Job Description P77561 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 12:30:35 GMT 2012 Rank 9 Aligned Residues 657 % Identity 17% Template c1tmoA_ PDB info PDB header:oxidoreductase Chain: A: PDB Molecule:trimethylamine n-oxide reductase; PDBTitle: trimethylamine n-oxide reductase from shewanella massilia Resolution 2.50 Å

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		47	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		F	D	C	P	G	C	A	W	P	D	P	K	H	S	A	S	F	D	I	C	E	N	G	A	K	A	I	A	W	E	V	T	D	K	Q	V	N	A	S	F	F	A	E	N	T	V	Q	S	L	L	T	W	G	D	H	E	L	E	A	A	G	R	L	T	Q	P	L	K	Y	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																																																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																								.																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																								.
Template Sequence		T	G	S	H	F	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	F	K	M	K	R	K	N	G	V	I	A	E	V	K	P	F	D	L	D	K	Y	P	.	T	D	M	I	N	G	I	R	G	M	V	Y	N	P	S	R	V	R	Y	P	M	V	R	L	D	F	L	L	K	G	H	K	S	N
Template Known Secondary structure					T	T		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.								T	T									T	T		S	S		.		G	G	G	G	T						S		T	T	B			S											G	G	G	S
Template Predicted Secondary structure								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																								.
Template SS confidence
		12	.	.	.	.	.																	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40		.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.
				116	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.				.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.					.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.																											.	.	.																		.	.	.	.
Query SS confidence		.	.																											.	.	.																		.	.	.	.
Query Sequence		.	.	D	A	V	S	D	C	Y	K	P	L	S	W	Q	Q	A	F	D	E	I	G	A	R	L	Q	S	Y	.	.	.	S	D	P	N	Q	V	E	F	Y	T	S	G	R	T	S	N	E	.	.	.	.	A	A	F	L	Y	Q	L	F	A	R	E	Y	G	S	N	N	F	P	D	C	S	N	M	C	H	E	P	T
Query Conservation		.	.																											.	.	.																		.	.	.	.
Alig confidence		.	.																											.	.	.																		.	.	.	.																	.
Template Conservation																																																																						.
Template Sequence		T	H	Q	R	G	D	F	R	F	V	R	V	T	W	D	K	A	L	T	L	F	K	H	S	L	D	E	V	Q	T	Q	Y	G	P	S	G	L	H	A	G	Q	T	G	W	R	A	T	G	Q	L	H	S	S	T	S	H	M	Q	R	A	V	G	M	H	G	N	Y	V	.	K	K	I	G	D	Y	S	T	G	A	G
Template Known Secondary structure		G	G	G	T	T	S																										T		G	G	G											S		T	T	T												T	T				B	.						S	S	S	T	T
Template Predicted Secondary structure																																																																						.
Template SS confidence
		75	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.		.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.
		187	.	.	190	.	.	.	.	.					.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.													.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250
Predicted Secondary structure											.	.	.	.																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence											.	.	.	.																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		S	V	G	L	A	A	S	I	G	.	.	.	.	V	G	K	G	T	V	L	L	E	D	F	E	K	C	D	L	V	I	C	I	G	H	N	P	G	T	N	H	P	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	R	M	L	T	S	L	R	A	L	V	K	R	G	A	K	M	I	A	I	N	P	L	Q	E	R	G
Query Conservation											.	.	.	.																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence											.	.	.	.																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																									.	.
Template Conservation																																																																																.	.
Template Sequence		Q	T	I	L	P	Y	V	L	G	S	T	E	V	Y	A	Q	G	T	S	W	P	L	I	L	E	H	S	D	T	I	V	L	W	S	N	D	P	Y	K	N	L	Q	V	G	W	N	A	E	T	H	E	S	F	A	Y	L	A	Q	L	K	E	K	V	K	Q	G	K	I	R	V	I	S	I	D	P	V	V	T	.	.
Template Known Secondary structure									T	S	S			T	T	S													S						S							T	S			S	S	B				T															T	S	S							S	S			.	.
Template Predicted Secondary structure																																																																																.	.
Template SS confidence
		154	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.
		251	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.		.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																							.
Query SS confidence																							.
