Job Description P76115 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 12:19:07 GMT 2012 Rank 8 Aligned Residues 636 % Identity 20% Template d1kmoa_ SCOP info Transmembrane beta-barrels Porins Ligand-gated protein channel Resolution 2.00

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		28	.	30	.	.	.					.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.				.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100
Predicted Secondary structure								.	.	.	.																																																						.	.	.
Query SS confidence								.	.	.	.																																																						.	.	.
Query Sequence		T	M	I	V	S	A	.	.	.	.	A	P	Q	V	V	S	E	L	D	T	P	A	A	V	S	V	V	D	G	E	E	M	R	L	A	T	P	R	I	N	L	S	E	S	L	T	G	V	P	G	L	Q	V	Q	N	R	Q	N	Y	A	Q	D	L	.	.	.	Q	L	S	I	R	G	F	G	S	R	S	T	Y	G
Query Conservation								.	.	.	.																																																						.	.	.
Alig confidence								.	.	.	.																										.																												.	.	.													.	.
Template Conservation																																					.																																											.	.
Template Sequence		A	L	T	V	V	G	D	W	L	G	D	A	R	E	N	D	V	F	E	H	A	G	A	R	D	V	I	R	R	E	D	F	A	K	T	.	G	A	T	T	M	R	E	V	L	N	R	I	P	G	V	S	A	P	E	N	N	G	T	G	S	H	D	L	A	M	N	F	G	I	R	G	L	N	P	R	L	A	.	.
Template Known Secondary structure									S	S	T	T								T		S	S							G	G	G	T	G	G	G	.	T			S						T	T	S	T	T						S	B	T	T	B		S	T	T	S						T	T	S			G	G	G	.	.
Template Predicted Secondary structure																																					.																																											.	.
Template SS confidence
		81	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.		.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.
		101	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.				.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.		.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.			170	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																		.	.	.																														.																									.	.
Query SS confidence																		.	.	.																														.																									.	.
Query Sequence		I	R	G	I	R	L	Y	V	D	G	I	P	A	T	M	P	.	.	.	D	G	Q	G	Q	T	S	N	I	D	L	S	S	V	Q	N	V	E	V	L	R	G	P	F	S	A	L	Y	G	.	N	A	S	G	G	V	M	N	V	T	T	Q	T	G	Q	Q	P	P	T	I	E	A	S	S	.	.	Y	Y	G	S	F
Query Conservation																		.	.	.																														.																									.	.
Alig confidence		.																.	.	.																														.																									.	.
Template Conservation		.
Template Sequence		.	S	R	S	T	V	L	M	D	G	I	P	V	P	F	A	P	Y	G	Q	P	Q	L	S	L	A	P	V	S	L	G	N	M	D	A	I	D	V	V	R	G	G	G	A	V	R	Y	G	P	Q	S	V	G	G	V	V	N	F	V	T	R	A	I	P	Q	D	F	G	I	E	A	G	V	E	G	Q	L	S	P	T
Template Known Secondary structure		.		S	S					T	T				S	S	S	T	T	T					S	S					G	G	G									S	S		T	T	T	S		S	S	G	G	G												S	S													T	T
Template Predicted Secondary structure		.
Template SS confidence
			158	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.
		175	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		G	S	W	R	Y	G	L	K	A	T	G	A	T	G	D	G	T	Q	P	G	D	V	D	Y	T	V	S	T	T	R	F	T	T	H	G	Y	R	D	H	S	G	A	Q	K	N	L	A	N	A	K	L	G	V	R	I	D	E	A	S	K	L	S	L	I	F	N	S	V	D	I	K	A	D	D	P	G	G	L	T	K
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		S	S	Q	N	N	P	K	E	T	H	N	L	M	V	G	G	T	A	D	N	G	F	G	T	A	L	L	Y	S	G	T	R	G	S	D	W	R	E	H	S	A	T	R	I	D	D	L	M	L	K	S	K	Y	A	P	D	E	V	H	T	F	N	S	L	L	Q	Y	Y	D	G	E	A	D	M	P	G	G	L	S	R
Template Known Secondary structure		S	S																	T	T	S															S	S	S	S																S	S	S	S																				B
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		237	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.
		255	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		A	E	W	K	A	N	P	Q	Q	A	P	R	A	E	Q	Y	D	T	R	K	T	I	K	Q	T	Q	A	G	L	R	Y	E	R	S	L	S	S	R	D	D	M	S	V	M	M	Y	A	G	E	R	E	T	T	Q	Y	Q	S	I	P	M	A	P	Q	L	N	P	S	H	A	G	G	V	I	T	L	Q	R	H	Y	Q
Query Conservation
Alig confidence											.	.	.
Template Conservation											.	.	.
Template Sequence		A	D	Y	D	A	D	R	W	Q	.	.	.	S	T	R	P	Y	D	R	F	W	G	R	R	K	L	A	S	L	G	Y	Q	F	Q	P	D	S	Q	H	K	F	N	I	Q	G	F	Y	T	Q	T	L	R	S	G	Y	L	E	Q	G	K	R	I	T	L	S	P	R	N	Y	W	V	R	G	I	E	P	R	Y	S	Q
Template Known Secondary structure								S	S		.	.	.		S		T	T																		S	S	T	T																					T	T
Template Predicted Secondary structure											.	.	.
Template SS confidence
		317	.	.	320	.	.	.	.	.				.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.
