Job Description P0A940 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:09:19 GMT 2012 Rank 1 Aligned Residues 473 % Identity 14% Template c2qdzA_ PDB info PDB header:protein transport Chain: A: PDB Molecule:tpsb transporter fhac; PDBTitle: structure of the membrane protein fhac: a member of the2 omp85/tpsb transporter family Resolution 3.15 Å

Show / Hide SS confidence

Show / Hide Conservation and Alignment quality

		260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		I	T	E	G	D	Q	Y	K	L	S	G	V	E	V	S	G	N	L	A	G	H	S	A	E	I	E	Q	L	T	K	I	E	P	G	E	L	Y	N	G	T	K	V	T	K	M	E	D	D	I	K	K	L	L	G	R	Y	G	Y	A	Y	P	R	V	Q	S	M	P	E	I	N	D	A	D	K	T	V	K	L	R	V
Query Conservation
Alig confidence																																																																												.	.	.
Template Conservation																																																																												.	.	.
Template Sequence		A	T	S	G	H	T	V	T	V	H	A	V	D	L	D	F	G	V	E	G	R	L	F	D	P	A	P	L	V	Q	D	Y	L	N	R	P	L	D	N	E	Q	L	F	L	L	V	K	A	L	S	A	A	L	Y	D	R	G	Y	A	T	S	I	V	T	F	V	P	P	G	V	V	D	G	V	.	.	.	L	K	L
Template Known Secondary structure			B				S	S	S	S									S	S	S				S		S	T	T	S	T	T	S	S	S	S		B		S	T	T															T	T		T	T												T	T		.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																																												.	.	.
Template SS confidence
		53	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.				.	.	.
		340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		N	V	D	A	G	N	R	F	Y	V	R	K	I	R	F	E	G	N	D	T	S	K	D	A	V	L	R	R	E	M	R	Q	M	E	G	A	W	L	G	S	D	L	V	D	Q	G	K	E	R	L	N	R	L	G	F	F	E	T	V	D	T	D	T	Q	R	V	P	G	S	P	D	Q	V	D	V	V	Y	K	V	K
Query Conservation
Alig confidence																																																																			.	.	.
Template Conservation																																																																			.	.	.
Template Sequence		K	V	E	W	G	R	I	K	G	W	L	I	D	G	K	P	L	E	G	T	R	D	R	M	M	V	F	S	A	M	P	G	W	Q	D	K	V	L	N	V	F	D	I	D	Q	A	I	Y	N	I	N	N	G	G	K	T	G	N	I	T	I	V	P	A	D	.	.	.	E	Y	G	Y	S	Y	L	D	L	Q	L	Q
Template Known Secondary structure														T	T					S											S	T	T		T	T		B															S	S	S											S	.	.	.	S	T	T
Template Predicted Secondary structure																																																																			.	.	.
Template SS confidence
		130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.				.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.
		420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.						.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.								.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure															.	.	.	.	.																																.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence															.	.	.	.	.																																.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		E	R	N	T	G	S	F	N	F	G	I	G	Y	.	.	.	.	.	G	T	E	S	G	V	S	F	Q	A	G	V	Q	Q	D	N	W	L	G	T	G	Y	A	V	G	I	N	G	T	K	N	.	.	.	.	.	.	.	D	Y	Q	T	Y	A	E	L	S	V	T	N	P	Y	F	T	V	D	G	V	S	L	G	G
Query Conservation															.	.	.	.	.																																.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence															.	.	.	.	.																																.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		R	R	A	L	P	R	V	S	L	G	M	D	N	S	G	P	G	T	P	E	N	G	R	Y	K	Y	N	A	S	V	T	A	N	D	L	L	G	L	N	D	T	L	G	L	Y	I	G	N	R	Y	Y	R	D	A	G	H	D	A	E	R	N	Y	D	L	M	Y	S	V	P	L	G	R	T	R	L	D	L	Q	T	G
Template Known Secondary structure					S											S		S	S	S		S	S													S	S	S	S	S													S			S	S															T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		207	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.
		488	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		R	L	F	Y	N	D	F	Q	A	D	D	A	D	L	S	D	Y	T	N	K	S	Y	G	T	D	V	T	L	G	F	P	I	N	E	Y	N	S	L	R	A	G	L	G	Y	V	H	N	S	L	S	N	M	Q	P	Q	V	A	M	W	R	Y	L	Y	S	M	G	E	H	P	S	T	S	D	Q	D	N	S	F	K	T
Query Conservation
Alig confidence																																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		Y	S	T	Y	R	N	L	L	K	T	R	Y	G	Q	Y	Q	S	A	G	N	S	R	S	F	G	L	K	A	T	R	L	L	Y	R	D	T	R	S	Q	F	S	V	Y	G	G	L	K	L	R	Q	N	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	K	N	Y	L	A	G	T	R	L	D	V	S	S	K
