Job Description P37747 Confidence 99.92% Date Thu Jan 5 11:57:23 GMT 2012 Rank 39 Aligned Residues 346 % Identity 14% Template c3p1wA_ PDB info PDB header:protein transport Chain: A: PDB Molecule:rabgdi protein; PDBTitle: crystal structure of rab gdi from plasmodium falciparum, pfl2060c Resolution 1.85 Å

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		2	.	.	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.																					.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.
Predicted Secondary structure																																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		Y	D	Y	I	I	V	G	S	G	L	F	G	A	V	C	A	N	E	L	K	K	L	N	K	K	V	L	V	I	E	K	R	N	H	I	G	G	N	A	Y	T	E	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	C	E	G	I	Q	I	H	K	Y	G	A	H	I	F	H	T	N
Query Conservation																																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.								.
Template Conservation																																																																								.
Template Sequence		Y	D	V	I	I	L	G	T	G	L	K	E	C	I	L	S	G	L	L	S	H	Y	G	K	K	I	L	V	L	D	R	N	P	Y	Y	G	G	E	T	A	S	L	N	L	T	N	L	Y	N	T	F	K	P	K	E	N	I	P	S	K	Y	G	E	N	R	H	W	N	V	D	.	L	I	P	K	F	I	L	V	G
Template Known Secondary structure										S													T	T								S	S	S	S	S		G	G	G														T	T	S				G	G	G			G	G	G					.	S	S			B			T	T
Template Predicted Secondary structure																																																																								.
Template SS confidence
		5	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.		.	.	.	.	.	80	.	.	.
		62	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.				.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.										90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure														.	.	.																	.	.	.	.	.	.	.	.	.																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence														.	.	.																	.	.	.	.	.	.	.	.	.																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		D	K	Y	I	W	D	Y	V	N	D	L	V	.	.	.	E	F	N	R	F	T	N	S	P	L	A	I	Y	K	D	K	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	F	N	L	P	F	N	M	N	T	F	H	Q	M	W	G	V	K	D	P	Q	E	A	Q	N	I	I	N	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation														.	.	.																	.	.	.	.	.	.	.	.	.																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence														.	.	.																	.	.	.	.	.	.	.	.	.																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		G	N	L	V	K	I	L	K	K	T	R	V	T	N	Y	L	E	W	L	V	V	E	G	S	Y	V	Y	Q	H	Q	K	K	G	F	L	T	S	E	K	F	I	H	K	V	P	A	T	D	M	E	A	L	V	S	P	L	L	S	L	M	E	K	N	R	C	K	N	F	Y	Q	Y	V	S	E	W	D	A	N	K	R
Template Known Secondary structure		S									T	T		G	G	G	S						S												S	S	S											S						T		T	T	S																				T	T		G
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		84	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.
		119	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		Q	K	K	K	Y	G	D	K	V	P	E	N	L	E	E	Q	A	I	S	L	V	G	E	D	L	Y	Q	A	L	I	K	G	Y	T	E	K	Q	W	G	R	S	A	K	E	L	P	A	F	I	I	K	R	I	P	V	R	F	T	F	D	N	N	Y	F	S	D	R	Y	Q	G	I	P	V	G	G	Y	T	K	L	I
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		N	T	W	D	N	L	D	P	Y	K	L	T	M	L	E	I	Y	K	H	F	N	L	C	Q	L	T	I	D	F	L	G	H	A	V	A	L	Y	L	N	D	D	Y	L	K	Q	P	A	Y	L	T	L	E	R	I	K	L	Y	M	Q	S	I	S	A	F	G	K	S	P	F	I	Y	P	L	Y	G	L	G	G	I	P
Template Known Secondary structure		G	G	S	T	T			T	T	T	S	B								T	T													T	S			S	S	S	G	G	G	G	S	B																			S	S		S					T	T		T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		164	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.
		199	200	.	.	.				.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.														.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.
Predicted Secondary structure							.	.	.														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence							.	.	.														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		E	K	M	L	E	.	.	.	G	V	D	V	K	L	G	I	D	F	L	K	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	K	D	S	L	A	S	K	A	H	R	I	I	Y	T	G	P	I	D	Q	Y	F	D	Y	R	F	G	A	L	E	Y	R	S	L	K	F	E	T	E	R	H	E	F	P	N	F	Q
Query Conservation							.	.	.														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence							.	.	.														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.															.	.
Template Conservation																																																		.	.
Template Sequence		E	G	F	S	R	M	C	A	I	N	T	F	M	L	N	K	N	V	V	D	F	V	F	D	D	D	N	K	V	C	G	I	K	S	S	D	G	E	I	A	Y	C	D	K	V	I	C	D	.	.	P	S	Y	V	M	H	L	K	N	K	I	K	K	I	G	Q	V	I	R	C	I	C	I	L	S	N	P	I	P	E
Template Known Secondary structure															S	S										T	T	S								T	T	S												.	.	G	G	G		T	T	S	T	T	S															S	S			T	T
Template Predicted Secondary structure																																																		.	.
Template SS confidence
		244	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.			.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.
		263	.					.	.	.	.	.	270					.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330
Predicted Secondary structure				.	.	.	.							.	.	.	.																																																													.	.	.	.
Query SS confidence				.	.	.	.							.	.	.	.																																																													.	.	.	.
Query Sequence		G	N	.	.	.	.	A	V	I	N	F	T	.	.	.	.	D	A	N	V	P	Y	T	R	I	I	E	H	K	H	F	D	Y	V	E	T	K	H	T	V	V	T	K	E	Y	P	L	E	W	K	V	G	D	E	P	Y	Y	P	V	N	D	N	K	N	M	E	L	F	K	K	Y	R	E	L	A	S	.	.	.	.
Query Conservation				.	.	.	.							.	.	.	.																																																													.	.	.	.
Alig confidence				.	.	.	.							.	.	.	.																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																				.	.	.	.
Template Conservation																																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		T	N	Q	T	N	S	C	Q	I	I	I	P	Q	N	Q	L	N	R	K	S	D	I	Y	I	N	L	V	S	F	Q	H	G	V	T	L	K	G	K	Y	I	A	I	V	S	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	V	E	T	N	N	P	I	K	E	I	E	K	P	L	E	L	L	G	T	I	E	E
Template Known Secondary structure		S	T	T		S	S							G	G	G	G	T	S	S	S									G	G	G	T	S	S		T	T									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.				S	S						T						T	T		S
Template Predicted Secondary structure																																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		324	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.													.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.
																	331	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	R	E	D	K	V	I	F	G	G	R	L	A	E	Y	K	Y	Y	D	M	H	Q	V	I	S	A	A	L	Y	Q	V	K	N	I	M
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																		.	.
Template Conservation																																		.	.
Template Sequence		K	F	V	K	I	S	D	L	Y	V	S	T	S	K	K	P	A	D	N	I	F	V	T	S	S	Y	D	A	T	S	H	F	.	.	E	T	A	T	N	D	L	L	Q	I	W	E	N	L	W
Template Known Secondary structure													S		S	S		T	T										S		S	B	S	.	.
Template Predicted Secondary structure																																		.	.
Template SS confidence
		392	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.			.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.