Query Sequence		L	E	R	F	T	A	P	Q	N	P	F	E	M	L	T	N	S	E	T	Q	L	.	A	S	A	Y	Y	N	V	R	I	G	G	D	M	A	L	L	K	G	M	M	R	L	L	I	E	R	D	D	A	A	S	A	A	G	R	P	S	L	L	D	D	E	F	I	Q	T	H	T	V	G	F	D	E	L	R	R	D	V
Query Conservation																							.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.						.																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	K	T	Q	A	Y	L	G	C	E	Q	L	Y	V	N	P	Q	T	D	V	T	L	M	L	A	I	A	H	E	M	I	S	K	K	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	Y	D	D	K	F	I	Q	G	Y	S	L	G	F	E	E	F	V	P	Y	V
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.							T								T	T																T	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.		S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																		232	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.											.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.
		330	.							.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.
Predicted Secondary structure				.	.	.	.	.	.
Query SS confidence				.	.	.	.	.	.
Query Sequence		L	N	.	.	.	.	.	.	S	E	W	K	D	I	E	R	I	S	G	L	S	Q	T	Q	I	A	E	L	A	D	A	Y	A	A	A	E	R	T	I	I	C	Y	G	M	G	I	T	Q	H	E	H	G	T	Q	N	V	Q	Q	L	V	N	L	L	L	M	K	G	N	I	G	K	P	G	A	G	I	C	P	L	R
Query Conservation				.	.	.	.	.	.
Alig confidence				.	.	.	.	.	.																													.
Template Conservation																																						.
Template Sequence		M	G	T	K	D	G	V	A	K	T	P	E	W	A	A	P	I	C	G	V	E	A	H	V	I	R	D	L	A	K	T	L	V	K	G	R	.	T	Q	F	M	M	G	W	C	I	Q	R	Q	Q	H	G	E	Q	P	Y	W	M	A	A	V	L	A	T	M	I	G	Q	I	G	L	P	G	G	G	I	S	Y	G	H
Template Known Secondary structure			T	T	T	T	S													T																S		.							S	G	G	G	S	S	T	T	T															T		T	T	S	T	T					S		T
Template Predicted Secondary structure																																						.
Template SS confidence
		286	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.		.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.
		404	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		G	H	S	N	V	Q	G	D	R	T	V	G	I	T	E	K	P	S	A	E	F	L	A	R	L	G	E	R	Y	G	F	T	P	P	H	A	P	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	H	A	A	I	A	S	M	Q	A	I	C	T	G	Q	A	R	A	L	I	C	M	G	G	N	F
Query Conservation																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		H	Y	S	S	I	G	V	P	S	S	G	A	A	A	P	G	A	F	P	R	N	L	D	E	N	Q	K	P	L	F	D	S	S	D	F	K	G	A	S	S	T	I	P	V	A	R	W	I	D	A	I	L	E	P	G	K	T	I	D	A	N	G	S	K	V	V	Y	P	D	I	K	M	M	I	F	S	G	N	N	P
Template Known Secondary structure		T	S	T	T	T	T	S													S	S			T	T				S	S						T	T	S		S				G	G	G							S	T	T						S	S	S														S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		365	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.
		467	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		A	L	A	M	P	D	R	E	A	S	A	V	P	L	T	Q	L	D	L	A	V	H	V	A	T	K	L	N	R	S	H	L	L	T	A	R	H	S	Y	I	L	P	V	L	G	R	S	E	I	D	M	Q	K	N	G	A	Q	A	V	T	V	E	D	S	M	S	M	I	H	A	S	R	G	V	L	K	P	A	G	V
Query Conservation
Alig confidence																																				.	.	.																							.	.	.	.	.															.
Template Conservation																																				.	.	.																							.	.	.	.	.															.
Template Sequence		W	N	H	H	Q	D	R	N	R	M	K	Q	A	F	H	K	L	E	C	V	V	T	V	D	V	N	W	T	A	T	C	R	F	S	.	.	.	D	I	V	L	P	A	C	T	T	Y	E	R	N	D	I	D	V	Y	G	A	Y	A	.	.	.	.	.	N	R	G	I	L	A	M	Q	K	M	V	E	P	L	.	F
Template Known Secondary structure					S	S										T	T		S							S	B							T		.	.	.	S					B			G	G	G	S								T	T	T	.	.	.	.	.											S				.	T
Template Predicted Secondary structure																																				.	.	.																							.	.	.	.	.															.