Template Known Secondary structure										S	S	S	S																								S	S															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.						T	T	S
Template Predicted Secondary structure																																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		287	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.																.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.
		568	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		D	D	F	T	F	N	Y	G	W	T	Y	N	K	L	D	R	G	Y	F	P	T	D	G	S	R	V	N	L	T	G	K	V	T	I	P	G	S	D	N	E	Y	Y	K	V	T	L	D	T	A	T	Y	V	P	I	D	D	D	H	K	W	V	V	L	G	R	T	R	W	G	Y	G	D	G	L	G	G	K	E	M	P
Query Conservation
Alig confidence																	.	.	.	.																																							.													.	.	.	.
Template Conservation																	.	.	.	.																																							.													.	.	.	.
Template Sequence		H	Y	S	D	V	T	V	G	M	Q	Y	S	T	Q	R	.	.	.	.	G	A	N	A	Y	F	G	D	L	S	F	T	R	G	V	G	V	G	N	V	S	R	F	N	G	S	L	A	W	T	R	Y	M	A	L	A	G	Q	.	P	I	Q	W	A	S	Q	L	G	F	Q	Y	.	.	.	.	S	R	Q	Q	L	L
Template Known Secondary structure																	.	.	.	.	S	S																																		T	T		.													.	.	.	.		S	S		S	S
Template Predicted Secondary structure																	.	.	.	.																																							.													.	.	.	.
Template SS confidence
		352	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.					.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.		.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.					.	.	.	420	.	.
		648	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		F	Y	E	N	F	Y	A	G	G	S	S	T	V	R	G	F	Q	S	N	T	I	G	P	K	A	V	Y	F	P	H	Q	A	S	N	Y	D	P	D	Y	D	Y	E	C	A	T	Q	D	G	A	K	D	L	C	K	S	D	D	A	V	G	G	N	A	M	A	V	A	S	L	E	F	I	T	P	T	P	F	I	S	D
Query Conservation
Alig confidence																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		N	S	Y	Q	I	T	V	G	D	E	Y	T	V	R	G	Y	N	L	R	T	S	Q	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	D	S	G	V	Y	L	S	N	T	L	T	V	P	V	Q	F	S	L	L
Template Known Secondary structure		S	S					S							T	T						S			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	S		S	S					S
Template Predicted Secondary structure																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		437	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																						460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		728	.	730	.	.	.	.	.	.	.	.	.	740	.	.	.	.	.	.	.	.	.	750	.	.	.	.	.	.	.	.	.	760	.	.	.	.	.	.	.	.	.	770	.	.	.	.	.	.	.	.	.	780	.	.	.	.	.	.	.	.	.	790	.	.	.	.	.	.				.	.	.	800	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																																							.	.	.
Query SS confidence																																																																							.	.	.
Query Sequence		K	Y	A	N	S	V	R	T	S	F	F	W	D	M	G	T	V	W	D	T	N	W	D	S	S	Q	Y	S	G	Y	P	D	Y	S	D	P	S	N	I	R	M	S	A	G	I	A	L	Q	W	M	S	P	L	G	P	L	V	F	S	Y	A	Q	P	F	K	K	Y	D	G	.	.	.	D	K	A	E	Q	F	Q	F
Query Conservation																																																																							.	.	.
Alig confidence																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																	.	.	.
Template Conservation																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		G	K	Q	A	S	V	A	P	F	V	G	A	D	V	G	A	L	K	S	N	H	P	D	A	R	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	I	R	M	A	G	L	A	A	G	V	R	F	D	L	P	Y	A	R	M	S	F	T	Y	S	K	P	V	G	A	Q	P	G	G	A	P	R	A	P	V	W	L	Y	I
Template Known Secondary structure					S	S															S	S	S	S				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.															S	S												S		S		S	S	S					S
Template Predicted Secondary structure																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.												.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.
		805	.	.	.	.	810
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		N	I	G	K	T	W
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		N	A	G	L	S	F
Template Known Secondary structure
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		549	550	.	.	.	.