Job Description P28903 Confidence 99.93% Date Thu Jan 5 11:45:16 GMT 2012 Rank 3 Aligned Residues 470 % Identity 13% Template c3r1rB_ PDB info PDB header:complex (oxidoreductase/peptide) Chain: B: PDB Molecule:ribonucleotide reductase r1 protein; PDBTitle: ribonucleotide reductase r1 protein with amppnp occupying2 the activity site from escherichia coli Resolution 3.00 Å

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		4	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.							.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																																							.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																																							.	.	.	.	.	.
Query Sequence		H	V	M	K	R	D	G	C	K	V	P	F	K	S	E	R	I	K	E	A	I	L	R	A	A	K	A	A	E	V	D	D	A	D	Y	C	A	T	V	A	A	V	V	S	E	Q	M	Q	G	R	N	Q	V	D	I	N	E	I	Q	T	A	V	E	N	Q	L	M	S	G	.	.	.	.	.	.	P	Y	K	Q	L
Query Conservation																																																																							.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																		.	.	.																.	.																		.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																		.	.	.																.	.
Template Sequence		L	V	T	K	R	D	G	S	T	E	R	I	N	L	D	K	I	H	R	V	L	D	W	A	A	E	G	L	H	N	V	S	.	.	.	I	S	Q	V	E	L	R	S	H	I	Q	F	Y	D	G	.	.	I	K	T	S	D	I	H	E	T	I	I	K	A	A	A	D	L	I	S	R	D	A	P	D	Y	Q	Y	L
Template Known Secondary structure						S	S	S																			T	T		S	S			.	.	.										T	T			T	T	.	.																T	T			S	S		T	T
Template Predicted Secondary structure																																		.	.	.																.	.
Template SS confidence
		6	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.				.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.			.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80
		78	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.																																									.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		A	R	A	Y	I	E	Y	R	H	D	R	D	I	E	R	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	E	K	R	G	R	L	N	Q	E	I	R	G	L	V	E	Q	T	N	A	S	L	L	N	E	N
Query Conservation																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		A	A	R	L	A	I	F	H	L	R	K	K	A	Y	G	Q	F	E	P	P	A	L	Y	D	H	V	V	K	M	V	E	M	G	K	Y	D	N	H	L	L	E	D	Y	T	E	E	E	F	K	Q	M	D	T	F	I	D	H	D	R	D	M	T	F	S	Y	A	A	V	K	Q	L	E	G	K	Y	L	V	Q	N	R
Template Known Secondary structure																S	S	S	S														T	T	S	S		T						S														G	G	G	G	G	G													T	S		B		T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		81	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160
			118	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.
Query SS confidence		.
Query Sequence		.	A	N	K	D	S	K	V	I	P	T	Q	R	D	L	L	A	G	I	V	A	K	H	Y	A	R	Q	H	L	L	P	R	D	V	V	Q	A	H	E	R	G	D	I	H	Y	H	D	L	D	Y	S	P	F	F	P	M	F	N	C	M	L	I	D	L	K	G	M	L	T	Q	G	F	K	M	G	N	A	E	I	E
Query Conservation		.
Alig confidence		.																					.	.	.	.																			.																							.
Template Conservation																							.	.	.	.																			.																							.
Template Sequence		V	T	G	E	I	Y	E	S	A	Q	F	L	Y	I	L	V	A	A	C	L	F	.	.	.	.	S	N	Y	P	R	E	T	R	L	Q	Y	V	K	R	F	Y	D	A	.	V	S	T	F	K	I	S	L	P	T	P	I	M	S	G	V	R	T	P	T	R	Q	.	F	S	S	C	V	L	I	E	C	G	D	S	L
Template Known Secondary structure		T	T			B																T	.	.	.	.	T	T	S		T	T	T												.			T	T	S											T	T	S	S				.											S	S
Template Predicted Secondary structure																							.	.	.	.																			.																							.
Template SS confidence
		161	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.					.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.		200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.		.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.
		197	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.				.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.
Predicted Secondary structure																																								.	.	.
Query SS confidence																																								.	.	.
Query Sequence		P	P	K	S	I	S	T	A	T	A	V	T	A	Q	I	I	A	Q	V	A	S	H	I	Y	G	G	T	T	I	N	R	I	D	E	V	L	A	P	.	.	.	F	V	T	A	S	Y	N	K	H	R	K	T	A	E	E	W	N	I	P	D	A	E	G	Y	A	N	S	R	T	I	K	E	C	Y	D	A	F	Q	S
Query Conservation																																								.	.	.
Alig confidence			.	.														.	.	.	.	.										.	.							.	.	.
Template Conservation			.	.														.	.	.	.	.										.	.
