Job Description P77561 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 12:30:35 GMT 2012 Rank 6 Aligned Residues 654 % Identity 20% Template c1ogyA_ PDB info PDB header:oxidoreductase Chain: A: PDB Molecule:periplasmic nitrate reductase; PDBTitle: crystal structure of the heterodimeric nitrate reductase2 from rhodobacter sphaeroides Resolution 3.2 Å

Show / Hide SS confidence

Show / Hide Conservation and Alignment quality

		47	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.				.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.						.	.
Predicted Secondary structure																																															.	.	.																										.	.	.	.	.
Query SS confidence																																															.	.	.																										.	.	.	.	.
Query Sequence		F	D	C	P	G	C	A	W	P	D	P	K	H	S	A	S	F	D	I	C	E	N	G	A	K	A	I	A	W	E	V	T	D	K	Q	V	N	A	S	F	F	A	E	N	T	.	.	.	V	Q	S	L	L	T	W	G	D	H	E	L	E	A	A	G	R	L	T	Q	P	L	K	Y	D	.	.	.	.	.	A	V
Query Conservation																																															.	.	.																										.	.	.	.	.
Alig confidence												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																								.	.	.																										.	.	.	.	.
Template Conservation												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		A	P	C	R	F	C	G	T	G	C	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	V	M	V	G	T	R	D	G	Q	V	V	A	T	H	G	D	T	Q	A	E	V	N	R	G	L	N	C	V	K	G	Y	F	L	S	K	I	M	Y	G	E	D	R	L	T	T	P	L	L	R	M	K	D	G	V	Y	H	K
Template Known Secondary structure					S	S		S	S			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.								T	T									T	T		T	T	T	S	S								G	G	G	G	S	T	T		T	T				S				S		S	S	S				T
Template Predicted Secondary structure												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		17	.	.	20	.	.	.	.	.	.													.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.
		119	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.				.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.		.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																									.	.	.																												.
Query SS confidence																									.	.	.																												.
Query Sequence		S	D	C	Y	K	P	L	S	W	Q	Q	A	F	D	E	I	G	A	R	L	Q	S	Y	.	.	.	S	D	P	N	Q	V	E	F	Y	T	S	G	R	T	S	N	E	A	A	F	L	Y	Q	L	F	A	R	.	E	Y	G	S	N	N	F	P	D	C	S	N	M	C	H	E	P	T	S	V	G	L	A	A	S	I
Query Conservation																									.	.	.																												.
Alig confidence																									.	.	.																												.
Template Conservation
Template Sequence		E	G	E	F	A	P	V	S	W	D	E	A	F	D	V	M	A	A	Q	A	K	L	V	L	K	E	K	A	P	E	A	V	G	M	F	G	S	G	Q	W	T	I	W	E	G	Y	A	A	S	K	L	M	R	A	G	F	R	S	N	N	L	D	P	N	A	R	H	C	M	A	S	A	A	T	A	F	M	R	T	F
Template Known Secondary structure		T																										T		G	G	G							T	T	S														T	T	S								T					T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		85	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.
		195	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.			.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.
Predicted Secondary structure																																									.	.
Query SS confidence																																									.	.
Query Sequence		G	V	G	K	G	T	V	L	L	E	D	F	E	K	C	D	L	V	I	C	I	G	H	N	P	G	T	N	H	P	R	M	L	T	S	L	R	A	L	.	.	V	K	R	G	A	K	M	I	A	I	N	P	L	Q	E	R	G	L	E	R	F	T	A	P	Q	N	P	F	E	M	L	T	N	S	E	T	Q	L	A
Query Conservation																																									.	.
Alig confidence																																									.	.																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		G	M	D	E	P	M	G	C	Y	D	D	F	E	A	A	D	A	F	V	L	W	G	S	N	M	A	E	M	H	P	I	L	W	S	R	L	T	D	R	R	L	S	H	E	H	V	R	V	A	V	L	S	T	F	T	H	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	R	S	S	D	L	S
Template Known Secondary structure		S	S		S		S	S		T	T						S						S							S														S	T	T								S	S	B		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	G	G	G	S
Template Predicted Secondary structure																																																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		165	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220																			.	.	.	.	.	.
