Job Description P37747 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:57:23 GMT 2012 Rank 16 Aligned Residues 354 % Identity 18% Template c2v1dA_ PDB info PDB header:oxidoreductase/repressor Chain: A: PDB Molecule:lysine-specific histone demethylase 1; PDBTitle: structural basis of lsd1-corest selectivity in histone h32 recognition Resolution 3.10 Å

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		2	.	.	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.		.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80
Predicted Secondary structure																																																																	.
Query SS confidence																																																																	.
Query Sequence		Y	D	Y	I	I	V	G	S	G	L	F	G	A	V	C	A	N	E	L	K	K	L	N	K	K	V	L	V	I	E	K	R	N	H	I	G	G	N	A	Y	T	E	D	C	E	G	I	Q	I	H	K	Y	G	A	H	I	F	H	T	N	D	K	Y	.	I	W	D	Y	V	N	D	L	V	E	F	N	R	F	T	N
Query Conservation																																																																	.
Alig confidence																																																				.													.
Template Conservation																																																				.
Template Sequence		G	K	V	I	I	I	G	S	G	V	S	G	L	A	A	A	R	Q	L	Q	S	F	G	M	D	V	T	L	L	E	A	R	D	R	V	G	G	R	V	A	T	F	R	K	G	N	Y	V	A	D	.	L	G	A	M	V	V	T	G	L	G	G	N	P	M	A	V	V	S	K	Q	V	N	M	E	L	A	K	I	K
Template Known Secondary structure		S								S													T	T								S	S	S	S	S		T	T							T	T					.	S	S							S	B	T										T	T
Template Predicted Secondary structure																																																				.
Template SS confidence
		279	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.		.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.
		81	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.
Predicted Secondary structure																																																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		S	P	L	A	I	Y	K	D	K	L	F	N	L	P	F	N	M	N	T	F	H	Q	M	W	G	V	K	D	P	Q	E	A	Q	N	I	I	N	A	Q	K	K	K	Y	G	D	K	V	P	E	N	L	E	E	Q	A	I	S	L	V	G	E	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																																																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		Q	K	C	P	L	Y	E	A	N	G	Q	A	V	P	K	E	K	D	E	M	V	E	Q	E	F	N	R	L	L	E	A	T	S	Y	L	S	H	Q	L	D	F	N	V	L	N	N	K	P	V	S	L	G	Q	A	L	E	V	V	I	Q	L	Q	E	K	H	V	K	D	E	Q	I	E	H	W	K	K	I	V	K	T
Template Known Secondary structure							B		T	T	S	S	B																										T	S						T	T				B
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		358	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		Q	E	E	L	K	E	L	L	N	K	M	V	N	L	K	E	K	I	K	E	L	H	Q	Q	Y	K	E	A	S	E	V	K	P	P	R	D	I	T	A	E	F	L	V	K	S	K	H	R	D	L	T	A	L	C	K	E	Y	D	E	L	A	E	T	Q	G	K	L	E	E	K	L	Q	E	L	E	A	N	P	P	S
Template Known Secondary structure																																S		S	S																																									T	T	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		438	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.
