Job Description P37747 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:57:23 GMT 2012 Rank 20 Aligned Residues 362 % Identity 14% Template c2yg4B_ PDB info PDB header:oxidoreductase Chain: B: PDB Molecule:putrescine oxidase; PDBTitle: structure-based redesign of cofactor binding in putrescine2 oxidase: wild type bound to putrescine Resolution 2.30 Å

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		2	.	.	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.					.	.	.
Predicted Secondary structure																																																																											.	.	.	.
Query SS confidence																																																																											.	.	.	.
Query Sequence		Y	D	Y	I	I	V	G	S	G	L	F	G	A	V	C	A	N	E	L	K	K	L	N	K	K	V	L	V	I	E	K	R	N	H	I	G	G	N	A	Y	T	E	D	C	E	G	I	Q	I	H	K	Y	G	A	H	I	F	H	T	N	D	K	Y	I	W	D	Y	V	N	D	L	V	E	.	.	.	.	F	N	R
Query Conservation																																																																											.	.	.	.
Alig confidence																																																				.																							.	.	.	.
Template Conservation																																																				.
Template Sequence		R	D	V	A	I	V	G	A	G	P	S	G	L	A	A	A	T	A	L	R	K	A	G	L	S	V	A	V	I	E	A	R	D	R	V	G	G	R	T	W	T	D	T	I	D	G	A	V	L	E	.	I	G	G	Q	W	V	S	P	D	Q	T	A	L	I	S	L	L	D	E	L	G	L	K	T	F	E	R	Y	R
Template Known Secondary structure										S													T	T								S	S	S	S	S		T	T							T	T					.		S				B		T	T											T	T
Template Predicted Secondary structure																																																				.
Template SS confidence
		6	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.		.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.
		78	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.											.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		F	T	N	S	P	L	A	I	Y	K	D	K	L	F	N	L	P	F	N	M	N	T	F	H	Q	M	W	G	V	K	D	P	Q	E	A	Q	N	I	I	N	A	Q	K	K	K	Y	G	D	K	V	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	P	E	N	L	E	E	Q	A	I	S	L	V	G	E	D	L	Y	Q	A	L
Query Conservation																																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		E	G	E	S	V	Y	I	S	S	A	G	E	R	T	R	Y	T	G	D	S	F	P	T	N	E	T	T	K	K	E	M	D	R	L	I	D	E	M	D	D	L	A	A	Q	I	G	A	E	E	P	W	A	H	P	L	A	R	D	L	D	T	V	S	F	K	Q	W	L	I	N	Q	S	D	D	A	E	A	R	D	N
Template Known Secondary structure			S							T	T								S	S	S																											S	S		G	G	G	S	T	T						T	S	B										S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		85	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.
		148	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.				180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.			.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																		.	.	.																											.	.													.	.	.	.	.
Query SS confidence																																		.	.	.																											.	.													.	.	.	.	.
Query Sequence		I	K	G	Y	T	E	K	Q	W	G	R	S	A	K	E	L	P	A	F	I	I	K	R	I	P	V	R	F	T	F	D	N	.	.	.	N	Y	F	S	D	R	Y	Q	G	I	P	V	G	G	Y	T	K	L	I	E	K	M	L	E	G	V	.	.	D	V	K	L	G	I	D	F	L	K	D	K	.	.	.	.	.
Query Conservation																																		.	.	.																											.	.													.	.	.	.	.
Alig confidence																																		.	.	.																											.	.													.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		I	G	L	F	I	A	G	G	M	L	T	K	P	A	H	S	F	S	A	L	Q	A	V	L	M	A	A	S	A	G	S	F	S	H	L	V	D	E	D	F	I	L	D	K	R	V	I	G	G	M	Q	Q	V	S	I	R	M	A	E	A	L	G	D	D	V	F	L	N	A	P	V	R	T	V	K	W	N	E	S	G
Template Known Secondary structure													S		T	T	S	S	B											T	T												T					T	T		T												G	G	G				S										T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		165	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.
								218	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.													.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	D	S	L	A	S	K	A	H	R	I	I	Y	T	G	P	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	I	D	Q	Y	F	D	Y	R	F	G	A	L	E	Y	R	S	L	K	F	E	T	E	R	H	E	F	P	N	F	Q	G	N	A	V	I	N	F	T	D	A	N	V	P	Y	T	R	I
Query Conservation		.	.	.	.	.	.																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		A	T	V	L	A	D	G	D	I	R	V	E	A	S	R	V	I	L	A	V	P	P	N	L	Y	S	R	I	S	Y	D	P	P	L	P	R	R	Q	H	Q	M	H	Q	H	Q	S	L	G	L	V	I	K	V	H	A	V	Y	E	T	P	F	W	R	E	D	G	L	S	G	T	G	F	G	A	S	E	V	V	Q	E
Template Known Secondary structure							T	T	T												S		G	G	G	G	G	G	S				S												T														S	S		G	G	G	G	G	T								T	T	S	S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		245	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.
		280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.																																										.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		I	E	H	K	H	F	D	Y	V	E	T	K	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	H	T	V	V	T	K	E	Y	P	L	E	W	K	V	G	D	E	P	Y	Y	P	V	N	D	N	K	N
Query Conservation														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		V	Y	D	N	T	N	H	E	D	D	R	G	T	L	V	A	F	V	S	D	E	K	A	D	A	M	F	E	L	S	A	E	E	R	K	A	T	I	L	A	S	L	A	R	Y	L	G	P	K	A	E	E	P	V	V	Y	Y	E	S	D	W	G	S	E	E	W	T	R	G	A	Y	A	A	S	F	D	L	G	G	L
Template Known Secondary structure								T	T		S	S																	T	S																			G	G	G	G			S							G	G	G		T	T	T		S	S	S						T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		325	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.
		319	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.		.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																.
Query SS confidence																																.
Query Sequence		M	E	L	F	K	K	Y	R	E	L	A	S	R	E	D	K	V	I	F	G	G	R	L	A	E	Y	K	Y	Y	D	.	M	H	Q	V	I	S	A	A	L	Y	Q	V	K	N	I	M	S	T	D
Query Conservation																																.
Alig confidence										.	.	.																				.
Template Conservation										.	.	.
Template Sequence		H	R	Y	G	A	D	S	R	.	.	.	T	P	V	G	P	I	H	F	S	C	S	D	I	A	A	E	G	Y	Q	H	V	D	G	A	V	R	M	G	Q	R	T	A	A	D	I	I	A	R	S
Template Known Secondary structure					G	G	G	S	S	.	.	.			B	T	T						G	G	G		S	T	T	T	T	S
Template Predicted Secondary structure										.	.	.
Template SS confidence
		405	.	.	.	.	410	.	.				.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.