		273	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		S	A	Y	Y	N	V	R	I	G	G	D	M	A	L	L	K	G	M	M	R	L	L	I	E	R	D	D	A	A	S	A	A	G	R	P	S	L	L	D	D	E	F	I	Q	T	H	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		D	T	P	I	I	F	R	P	G	T	D	R	A	I	L	N	Y	I	A	H	H	I	I	S	T	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	R	V	N	R	D	F	V	D	R	H	T	N	F	A	L	G	A	T	D	I	G	Y	G	L	R	P	E	H	Q	L	Q	L	A	A	K	G	A	A	D	A	G	A	M	T
Template Known Secondary structure		S							T	T	T															T	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																		S	S			T	T			T	T	S					S		T	T		S	S		S
Template Predicted Secondary structure																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		227	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.											.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.
			320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.		360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.																																									.
Query SS confidence		.																																									.
Query Sequence		.	V	G	F	D	E	L	R	R	D	V	L	N	S	E	W	K	D	I	E	R	I	S	G	L	S	Q	T	Q	I	A	E	L	A	D	A	Y	A	A	A	E	.	R	T	I	I	C	Y	G	M	G	I	T	Q	H	E	H	G	T	Q	N	V	Q	Q	L	V	N	L	L	L	M	K	G	N	I	G	K	P	G	A
Query Conservation		.																																									.
Alig confidence		.																																									.
Template Conservation
Template Sequence		P	T	D	F	E	T	F	A	A	L	V	S	E	Y	T	L	E	K	A	A	E	I	S	G	V	E	P	A	L	L	E	E	L	A	E	L	Y	A	D	P	D	R	K	W	M	S	L	W	T	M	G	F	N	Q	H	V	R	G	V	W	A	N	H	M	V	Y	N	L	H	L	L	T	G	K	I	S	E	P	G	N
Template Known Secondary structure		B												T	S																							T	T	S	T	T	S							S					S	S	T	T																T			S	B	T	T	B
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		297	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.
		398	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.										.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.				.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																	.	.	.	.	.	.	.	.	.																								.	.	.
Query SS confidence																	.	.	.	.	.	.	.	.	.																								.	.	.
Query Sequence		G	I	C	P	L	R	G	H	S	N	V	Q	G	D	R	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	V	G	I	T	E	K	P	S	A	E	F	L	A	R	L	G	E	R	Y	G	F	T	.	.	.	P	P	H	A	P	G	H	A	A	I	A	S	M	Q	A	I	C	T	G	Q	A	R	A	L	I	C	M	G	G	N
Query Conservation																	.	.	.	.	.	.	.	.	.																								.	.	.
Alig confidence																	.	.	.	.	.	.	.	.	.																								.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		S	P	F	S	L	T	G	Q	P	F	A	C	G	T	A	R	E	V	G	T	F	A	H	R	L	P	A	D	M	V	V	T	N	P	E	H	R	A	H	A	E	E	I	W	K	L	P	A	G	L	L	P	D	W	V	G	A	H	A	V	E	Q	D	R	K	L	H	D	G	E	I	N	F	Y	W	V	Q	V	N	N
Template Known Secondary structure									S	T	T	T	T	T	T					T		S	T	T			T	T	T			S	S												T	T			T	T		S			S															T	S								S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		377	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.
		466	.	.	.	470	.	.	.	.	.			.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.
Predicted Secondary structure												.	.
Query SS confidence												.	.
Query Sequence		F	A	L	A	M	P	D	R	E	A	.	.	S	A	V	P	L	T	Q	L	D	L	A	V	H	V	A	T	K	L	N	R	S	H	L	L	T	A	R	H	S	Y	I	L	P	V	L	G	R	S	E	I	D	M	Q	K	N	G	A	Q	A	V	T	V	E	D	S	M	S	M	I	H	A	S	R	G	V	L	K	P
Query Conservation												.	.
Alig confidence												.	.																										.	.	.															.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																							.	.	.															.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		N	M	Q	A	A	P	N	I	D	Q	E	T	Y	P	G	Y	R	N	P	E	N	F	I	V	V	S	D	A	Y	P	T	V	T	G	R	A	A	.	.	.	D	L	V	L	P	A	A	M	W	V	E	K	E	G	.	.	.	.	.	.	.	.	A	Y	G	N	A	E	R	R	T	H	F	W	H	Q	L	V	E	A
Template Known Secondary structure						S	T	T												T	T								S	S							T	S	.	.	.	S					B			G	G	G	S			.	.	.	.	.	.	.	.					T	T	S							B		S
Template Predicted Secondary structure																																							.	.	.															.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		457	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.				.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.									.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.