		335	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		G	I	D	S	R	W	T	H	R	G	E	L	G	V	P	V	T	F	T	T	G	L	N	Y	E	N	M	S	E	N	R	K	G	Y	N	N	F	R	L	N	S	G	M	P	E	Y	G	Q	K	G	E	L	R	R	D	E	R	N	L	M	W	N	I	D	P	Y	L	Q	T	Q	W	Q	L	S	E	K	L	S	L	D
Query Conservation
Alig confidence						.	.	.	.	.	.	.																										.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation						.	.	.	.	.	.	.																										.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		I	F	M	I	.	.	.	.	.	.	.	G	P	S	A	H	E	V	G	V	G	Y	R	Y	L	N	E	S	T	H	E	M	R	Y	Y	T	.	.	.	.	.	.	.	.	A	T	S	S	G	Q	L	P	S	G	S	S	P	Y	D	R	D	T	R	S	G	T	E	A	H	A	W	Y	L	D	D	K	I	D	I	G
Template Known Secondary structure						.	.	.	.	.	.	.	T	T																								.	.	.	.	.	.	.	.		T	T	S	S	S				T	T	S																								T
Template Predicted Secondary structure						.	.	.	.	.	.	.																										.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		394	.	.	.								.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.									.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.
		415	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		A	G	V	R	Y	S	S	V	W	F	D	S	N	D	H	Y	V	T	P	G	N	G	D	D	S	G	D	A	S	Y	H	K	W	L	P	A	G	S	L	K	Y	A	M	T	D	A	W	N	I	Y	L	A	A	G	R	G	F	E	T	P	T	I	N	E	L	S	Y	R	A	D	G	Q	S	G	M	N	L	G	L	K
Query Conservation
Alig confidence																																																																						.	.	.	.	.
Template Conservation																																																																						.	.	.	.	.
Template Sequence		N	W	T	I	T	P	G	M	R	F	E	H	I	E	S	Y	Q	N	N	A	I	T	G	T	H	E	E	V	S	Y	N	A	P	L	P	A	L	N	V	L	Y	H	L	T	D	S	W	N	L	Y	A	N	T	E	G	S	F	G	T	V	Q	Y	S	Q	I	G	K	A	.	.	.	.	.	V	Q	S	G	N	V	E
Template Known Secondary structure		T																			T	T	T																							T	T																G	G	G					.	.	.	.	.			T	S
Template Predicted Secondary structure																																																																						.	.	.	.	.
Template SS confidence
		459	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.						.	.	.	530	.	.	.
		495	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.				.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.
Predicted Secondary structure																																											.	.	.
Query SS confidence																																											.	.	.
Query Sequence		P	S	T	N	D	T	I	E	I	G	S	K	T	R	I	G	D	G	L	L	S	L	A	L	F	Q	T	D	T	D	D	E	I	V	V	D	S	S	S	G	G	.	.	.	R	T	T	Y	K	N	A	G	K	T	R	R	Q	G	A	E	L	A	W	D	Q	R	F	A	G	D	F	R	V	N	A	S	W	T	W	L
Query Conservation																																											.	.	.
Alig confidence																																											.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		P	E	K	A	R	T	W	E	L	G	T	R	Y	D	D	G	A	L	T	A	E	M	G	L	F	L	I	N	F	N	N	Q	Y	D	S	N	Q	T	N	D	T	V	T	A	R	G	K	T	R	H	T	G	L	E	T	Q	A	R	Y	D	L	G	T	L	T	P	T	L	D	N	V	S	I	Y	A	S	Y	A	Y	V
Template Known Secondary structure																	S	S																S	S			S	S	S			T	T																		G	G	G	T		G	G	G	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		534	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.
		572	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630										.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.
Predicted Secondary structure																																																													.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																													.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		D	A	T	Y	R	S	N	V	C	N	E	Q	D	C	N	G	N	R	M	P	G	I	A	R	N	M	G	F	A	S	I	G	Y	V	P	E	D	G	W	Y	A	G	T	E	A	R	Y	M	G	D	I	M	A	D	D	E	N	T	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	K	A	P	S	Y	T	L	V	G	L	F	T
Query Conservation																																																													.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence												.	.	.	.																					.																									.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation												.	.	.	.																					.
Template Sequence		N	A	E	I	R	E	K	G	D	T	.	.	.	.	Y	G	N	L	V	P	F	S	P	K	H	K	G	T	L	G	V	D	Y	K	.	P	G	N	W	T	F	N	L	N	S	D	F	Q	S	S	Q	F	A	D	N	A	N	T	V	K	E	S	A	D	G	S	T	G	R	I	P	G	F	M	L	W	G	A	R	V
Template Known Secondary structure							S	S	S	T	T	.	.	.	.	T	T		B		T	T			S											.		T	T													B		S	S	T	T				S			T	T	S	S	S	S		B
Template Predicted Secondary structure												.	.	.	.																					.
Template SS confidence
		614	.	.	.	.	.	620	.	.	.					.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.		.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.
		643	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		G	Y	K	Y	N	Y	H	N	L	T	V	D	L	F	G	R	V	D	N	L	F	D	K	E	Y	V	G	S	V	I	V	N	E	S	N	G	R	Y	Y	E	P	S	P	G	R	N	Y	G	V	G	M	N	I	A	W
Query Conservation
Alig confidence																															.	.
Template Conservation																															.	.
Template Sequence		A	Y	D	F	G	P	Q	M	A	D	L	N	L	A	F	G	V	K	N	I	F	D	Q	D	Y	F	I	R	S	.	.	Y	D	D	N	N	K	G	I	Y	A	G	Q	P	R	T	L	Y	M	Q	G	S	L	K	F
Template Known Secondary structure							T	T	T	T										S	T	T									.	.		S	S	T	T									S
Template Predicted Secondary structure																															.	.
Template SS confidence
		689	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.			.	.	720	.	.	.	.	.	.	.	.	.	730	.	.	.	.	.	.	.	.	.	740	.