondary structure												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																								.	.	.	.																										.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																								.	.	.	.																										.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		R	E	M	N	I	A	D	Y	D	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	E	L	W	Q	A	M	E	Q	E	K	V	R	Q	E	E	H	I	E	L	I	A	S	E	.	.	.	.	N	Y	T	S	P	R	V	M	Q	A	Q	G	S	Q	L	T	N	K	Y	A	E	G	Y	P	G	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																								.	.	.	.																										.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																								.	.	.	.				.																						.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																					.
Template Sequence		Q	S	M	T	L	E	S	M	N	P	Q	V	K	A	V	E	Y	A	V	R	G	P	I	V	L	K	A	G	E	I	E	L	E	L	Q	R	G	I	K	K	P	F	T	E	V	I	R	A	N	P	I	.	T	F	L	R	Q	V	M	A	L	C	T	Y	P	N	L	L	D	S	P	S	F	P	E	D	A	K	K	R
Template Known Secondary structure										T	T																										T	T				S	S	S	S		B						.													G	G	G	G	G		S	S	S
Template Predicted Secondary structure																																																					.
Template SS confidence
		46	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.		.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.
				62	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.				.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.		.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.					.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.
Predicted Secondary structure		.	.																									.	.	.														.																		.	.	.	.
Query SS confidence		.	.																									.	.	.														.																		.	.	.	.
Query Sequence		.	.	K	R	Y	Y	G	G	C	E	Y	V	D	I	V	E	Q	L	A	I	D	R	A	K	E	L	.	.	.	F	G	A	D	Y	A	N	V	Q	P	H	S	G	.	S	Q	A	N	F	A	V	Y	T	A	L	L	E	P	G	D	T	.	.	.	.	V	L	G	M	N	L	A	H	G	G	H	L	T	H	G	S
Query Conservation		.	.																									.	.	.														.																		.	.	.	.
Alig confidence		.	.																									.	.	.														.																		.	.	.	.										.	.	.
Template Conservation																																																																											.	.	.
Template Sequence		A	R	R	I	L	Q	A	C	S	Q	G	V	N	C	I	R	E	D	V	A	A	Y	I	T	R	R	D	G	G	V	P	A	D	P	D	N	I	Y	L	T	T	G	A	S	D	G	I	S	T	I	L	K	I	L	V	S	G	G	G	K	S	R	T	G	V	M	I	P	I	P	Q	Y	P	.	.	.	L	Y	S	A
Template Known Secondary structure												S																T	T	T					G	G	G					S	S																	G	G	G	S								S			T	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																																											.	.	.
Template SS confidence
		135	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.				.	.	210	.
		132	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.						.	.	.	.	.	170	.	.	.	.		.	.	.	.	.	180	.	.				.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.
Predicted Secondary structure																																			.	.	.	.	.											.									.	.	.
Query SS confidence																																			.	.	.	.	.											.									.	.	.
Query Sequence		P	V	N	F	S	G	K	L	Y	N	I	V	P	Y	G	I	D	A	T	G	H	I	D	Y	A	D	L	E	K	Q	A	K	E	.	.	.	.	.	H	K	P	K	M	I	I	G	G	F	.	S	A	Y	S	G	V	V	D	.	.	.	W	A	K	M	R	E	I	A	D	S	I	G	A	Y	L	F	V	D	M	A
Query Conservation																																			.	.	.	.	.											.									.	.	.
Alig confidence																																			.	.	.	.	.											.									.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		V	I	S	E	L	D	A	I	Q	V	N	Y	Y	L	D	E	E	N	C	W	A	L	N	V	N	E	L	R	R	A	V	Q	E	A	K	D	H	C	D	P	K	V	L	C	I	I	N	P	G	N	P	T	G	Q	V	Q	S	R	K	C	I	E	D	V	I	H	F	A	W	E	E	K	L	F	L	L	A	D	E	V
Template Known Secondary structure						T	T									B	G	G	G	T	T	B														T	T	T	S									S	S		T	T	T																				T								T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		222	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.
		203	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.														.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.				.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																.	.	.
Query SS confidence																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																.	.	.
Query Sequence		H	V	A	G	L	V	A	A	G	V	Y	P	N	P	V	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	P	H	A	H	V	V	T	T	T	T	H	K	T	L	A	.	.	.	G	P	R	G	G	L	I	L	A	K	G	G	S	E	E	L	Y	K	K	L	N	S	A	V	F	P	G	G	Q	G	G	P	L	M
Query Conservation																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																.	.	.
Alig confidence																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		Y	Q	D	N	V	Y	S	P	D	C	R	F	H	S	F	K	K	V	L	Y	E	M	G	P	E	Y	S	S	N	V	E	L	A	S	F	H	S	T	S	K	G	Y	M	G	E	C	G	Y	R	G	G	Y	M	E	V	I	N	L	H	P	E	I	K	G	Q	L	V	K	L	L	S	V	R	L	C	P	P	V	S	G
Template Known Secondary structure		T	T	T		B			T	T													T						T	T									S	S	S	S	T	T			S	S	S									S																S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		302	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.
		267	.	.	270	.	.	.	.	.								.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.		.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.													.	.
Predicted Secondary structure											.	.	.	.	.	.	.																															.																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence											.	.	.	.	.	.	.																															.																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		H	V	I	A	G	K	A	V	A	.	.	.	.	.	.	.	L	K	E	A	M	E	P	E	F	K	T	Y	Q	Q	Q	V	A	K	N	A	K	A	M	V	E	V	F	L	E	R	.	G	Y	K	V	V	S	G	G	T	D	N	H	L	F	L	V	D	L	V	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	K
Query Conservation											.	.	.	.	.	.	.																															.																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence											.	.	.	.	.	.	.																															.										.										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																										.
Template Sequence		Q	A	A	M	D	I	V	V	N	P	P	V	A	G	E	E	S	F	E	Q	F	S	R	E	K	E	S	V	L	G	N	L	A	K	K	A	K	L	T	E	D	L	F	N	Q	V	P	G	I	H	C	N	P	L	Q	G	.	A	M	Y	A	F	P	R	I	F	I	P	A	K	A	V	E	A	A	Q	A	H	Q	M
Template Known Secondary structure									T					T	T	S	T	T																												T	S	T	T								B	.	S	S																			T	T	S
Template Predicted Secondary structure																																																										.
Template SS confidence
		382	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.		.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460
		327	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		N	L	T	G	K	E	A	D	A	A	L	G	R	A	N	I	T	V	N	K	N	S	V	P	N	D	P	K	S	P	F	V	T	S	G	I	R	V	G	T	P	A	I	T	R	R	G	F	K	E	A	E	A	K	E	L	A	G	W	M	C	D	V	L	D	S
Query Conservation
Alig confidence																															.	.	.									.	.	.	.	.	.
Template Conservation																															.	.	.									.	.	.	.	.	.
Template Sequence		A	P	D	M	F	Y	C	M	K	L	L	E	E	T	G	I	C	V	V	P	G	S	G	F	G	Q	R	E	G	.	.	.	T	Y	H	F	R	M	T	I	.	.	.	.	.	.	L	P	P	V	E	K	L	K	T	V	L	Q	K	V	K	D	F	H	I	N
Template Known Secondary structure																	B					G	G	G	T				T	T	.	.	.			B						.	.	.	.	.	.		S
Template Predicted Secondary structure																															.	.	.									.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		461	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.				490	.	.	.	.	.	.	.							.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.