Job Description P76115 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 12:19:07 GMT 2012 Rank 13 Aligned Residues 548 % Identity 17% Template c3efmA_ PDB info PDB header:membrane protein Chain: A: PDB Molecule:ferric alcaligin siderophore receptor; PDBTitle: structure of the alcaligin outer membrane recepteur faua from2 bordetella pertussis Resolution 2.33 Å

Show / Hide SS confidence

Show / Hide Conservation and Alignment quality

		26	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		E	Q	T	M	I	V	S	A	A	P	Q	V	V	S	E	L	D	T	P	A	A	V	S	V	V	D	G	E	E	M	R	L	A	T	P	R	I	N	L	S	E	S	L	T	G	V	P	G	L	Q	V	Q	N	R	Q	N	Y	A	Q	D	L	Q	L	S	I	R	G	F	G	S	R	S	T	Y	G	I	R	G	I	R
Query Conservation
Alig confidence																																			.																						.	.															.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																			.																						.	.															.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		T	T	E	A	M	S	T	A	T	G	L	T	L	S	P	R	E	T	P	Q	S	V	S	V	V	T	R	Q	Q	I	E	D	Q	.	G	L	T	D	T	G	A	I	L	A	T	A	P	G	I	S	V	T	R	S	D	.	.	S	N	R	Y	S	F	S	A	R	G	F	T	I	D	.	.	.	.	.	.	.	.	N
Template Known Secondary structure		S		S		B		T	T	T	S	S		B		G	G	G		S	S													T	.	T			B							T	S	T	T						T	T	.	.	S	S	S						T	T					.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																			.																						.	.															.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		33	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.		.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.			.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100									.
		106	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.		.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.		.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.
Predicted Secondary structure													.																														.
Query SS confidence													.																														.
Query Sequence		L	Y	V	D	G	I	P	A	T	M	P	.	D	G	Q	G	Q	T	S	N	I	D	L	S	S	V	Q	N	V	E	V	L	R	G	P	F	S	A	L	Y	G	.	N	A	S	G	G	V	M	N	V	T	T	Q	T	G	Q	Q	P	P	T	I	E	A	S	S	Y	Y	G	S	F	G	S	W	R	Y	G	L	K	A
Query Conservation													.																														.
Alig confidence													.																														.
Template Conservation
Template Sequence		F	Q	F	D	G	L	V	S	P	I	L	S	Q	W	N	Y	G	S	T	D	M	D	A	A	I	Y	D	H	V	E	I	V	R	G	A	T	G	L	M	T	G	S	G	N	P	S	A	A	V	N	F	V	R	K	R	P	L	R	E	F	A	A	T	F	N	A	S	V	G	S	W	D	Y	V	R	G	D	A	D	I
Template Known Secondary structure					T	T						S	G	G	G		T	T	G	G	G		B	G	G	G									S								B			S	S												S	S											T	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		102	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.
		184	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		T	G	A	T	G	D	G	T	Q	P	G	D	V	D	Y	T	V	S	T	T	R	F	T	T	H	G	Y	R	D	H	S	G	A	Q	K	N	L	A	N	A	K	L	G	V	R	I	D	E	A	S	K	L	S	L	I	F	N	S	V	D	I	K	A	D	D	P	G	G	L	T	K	A	E	W	K	A	N	P	Q	Q
Query Conservation
Alig confidence																																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		S	V	P	I	T	E	D	G	R	I	R	S	R	L	V	A	A	Y	S	Q	G	D	L	D	T	R	R	R	T	F	Y	G	V	V	S	A	D	L	T	P	D	T	V	L	T	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure					S	S	S	S	S	S																															T	T						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		182	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.
		264	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		A	P	R	A	E	Q	Y	D	T	R	K	T	I	K	Q	T	Q	A	G	L	R	Y	E	R	S	L	S	S	R	D	D	M	S	V	M	M	Y	A	G	E	R	E	T	T	Q	Y	Q	S	I	P	M	A	P	Q	L	N	P	S	H	A	G	G	V	I	T	L	Q	R	H	Y	Q	G	I	D	S	R	W	T	H	R
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	V	E	Y	Q	H	N	H	S	N	G	P	W	A	R	Q	D	T	E	A	T	T	Y	F	V	D	L	T	H	R	F	T	N	D	W	K	L	R	A	A	Y	S	H	T	D	G	R	Y	L	M	K	H	V	F	S	N	Y	D	G	N
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																T	T	S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																						233	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.
		344	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		G	E	L	G	V	P	V	T	F	T	T	G	L	N	Y	E	N	M	S	E	N	R	K	G	Y	N	N	F	R	L	N	S	G	M	P	E	Y	G	Q	K	G	E	L	R	R	D	E	R	N	L	M	W	N	I	D	P	Y	L	Q	T	Q	W	Q	L	S	E	K	L	S	L	D	A	G	V	R	Y	S	S	V	W