		544	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.																																															.	.	570	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		A	G	V	M	L	K	S	E	C	A	V	V	A	G	I	A	Q	A	A	L	P	Q	S	V	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	V	A	W	E	Y	L	V	E	D	Y
Query Conservation																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence			.																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation			.
Template Sequence		P	.	G	E	A	R	S	D	L	W	Q	L	M	E	F	S	K	R	F	T	T	D	E	V	W	P	E	E	I	L	S	A	A	P	A	Y	R	G	K	T	L	F	E	V	L	F	A	N	G	S	V	D	R	F	P	A	S	D	V	N	P	D	H	A	N	H	E	A	A	L	F	G	F	Y	P	Q	K	G	L	F
Template Known Secondary structure		S	.	T	T		B											T	T							S									S	S	S	S	S			T	T	T	T	T	T		S	S	S	S	S		S	B	S	S	S	S		S	S	S	B						S	S	S	B
Template Predicted Secondary structure			.
Template SS confidence
		526		.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.
		578	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.																				.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		D	R	I	R	N	D	I	E	A	V	L	P	E	F	A	D	Y	N	Q	R	I	R	H	P	G	G	F	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	H	L	I	N	A	A	A	E	R	R	W	M	T	P	S	G	K	A	N	F	I	T	S	K	G	L	L	E	D	P	S	S	A	F
Query Conservation																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		E	E	Y	A	A	F	G	R	G	H	G	H	D	L	A	P	F	D	T	Y	H	E	V	R	G	L	H	W	P	V	V	E	G	E	E	T	R	W	R	Y	R	E	G	F	D	P	Y	V	K	P	G	E	G	L	R	F	Y	G	K	P	D	G	R	A	V	I	L	G	V	P	Y	E	P	P	A	E	S	P	D	E
Template Known Secondary structure						T	T	S	S	S	S	S						T	T					S	S				S			B	T	T	B			S	S	S	S	B	B	T	T	B	T	T	S		S	S		S	B			T	T	S	S	S														S	S				S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		605	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.
		639	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.			.	.	710	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																																							.	.
Query SS confidence																																																																							.	.
Query Sequence		N	S	K	L	V	M	A	T	V	R	S	H	D	Q	Y	N	T	T	I	Y	G	M	D	D	R	Y	R	G	V	F	G	Q	R	D	V	V	F	M	S	A	K	Q	A	K	I	C	R	V	K	N	G	E	R	V	N	L	I	A	L	T	P	D	G	K	R	S	S	R	R	.	.	M	D	R	L	K	V	V	I	Y
Query Conservation																																																																							.	.
Alig confidence																																																																							.	.
Template Conservation
Template Sequence		E	F	G	F	W	L	V	T	G	R	V	L	E	H	W	H	S	G	S	M	T	L	R	W	P	E	L	Y	K	A	F	P	G	A	V	C	F	M	H	P	E	D	A	R	S	R	G	L	N	R	G	S	E	V	R	V	I	S	R	R	G	E	I	R	T	R	L	E	T	R	G	R	N	R	M	P	R	G	V	V
Template Known Secondary structure		S	S									B	T	T	B		T	T		T	T	G	G	G	S							S		S													T	T			T	T								S	S									S	S	S	S	S	B			T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		685	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.	.	.	.	.	.	.	730	.	.	.	.	.	.	.	.	.	740	.	.	.	.	.	.	.	.	.	750	.	.	.	.	.	.	.	.	.	760	.	.	.	.
		717	.	.	720	.	.	.	.	.	.	.	.	.	730	.	.	.	.	.	.	.	.	.	740	.	.	.	.	.	.	.	.	.	750	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		P	M	A	D	R	S	L	V	T	Y	F	P	E	S	N	H	M	L	T	L	D	N	H	D	P	L	S	G	I	P	G	Y	K	S	I	P	V	E	L	E
Query Conservation
Alig confidence											.	.	.									.
Template Conservation											.	.	.									.
Template Sequence		F	V	P	W	F	D	A	S	Q	.	.	.	L	I	N	K	V	T	L	D	.	A	N	D	P	I	S	R	Q	T	D	F	K	K	C	A	V	K	I	E
Template Known Secondary structure								S	S	S	.	.	.		G	G	G	T	S			.		B		T	T	T			B			S
Template Predicted Secondary structure											.	.	.									.
Template SS confidence
		765	.	.	.	.	770	.	.	.				.	.	.	.	.	.	780	.		.	.	.	.	.	.	.	.	790	.	.	.	.	.	.	.	.	.	800