Template SS confidence
		445	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.				.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500						.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.		.
		547	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.		.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.			.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.													610	.
Predicted Secondary structure																								.																											.	.																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																								.																											.	.																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		M	L	K	S	E	C	A	V	V	A	G	I	A	Q	A	A	L	P	Q	S	V	V	.	A	W	E	Y	L	V	E	D	Y	D	R	I	R	N	D	I	E	A	V	L	P	E	F	A	D	Y	.	.	N	Q	R	I	R	H	P	G	G	F	H	L	I	N	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	A
Query Conservation																								.																											.	.																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																								.																											.	.																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		D	S	L	S	D	F	E	I	F	T	R	F	A	A	V	L	G	K	E	K	E	Y	T	R	N	M	G	E	M	E	W	L	E	T	L	Y	N	E	C	K	A	A	N	A	G	K	F	E	M	P	D	F	A	T	F	W	K	Q	G	Y	V	H	F	G	D	G	E	V	W	T	R	H	A	D	F	R	N	D	P	E
Template Known Secondary structure		T		B													T	T							T	T																			T	T	T																									T	T							T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		516	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.
		612	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.																				.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.		.	.	.	.	.	.	.	670	.
Predicted Secondary structure																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																					.
Query SS confidence																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																					.
Query Sequence		E	R	R	W	M	T	P	S	G	K	A	N	F	I	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	K	G	L	L	E	D	P	S	S	A	F	N	S	K	L	V	M	A	T	V	R	S	H	D	Q	Y	N	T	T	I	Y	G	M	D	D	.	R	Y	R	G	V	F	G	Q	R
Query Conservation																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																					.
Alig confidence																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																					.
Template Conservation
Template Sequence		I	N	P	L	G	T	P	S	G	L	I	E	I	F	S	R	K	I	D	Q	F	G	Y	D	D	C	K	G	H	P	T	W	M	E	K	T	E	R	S	H	G	G	P	G	S	D	K	H	P	I	W	L	Q	S	C	H	P	D	K	R	L	H	S	Q	M	C	E	S	R	E	Y	R	E	T	Y	A	V	N	G	R
Template Known Secondary structure		T	S			S	S	S	S	S	S			S	S						T	T			T	T	S		S	S							S	S		S	S	S	S	T	T	T	T	T											S	S	S	B	T	T	B	T	T	T						T	T	T		B	T	T	B
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		596	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.
		672	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.																			.	.	.	.	.	.	730	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		D	V	V	F	M	S	A	K	Q	A	K	I	C	R	V	K	N	G	E	R	V	N	L	I	A	L	T	P	D	G	K	R	S	S	R	R	M	D	R	L	K	V	V	I	Y	P	M	A	D	R	S	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	V	T	Y	F	P	E	S	N	H	M
Query Conservation																																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		E	P	V	Y	I	S	P	V	D	A	K	A	R	G	I	K	D	G	D	I	V	R	V	F	N	D	R	G	Q	L	L	A	G	A	V	V	S	D	N	F	P	K	G	I	V	R	I	H	E	G	A	W	Y	G	P	V	G	K	D	G	S	T	E	G	G	A	E	V	G	A	L	C	S	Y	G	D	P	N	T	L
Template Known Secondary structure														T	T			T	T								S	S											T	T	S		T	T						T	T								T	T	S		S	G	G	G	G	S	T	T				S	S			G	G	G	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		676	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.	.	.	.	.	.	.	730	.	.	.	.	.	.	.	.	.	740	.	.	.	.	.	.	.	.	.	750	.	.	.	.	.
		734	.	.	.	.	.	740	.	.	.	.	.	.	.	.	.	750	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		L	T	L	D	N	H	D	P	L	S	G	I	P	G	Y	K	S	I	P	V	E	L	E	P	S	N
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		T	L	D	I	G	T	S	K	L	A	Q	A	C	S	A	Y	T	C	L	V	E	F	E	K	Y	Q
Template Known Secondary structure						B	S		T	T	T			B		T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		756	.	.	.	760	.	.	.	.	.	.	.	.	.	770	.	.	.	.	.	.	.	.	.	780	.