										142	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	D	L	Y	Q	A	L	I	K	G	Y	T	E	K	Q	W	G	R	S	A	K	E	L	P	A	F	I	I	K	R	I	P	V	R	F	T	F	D	N	N	Y	F	S	D	R	Y	Q	G	I	P	V	G	G	Y	T	K	L	I	E	K	M	L	E	G	V	D	V	K	L	G	I	D	F
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.																								.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		D	V	Y	L	S	S	R	D	R	Q	I	L	D	W	H	F	A	N	L	E	F	A	N	A	T	P	L	S	T	L	S	.	.	.	.	.	.	.	L	K	H	W	D	Q	D	D	D	F	E	F	T	G	S	H	L	T	V	R	N	G	Y	S	C	V	P	V	A	L	A	E	G	L	D	I	K	L	N	T	A	V
Template Known Secondary structure		S		S	S																			T	T	S		T	T	T	B	B	.	.	.	.	.	.	.	T	T	T	T	T	T	T	G	G	G			B	S						T	T		T	T								T	T						S
Template Predicted Secondary structure																																	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		518	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.								.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590
		214	.	.	.																		.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.																	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260
Predicted Secondary structure						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		L	K	D	K	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	S	L	A	S	K	A	H	R	I	I	Y	T	G	P	I	D	Q	Y	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	F	D	Y	R	F	G	A	L	E	Y	R	S	L	K	F	E	T	E	R	H	E	F	P	N
Query Conservation						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		R	Q	V	R	Y	T	A	S	G	C	E	V	I	A	V	N	T	R	S	T	S	Q	T	F	I	Y	K	C	D	A	V	L	C	T	L	P	L	G	V	L	K	Q	Q	P	P	A	V	Q	F	V	P	P	L	P	E	W	K	T	S	A	V	Q	R	M	G	F	G	N	L	N	K	V	V	L	C	F	D	R	V	F
Template Known Secondary structure								T	T									S	S	S	T	T								S														S	S		S	S				S													S													S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		591	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670
		261	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.																																							.	.	300	.	.
Predicted Secondary structure																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		F	Q	G	N	A	V	I	N	F	T	D	A	N	V	P	Y	T	R	I	I	E	H	K	H	F	D	Y	V	E	T	K	H	T	V	V	T	K	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	E	Y	P	L	E
Query Conservation																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		W	D	P	S	V	N	L	F	G	H	V	G	S	T	T	A	S	R	G	E	L	F	L	F	W	N	L	Y	K	A	P	I	L	L	A	L	V	A	G	E	A	A	G	I	M	E	N	I	S	D	D	V	I	V	G	R	C	L	A	I	L	K	G	I	F	G	S	S	A	V	P	Q	P	K	E	T	V	V	S	R
Template Known Secondary structure		S		T	T									S	S	S	T	T	T	T	T	T							S	S	S	S															T	T	S																			T	T	T	S				S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		671	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.	.	.	.	.	.	.	730	.	.	.	.	.	.	.	.	.	740	.	.	.	.	.	.	.	.	.	750
		303	.	.	.	.	.	.			310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.														.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.		.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure									.	.																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																.
Query SS confidence									.	.																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																.
Query Sequence		W	K	V	G	D	E	P	.	.	Y	Y	P	V	N	D	N	K	N	M	E	L	F	K	K	Y	R	E	L	A	S	R	E	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	K	V	I	F	G	G	R	L	A	E	Y	K	Y	Y	D	.	M	H	Q	V	I	S	A	A	L	Y	Q	V	K	N	I	M	S
Query Conservation									.	.																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																.
Alig confidence									.	.																			.	.					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																.
Template Conservation																													.	.
Template Sequence		W	R	A	D	P	W	A	R	G	S	Y	S	Y	V	A	A	G	S	S	G	N	D	Y	D	L	M	A	.	.	Q	P	I	T	P	G	P	S	I	P	G	A	P	Q	P	I	P	R	L	F	F	A	G	E	H	T	I	R	N	Y	P	A	T	V	H	G	A	L	L	S	G	L	R	E	A	G	R	I	A	D
Template Known Secondary structure		T	T	T		T	T	T	S	S	S					B	T	T											.	.	S		B					S	S	T	T	S											S	G	G	G		T	T	S	T	T	S
Template Predicted Secondary structure																													.	.
Template SS confidence
		751	.	.	.	.	.	.	.	.	760	.	.	.	.	.	.	.	.	.	770	.	.	.	.	.	.	.			.	.	780	.	.	.	.	.	.	.	.	.	790	.	.	.	.	.	.	.	.	.	800	.	.	.	.	.	.	.	.	.	810	.	.	.	.	.	.	.	.	.	820	.	.	.	.	.	.	.