Job Description P37747 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:57:23 GMT 2012 Rank 7 Aligned Residues 361 % Identity 12% Template c2ivdA_ PDB info PDB header:oxidoreductase Chain: A: PDB Molecule:protoporphyrinogen oxidase; PDBTitle: structure of protoporphyrinogen oxidase from myxococcus2 xanthus with acifluorfen Resolution 2.3 Å

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		2	.	.	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																																												.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																																												.	.	.	.	.	.
Query Sequence		Y	D	Y	I	I	V	G	S	G	L	F	G	A	V	C	A	N	E	L	K	K	L	N	K	K	V	L	V	I	E	K	R	N	H	I	G	G	N	A	Y	T	E	D	C	E	G	I	Q	I	H	K	Y	G	A	H	I	F	H	T	N	D	K	Y	I	W	D	Y	V	N	D	L	V	E	F	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																																																																												.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																																				.																								.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																				.
Template Sequence		M	N	V	A	V	V	G	G	G	I	S	G	L	A	V	A	H	H	L	R	S	R	G	T	D	A	V	L	L	E	S	S	A	R	L	G	G	A	V	G	T	H	A	L	A	G	Y	L	V	E	.	Q	G	P	N	S	F	L	D	R	E	P	A	T	R	A	L	A	A	A	L	N	L	E	G	R	I	R	A	A
Template Known Secondary structure										B												T	T	T								S	S	S	S	S	B	T	T							T	T					.	S	S						T	T											T	T		G	G	G				S
Template Predicted Secondary structure																																																				.
Template SS confidence
		10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.		60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.
		76	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		N	R	F	T	N	S	P	L	A	I	Y	K	D	K	L	F	N	L	P	F	N	M	N	T	F	H	Q	M	W	G	V	K	D	P	Q	E	A	Q	N	I	I	N	A	Q	K	K	K	Y	G	D	K	V	P	E	N	L	E	E	Q	A	I	S	L	V	G	E	D	L	Y	Q	A	L	I	K	G	Y	T	E	K	Q
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		D	P	A	A	K	R	R	Y	V	Y	T	R	G	R	L	R	S	V	P	A	S	P	P	A	F	L	A	S	D	I	L	P	L	G	A	R	L	R	V	A	G	E	L	F	S	R	R	A	P	E	G	V	D	E	S	L	A	A	F	G	R	R	H	L	G	H	R	A	T	Q	V	L	L	D	A	V	Q	T	G	I
Template Known Secondary structure			S	S									T	T								S						T		S	S	S										G	G	G	G						T	T				B									T								T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		89	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.
		156	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.																				.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.			.	.	.	.	210	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																		.	.
Query SS confidence																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																		.	.
Query Sequence		W	G	R	S	A	K	E	L	P	A	F	I	I	K	R	I	P	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	V	R	F	T	F	D	N	N	Y	F	S	D	R	Y	Q	G	I	P	V	G	G	Y	T	K	L	I	E	K	M	L	E	G	V	.	.	D	V	K	L	G	I	D	F	L
Query Conservation																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																		.	.
Alig confidence																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																		.	.
Template Conservation
Template Sequence		Y	A	G	D	V	E	Q	L	S	V	A	A	T	F	P	M	L	V	K	M	E	R	E	H	R	S	L	I	L	G	A	I	R	A	Q	K	A	Q	R	Q	A	G	T	A	P	K	L	S	G	A	L	S	T	F	D	G	G	L	Q	V	L	I	D	A	L	A	A	S	L	G	D	A	A	H	V	G	A	R	V	E
Template Known Secondary structure						T	T	T	B	B																S	S													T					S											T	T		T												G	G	G			S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		169	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.
		215	.	.													.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.											.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.				.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																													.	.	.
Query SS confidence					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																													.	.	.
Query Sequence		K	D	K	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	S	L	A	S	K	A	H	R	I	I	Y	T	G	P	I	D	Q	Y	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	F	D	Y	R	F	G	A	L	E	Y	R	S	L	K	F	E	T	E	R	H	E	F	P	N	F	Q	G	N	.	.	.	A	V	I	N	F
Query Conservation					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																													.	.	.
Alig confidence					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																													.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		G	L	A	R	E	G	W	R	L	I	I	E	E	H	G	R	R	A	E	L	S	V	A	Q	V	V	L	A	A	P	A	H	A	T	A	K	L	L	R	P	L	D	D	A	L	A	A	L	V	A	G	I	A	Y	A	P	I	A	V	V	H	L	G	F	D	A	G	T	L	P	A	P	D	G	F	G	F	L	V	P
Template Known Secondary structure															T	T								S						S										T	T	T										T			B												T	T	S	S					S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		253	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.
		270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.																																					.	310	.	.	.
Predicted Secondary structure																																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		T	D	A	N	V	P	Y	T	R	I	I	E	H	K	H	F	D	Y	V	E	T	K	H	T	V	V	T	K	E	Y	P	L	E	W	K	V	G	D	E	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	P	Y	Y	P	V
Query Conservation																																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		A	E	E	Q	R	R	M	L	G	A	I	H	A	S	T	T	F	P	F	R	A	E	G	G	R	V	L	Y	S	C	M	V	G	G	A	R	Q	P	G	L	V	E	Q	D	E	D	A	L	A	A	L	A	R	E	E	L	K	A	L	A	G	V	T	A	R	P	S	F	T	R	V	F	R	W	P	L	G	I	P	Q
Template Known Secondary structure		G	G	G			S												G	G	G	B	S	T	T											T	T		G	G	G	G	G	S																					S			S								S	S			B
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		335	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.
		314	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		N	D	N	K	N	M	E	L	F	K	K	Y	R	E	L	A	S	R	E	D	K	V	I	F	G	G	R	L	A	E	Y	K	Y	Y	D	M	H	Q	V	I	S	A	A	L	Y	Q	V	K	N	I	M	S
Query Conservation
Alig confidence																												.	.
Template Conservation																												.	.
Template Sequence		Y	N	L	G	H	L	E	R	V	A	A	I	D	A	A	L	Q	R	L	P	G	L	H	L	I	G	.	.	N	A	Y	K	G	V	G	L	N	D	C	I	R	N	A	A	Q	L	A	D	A	L	V	A
Template Known Secondary structure			B	T	T														T	S	T	T					S	.	.	T	T	T	S			S
Template Predicted Secondary structure																												.	.
Template SS confidence
		415	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440			.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.