Template Sequence		D	.	.	S	I	N	A	T	S	S	A	I	V	K	Y	V	.	.	.	.	.	S	Q	R	A	G	I	G	I	N	.	.	A	G	R	I	R	A	L	G	S	P	I	R	G	G	E	A	F	H	T	G	C	I	P	F	Y	K	H	F	Q	T	A	V	K	S	C	S	Q	G	G	V	R	G	G	A	A	T	L	F
Template Known Secondary structure			.	.														.	.	.	.	.	T	T	T							.	.		T	T	S			T	T				T	T	T	T						S													T	T	S	B	T	T	T	B	S
Template Predicted Secondary structure			.	.														.	.	.	.	.										.	.
Template SS confidence
		235			.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.						.	250	.	.	.	.	.	.	.			.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.
		274	.		.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure				.																																																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence				.																																																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		L	E	.	Y	E	V	N	T	L	H	T	A	N	G	Q	T	P	F	V	T	F	G	F	G	L	G	T	S	W	E	S	R	L	I	Q	E	S	I	L	R	N	R	I	A	G	L	G	K	N	R	K	T	A	V	F	P	K	L	V	F	A	I	R	D	G	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation				.																																																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence				.																																											.				.	.																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																															.				.	.
Template Sequence		Y	P	M	W	H	L	E	V	E	S	L	L	V	L	K	N	N	R	G	V	E	G	N	R	V	R	H	M	D	Y	G	V	Q	I	N	K	L	M	Y	T	R	L	L	K	G	.	E	D	I	.	.	T	L	F	S	P	S	D	V	P	G	L	Y	D	A	F	F	A	D	Q	E	E	F	E	R	L	Y	T	K	Y
Template Known Secondary structure				T	T	B	T	T					T	T	T	T		S	S	S		G	G	G			T	T	S																T	T	.				.	.			B		G	G	G	S	T	T
Template Predicted Secondary structure																																															.				.	.
Template SS confidence
		306	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350		.	.	.			.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.
							339	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.																																																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.																																																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	N	H	K	K	G	D	P	N	Y	D	I	K	Q	L	A	L	E	C	A	S	K	R	M	Y	P	D	I	L	N	Y	D	Q	V	V	K	V	T	G	S	F	K	T	P	M	G	C	R	S	F	L	G	V	W	E	N	E	N	G	E	Q	I	H	D	G	R	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation		.	.	.	.	.																																																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.																																					.	.	.	.	.																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																											.	.	.	.	.
Template Sequence		E	K	D	D	S	I	R	K	Q	R	V	K	A	V	E	L	F	S	L	M	M	Q	E	R	A	S	T	G	R	I	Y	I	Q	N	V	D	H	C	N	T	H	.	.	.	.	.	S	P	F	D	P	A	I	A	P	V	R	Q	S	N	L	C	L	E	I	A	L	P	T	K	P	L	N	D	V	N	D	E	N	G
Template Known Secondary structure					T	T	S																						S													T	.	.	.	.	.	S	S	B		T	T	T	S							T	T	S							B			S	S	T	T		T	T
Template Predicted Secondary structure																																											.	.	.	.	.
Template SS confidence
		383	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.						.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.
				404	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.
Predicted Secondary structure		.	.
Query SS confidence		.	.
Query Sequence		.	.	N	N	L	G	V	I	S	L	N	L	P	R	I	A	L	E	A	K	G	D	E	A	T	F	W	K	L	L	D	E	R	L	V	L	A	R	K	A	L	M	T	R	I	A	R	L	E	G	V	K	A	R	V	A	P	I	L	Y	M	E	G	A	C	G	V	R	L	N	A	D	D	D	V	S	E	I	F	K
Query Conservation		.	.
Alig confidence		.	.														.	.	.	.	.	.	.	.	.																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																	.	.	.	.	.	.	.	.	.																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		E	I	A	L	C	T	L	S	A	F	N	L	G	A	I	.	.	.	.	.	.	.	.	.	N	N	L	D	E	L	E	E	L	A	I	L	A	V	R	A	L	D	A	L	L	D	Y	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Q	D	Y	P	I	P	A	A	K	R	G	A	M
Template Known Secondary structure		B											T	T	S		.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	S	G	G	G																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S			S	S
Template Predicted Secondary structure																	.	.	.	.	.	.	.	.	.																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		458	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.										.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.																					.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.
		482	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		N	G	R	A	S	I	S	L	G	Y	I	G	I	H	E	T	I	N	A	L	F	G	G	E	H	V	Y	D	N	E	Q	L	R	A	K	G	I	A	I	V	E	R	L	R	Q	A	V	D	Q	W	K	E	E
Query Conservation
Alig confidence						.																.	.	.
Template Conservation						.																.	.	.
Template Sequence		G	R	R	T	.	L	G	I	G	V	I	N	F	A	Y	Y	L	A	K	H	.	.	.	G	K	R	Y	S	D	G	S	A	N	N	L	T	H	K	T	F	E	A	I	Q	Y	Y	L	L	K	A	S	N	E
Template Known Secondary structure						.															T	.	.	.	T			S	T	T	S	T	T
Template Predicted Secondary structure						.																.	.	.
Template SS confidence
		509	510	.	.		.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.				.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.