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		L	D	R	D	D	I	H	F	S	L	S	A	P	F	E	A	F	G	L	R	H	E	V	A	L	G	W	M	S	I	D	N	H	S	D	I	Q	R	Y	A	M	T	L	S	P	A	D	D	V	R	T	K	Q	T	G	A	Y	L	V	G	R	F	A	L	A	E	P	L	H	L	I	V	G	D	R	W	S	D	W	K
Template Known Secondary structure																		T	T																											S																					T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		308	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.
		424	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		F	D	S	N	D	H	Y	V	T	P	G	N	G	D	D	S	G	D	A	S	Y	H	K	W	L	P	A	G	S	L	K	Y	A	M	T	D	A	W	N	I	Y	L	A	A	G	R	G	F	E	T	P	T	I	N	E	L	S	Y	R	A	D	G	Q	S	G	M	N	L	G	L	K	P	S	T	N	D	T	I	E	I
Query Conservation
Alig confidence														.	.	.	.	.	.																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation														.	.	.	.	.	.																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		T	K	Q	M	Y	F	G	S	R	R	E	Y	.	.	.	.	.	.	R	I	K	N	Q	F	T	P	Y	A	G	L	T	Y	D	I	N	D	T	Y	T	A	Y	A	S	Y	T	E	I	F	Q	P	Q	N	A	R	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	S	G	G	I	L	P	P	I	K	S	K	S	Y	E	L
Template Known Secondary structure							T	T						.	.	.	.	.	.																	S	S	S																	B		.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	S	S		B
Template Predicted Secondary structure														.	.	.	.	.	.																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		403	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.							.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.										.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.
		504	.	.	.	.	.	510	.	.			.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.						.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure											.	.																					.	.	.	.	.
Query SS confidence											.	.																					.	.	.	.	.
Query Sequence		G	S	K	T	R	I	G	D	G	.	.	L	L	S	L	A	L	F	Q	T	D	T	D	D	E	I	V	V	D	S	S	.	.	.	.	.	S	G	G	R	T	T	Y	K	N	A	G	K	T	R	R	Q	G	A	E	L	A	W	D	Q	R	F	A	G	D	F	R	V	N	A	S	W	T	W	L	D	A	T	Y	R
Query Conservation											.	.																					.	.	.	.	.
Alig confidence											.	.																					.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		G	L	K	A	A	Y	L	E	G	R	L	N	T	S	A	A	L	F	Q	T	R	Q	D	N	L	A	Q	V	I	P	G	S	S	I	P	G	F	P	N	M	Q	A	S	R	A	A	S	G	A	K	V	E	G	I	D	L	E	A	S	G	Q	I	L	P	D	W	N	I	G	A	S	Y	T	H	F	T	T	K	D	A
Template Known Secondary structure								G	G	G	T														S						T	T				T	T	S	S	S	S																								T	T															T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		468	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.
		577	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.				.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.
Predicted Secondary structure																																	.	.	.
Query SS confidence																																	.	.	.
Query Sequence		S	N	V	C	N	E	Q	D	C	N	G	N	R	M	P	G	I	A	R	N	M	G	F	A	S	I	G	Y	V	P	E	.	.	.	D	G	W	Y	A	G	T	E	A	R	Y	M	G	D	I	M	A	D	D	E	N	T	A	K	A	P	S	Y	T	L	V	G	L	F	T	G	Y	K	Y	N	Y	H	N	L	T	V
Query Conservation																																	.	.	.
Alig confidence			.	.	.	.	.	.	.	.																							.	.	.																.	.	.	.	.	.	.	.	.																			.	.	.
Template Conservation			.	.	.	.	.	.	.	.																																									.	.	.	.	.	.	.	.	.																			.	.	.
Template Sequence		S	.	.	.	.	.	.	.	.	G	N	P	I	N	T	N	H	P	R	S	L	F	K	L	Y	T	T	Y	R	L	P	G	A	L	H	R	L	T	V	G	G	G	V	D	W	Q	S	R	M	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Q	D	S	Y	A	L	V	S	L	M	A	R	F	D	F	N	K	K	.	.	.	L
Template Known Secondary structure		T	.	.	.	.	.	.	.	.	S		B				S	S		S												S	S	T	T	T	T														.	.	.	.	.	.	.	.	.																	T	T	.	.	.
Template Predicted Secondary structure			.	.	.	.	.	.	.	.																																									.	.	.	.	.	.	.	.	.																			.	.	.
Template SS confidence
		548									.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.										.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.				.
		654	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		D	L	F	G	R	V	D	N	L	F	D	K	E	Y	V	G	S	V	I	V
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		S	A	T	L	N	V	N	N	L	R	N	V	M	L	N	L	R	A	Q	Y
Template Known Secondary structure
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		613	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.