Job Description P24169 Confidence 99.89% Date Thu Jan 5 11:40:44 GMT 2012 Rank 39 Aligned Residues 359 % Identity 14% Template c3hbxB_ PDB info PDB header:lyase Chain: B: PDB Molecule:glutamate decarboxylase 1; PDBTitle: crystal structure of gad1 from arabidopsis thaliana Resolution 2.67 Å

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		111	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		F	F	R	A	L	V	D	Y	V	N	Q	G	N	S	A	F	D	C	P	G	H	Q	G	G	E	F	F	R	R	H	P	A	G	N	Q	F	V	E	Y	F	G	E	A	L	F	R	A	D	L	C	N	A	D	V	A	M	G	D	L	L	I	H	E	G	A	P	C	I	A	Q	Q	H	A	A	K	V	F	N	A	D
Query Conservation
Alig confidence																																.																									.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																.																									.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		A	Y	Q	I	I	N	D	E	L	M	L	D	G	N	P	R	L	N	L	A	S	F	V	T	T	W	M	E	P	E	.	C	D	K	L	I	M	S	S	I	N	K	N	Y	V	D	M	D	E	Y	P	V	T	T	E	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	Q	N	R	C	V	N	M	I	A	H	L	F	N	A	P
Template Known Secondary structure										G	G	G	S			G	G	G	B	T	T			S								.								T	T	T		B	T	T		T	T	T							.	.	.	.	.	.	.	.	.													T	T
Template Predicted Secondary structure																																.																									.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		42	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.		.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.										.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.
		191	.	.							.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.														.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.
Predicted Secondary structure					.	.	.	.	.	.																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence					.	.	.	.	.	.																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		K	T	Y	.	.	.	.	.	.	F	V	L	N	G	T	S	S	S	N	K	V	V	L	N	A	L	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	P	G	D	L	V	L	F	D	R	N	N	H	K	S	N	H	H	G	A	L	L	Q	A	G	A	T	P	V	Y	L	E	T	A	R	N	P	Y	G	F
Query Conservation					.	.	.	.	.	.																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence					.	.	.	.	.	.																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																			.																				.	.
Template Conservation																																																												.																				.	.
Template Sequence		L	E	E	A	E	T	A	V	G	V	G	T	V	G	S	S	E	A	I	M	L	A	G	L	A	F	K	R	K	W	Q	N	K	R	K	A	E	G	K	P	V	D	K	P	N	I	V	T	G	A	N	V	Q	V	C	W	E	K	.	F	A	R	Y	F	E	V	E	L	K	E	V	K	L	S	E	G	Y	Y	.	.
Template Known Secondary structure				T	T									S	S																							T	T				S								T	T								.					T	T									B	T	T	B		.	.
Template Predicted Secondary structure																																																												.																				.	.
Template SS confidence
		112	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.		170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.
		252	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.		.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.							.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																										.																					.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																										.																					.	.	.	.	.	.
Query Sequence		I	G	G	I	D	A	H	C	F	E	E	S	Y	L	R	E	L	I	A	E	V	A	P	Q	R	A	K	E	A	R	P	F	R	L	A	V	I	Q	L	G	.	T	Y	D	G	T	I	Y	N	A	R	Q	V	V	D	K	I	G	H	L	C	.	.	.	.	.	.	D	Y	I	L	F	D	S	A	W	V	G	Y	E
Query Conservation																																										.																					.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.							.																					.	.	.	.	.	.											.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																												.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	V	M	D	P	Q	Q	A	V	D	M	V	D	E	N	T	I	C	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	V	A	A	I	L	G	S	T	L	N	G	E	F	E	D	V	K	L	L	N	D	L	L	V	E	K	N	K	E	T	G	W	D	T	P	I	H	V	D	A	A	S	G	.	.	G
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	S												T	T				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.					B	S		T	T	T			B																												T	T	G	.	.	G
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																												.	.
Template SS confidence
									189	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.											.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.			.
		325	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.		.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.
Predicted Secondary structure															.																																																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence															.																																																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		Q	F	I	P	M	M	A	D	C	S	P	L	L	.	L	D	L	N	E	N	D	P	G	I	L	V	T	Q	S	V	H	K	Q	Q	A	G	F	S	Q	T	S	Q	I	H	K	K	D	S	H	I	K	G	Q	Q	R	Y	V	P	H	K	R	M	N	N	A	F	M	M	H	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation															.																																																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence															.							.	.	.	.																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																						.	.	.	.																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		F	I	A	P	F	L	Y	P	E	L	E	W	D	F	R	L	P	L	V	K	.	.	.	.	S	I	N	V	S	G	H	Y	G	L	V	Y	A	G	I	G	W	V	I	W	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	R	N	K	E	D	L	P	E	E	L	I	F	H	I	N	Y	L	G	A	D	Q	P	T	F
Template Known Secondary structure		G	T						S	S				S	T	T	S	T	T			.	.	.	.													S	S							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	S	G	G	G	S		G	G	G						S	S	S	S
Template Predicted Secondary structure																						.	.	.	.																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.					270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.													290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.
				394	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.
Predicted Secondary structure		.	.
Query SS confidence		.	.
Query Sequence		.	.	S	T	S	P	F	Y	P	L	F	A	A	L	N	I	N	A	K	M	H	E	G	V	S	G	R	N	M	W	M	D	C	V	V	N	G	I	N	A	R	K	L	I	L	D	N	C	Q	H	I	R	P	F	V	P	E	L	V	D	G	K	P	W	Q	S	Y	E	T	A	Q	I	A	V	D	L	R	F	F	Q
Query Conservation		.	.
Alig confidence		.	.																																																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		T	L	N	F	S	K	G	S	S	Q	V	I	A	Q	Y	Y	Q	L	I	R	L	G	H	E	G	Y	R	N	V	M	E	N	C	R	E	N	M	I	V	L	R	E	G	L	E	K	T	E	R	F	N	I	V	S	K	D	E	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure			S			S		B	S																																						T	T	T						S		S	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		315	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.
		472	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.								.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																														.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																														.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		F	V	P	G	E	H	W	H	S	F	E	G	Y	A	E	N	Q	Y	F	V	D	P	C	K	L	L	L	T	T	P	G	I	D	A	R	N	G	E	Y	E	A	F	G	V	P	A	T	I	L	A	N	F	L	R	E	N	G	V	V	P	.	.	.	.	.	.	.	E	K	C	D	L	N	S	I	L	F	L	L	T
Query Conservation																																																														.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														.	.	.	.	.	.	.	.	.																			.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	V	P	L	V	A	F	S	L	K	D	S	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	C	H	T	E	F	E	I	S	D	M	L	R	R	Y	G	W	I	V	P	A	Y	T	M	P	P	N	A	Q	H	I	T	V	L	R	V	V	I	R
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	S	S							S	S		S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S												T	T	T		B								T	T		T	T
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																						372	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.										.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.
		545	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		P	A	E	D	M	A	K	L	Q	Q	L	V	A	L	L	V	R	F	E	K	L	L	E	S	D
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		E	D	F	S	R	T	L	A	E	R	L	V	I	D	I	E	K	V	M	R	E	L	D	E	L
Template Known Secondary structure		T	T																						T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		423	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.