Job Description P37747 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:57:23 GMT 2012 Rank 22 Aligned Residues 355 % Identity 14% Template c3bnuA_ PDB info PDB header:oxidoreductase Chain: A: PDB Molecule:polyamine oxidase fms1; PDBTitle: crystal structure of polyamine oxidase fms1 from2 saccharomyces cerevisiae in complex with bis-(3s,3's)-3 methylated spermine Resolution 2.20 Å

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		2	.	.	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.		.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.		.	.	.	.	.	70	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																									.																																									.											.	.	.	.	.
Query SS confidence																									.																																									.											.	.	.	.	.
Query Sequence		Y	D	Y	I	I	V	G	S	G	L	F	G	A	V	C	A	N	E	L	K	K	L	N	.	K	K	V	L	V	I	E	K	R	N	H	I	G	G	N	A	Y	T	E	D	C	E	G	I	Q	I	H	K	Y	G	A	H	I	F	H	T	N	D	K	Y	.	I	W	D	Y	V	N	D	L	V	E	.	.	.	.	.
Query Conservation																									.																																									.											.	.	.	.	.
Alig confidence																									.																																									.											.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		K	K	V	I	I	I	G	A	G	I	A	G	L	K	A	A	S	T	L	H	Q	N	G	I	Q	D	C	L	V	L	E	A	R	D	R	V	G	G	R	L	Q	T	V	T	G	Y	Q	G	R	K	Y	D	I	G	A	S	W	H	H	D	T	L	T	N	P	L	F	L	E	E	A	Q	L	S	L	N	D	G	R	T
Template Known Secondary structure										B													T	T			S						S	S	S	S	S	B	T	T							G	G	G					S	S							T	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		9	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.
		75	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.			.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.
Predicted Secondary structure																																																																		.	.
Query SS confidence																																																																		.	.
Query Sequence		F	N	R	F	T	N	S	P	L	A	I	Y	K	D	K	L	F	N	L	P	F	N	M	N	T	F	H	Q	M	W	G	V	K	D	P	Q	E	A	Q	N	I	I	N	A	Q	K	K	K	Y	G	D	K	V	P	E	N	L	E	E	Q	A	I	S	L	.	.	V	G	E	D	L	Y	Q	A	L	I	K	G	Y	T
Query Conservation																																																																		.	.
Alig confidence																																																																		.	.
Template Conservation
Template Sequence		R	F	V	F	D	D	D	N	F	I	Y	I	D	E	E	R	G	R	V	D	H	D	K	E	L	L	L	E	I	V	D	N	E	M	S	K	F	A	E	L	E	F	H	Q	H	L	G	V	S	D	C	S	F	F	Q	L	V	M	K	Y	L	L	Q	R	R	Q	F	L	T	N	D	Q	I	R	Y	L	P	Q	L	C
Template Known Secondary structure															T	T	T				T	T		T	T	T																	S	S	S		S	S					B													G	G	G	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		89	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.
		153	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.				.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																							.	.	.													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																							.	.	.													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		E	K	Q	W	G	R	S	A	K	E	L	P	A	F	I	I	K	R	I	P	V	R	F	T	F	D	N	N	Y	F	S	D	R	Y	Q	G	I	P	V	G	G	Y	T	K	L	I	E	K	M	L	E	G	V	.	.	.	D	V	K	L	G	I	D	F	L	K	D	K	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																																																							.	.	.													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																					.	.	.	.	.	.	.	.	.																										.	.	.													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																					.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		R	Y	L	E	L	W	H	G	L	D	W	K	L	L	S	A	K	D	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Y	F	G	H	Q	G	R	N	A	F	A	L	N	Y	D	S	V	V	Q	R	I	A	Q	S	F	P	Q	N	W	L	K	L	S	C	E	V	K	S	I	T	R	E	P	S	K	N	V	T	V	N	C	E
Template Known Secondary structure		G	G	G					T	B		T	T	T	S	B					.	.	.	.	.	.	.	.	.	S					S						S												T	S		G	G	G				S										T	T	T							T
Template Predicted Secondary structure																					.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		169	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.										.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		218	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.																								.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270
Predicted Secondary structure																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																			.	.	.	.
Query SS confidence																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																			.	.	.	.
Query Sequence		D	S	L	A	S	K	A	H	R	I	I	Y	T	G	P	I	D	Q	Y	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	F	D	Y	R	F	G	A	L	E	Y	R	S	L	K	F	E	T	E	R	H	E	F	P	N	F	Q	G	N	A	V	I	N	F	T	.	.	.	.
Query Conservation																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																			.	.	.	.
Alig confidence																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																			.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		D	G	T	V	Y	N	A	D	Y	V	I	I	T	V	P	Q	S	V	L	N	L	S	V	Q	P	E	K	N	L	R	G	R	I	E	F	Q	P	P	L	K	P	V	I	Q	D	A	F	D	K	I	H	F	G	A	L	G	K	V	I	F	E	F	E	E	C	C	W	S	N	E	S	S	K	I	V	T	L	A	N	S
Template Known Secondary structure		T	S																		G	G	G	G	S	S		S		S	T	T						S										T	T	S														S	S			S			S		S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.
																																											271	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	A	N	V	P	Y	T	R	I	I	E	H	K	H	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		T	N	E	F	V	E	I	V	R	N	A	E	N	L	D	E	L	D	S	M	L	E	R	E	T	S	V	T	C	W	S	Q	P	L	F	F	V	N	L	S	K	S	T	G	V	A	S	F	M	M	L	M	Q	A	P	L	T	N	H	I	E	S	I	R	E	D	K	E	R	L	F	S	F	F	Q	P	V	L	N	K
Template Known Secondary structure														S																T	T	S	S											T	S		S								B	T							T	T	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.
											285	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.				310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.		.	350	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.																										.	.	.																																								.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.																										.	.	.																																								.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	F	D	Y	V	E	T	K	H	T	V	V	T	K	E	Y	P	L	E	W	K	V	G	D	E	P	.	.	.	Y	Y	P	V	N	D	N	K	N	M	E	L	F	K	K	Y	R	E	L	A	S	R	E	D	K	V	I	F	G	G	R	L	A	E	Y	K	Y	Y	D	.	M	H	Q
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.																										.	.	.																																								.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.																										.	.	.																																								.
Template Conservation
Template Sequence		I	M	K	C	L	D	S	E	D	V	I	D	G	M	R	A	N	K	P	V	L	R	N	I	I	V	S	N	W	T	R	D	P	Y	S	R	G	A	Y	S	A	C	F	P	G	D	D	P	V	D	M	V	V	A	M	S	N	G	Q	D	S	R	I	R	F	A	G	E	H	T	I	M	D	G	A	G	C	A	Y	G
Template Known Secondary structure						T	T												S											T	T	T		T	T	T	S	S	S						T	T														S	S	S	S					S	T	T	S		S	T	T	T	T	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		405	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.
		352	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		V	I	S	A	A	L	Y	Q	V	K	N	I	M	S
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		A	W	E	S	G	R	R	E	A	T	R	I	S	D
Template Known Secondary structure
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		492	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.