Job Description P28903 Confidence 99.84% Date Thu Jan 5 11:45:16 GMT 2012 Rank 4 Aligned Residues 530 % Identity 14% Template c3hnfA_ PDB info PDB header:oxidoreductase Chain: A: PDB Molecule:ribonucleoside-diphosphate reductase large subunit; PDBTitle: crystal structure of human ribonucleotide reductase 1 bound to the2 effectors ttp and datp Resolution 3.16 Å

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		18	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.						.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																										.	.	.	.	.																.	.	.	.
Query SS confidence																																																										.	.	.	.	.																.	.	.	.
Query Sequence		E	R	I	K	E	A	I	L	R	A	A	K	A	A	E	V	D	D	A	D	Y	C	A	T	V	A	A	V	V	S	E	Q	M	Q	G	R	N	Q	V	D	I	N	E	I	Q	T	A	V	E	N	Q	L	M	S	G	P	.	.	.	.	.	Y	K	Q	L	A	R	A	Y	I	E	Y	R	H	D	R	.	.	.	.
Query Conservation																																																										.	.	.	.	.																.	.	.	.
Alig confidence																		.																				.	.																			.	.	.	.	.																.	.	.	.
Template Conservation																		.																				.	.
Template Sequence		D	K	I	T	S	R	I	Q	K	L	C	Y	G	L	N	M	.	D	F	V	D	P	A	Q	I	T	M	K	V	I	Q	G	L	Y	S	G	.	.	V	T	T	V	E	L	D	T	L	A	A	E	T	A	A	T	L	T	T	K	H	P	D	Y	A	I	L	A	A	R	I	A	V	S	N	L	H	K	E	T	K	K
Template Known Secondary structure									G	G	G	G	T	T	S		T	.	T	T											T	T	S			S	S	.	.																	G	G	G	T		T																T	T	S		S
Template Predicted Secondary structure																		.																				.	.
Template SS confidence
		16	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.		.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50			.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.
																																									89	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	I	E	R	E	K	R	G	R	L	N	Q	E	I	R	G	L	V	E	Q	T	N	A	S	L	L	N	E	N	A	N	K	D	S	K	V	I	P	T	Q	R
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																														.
Template Conservation																																																																						.
Template Sequence		V	F	S	D	V	M	E	D	L	Y	N	Y	I	N	P	H	N	G	K	H	S	P	M	V	A	K	S	T	L	D	I	V	L	A	N	K	D	R	L	N	S	A	I	I	Y	D	R	D	F	S	Y	N	Y	F	G	F	K	T	L	E	R	S	Y	L	L	K	I	N	.	G	K	V	A	E	R	P	Q	H	M	L
Template Known Secondary structure														B		T	T	T			B			S	S										T	T						T	T			G	G	G	G	G	S	S												T	S		B	S	S	.	S	S	B
Template Predicted Secondary structure																																																																						.
Template SS confidence
		93	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160		.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.
		130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.		.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																																		.
Query SS confidence																																																																		.
Query Sequence		D	L	L	A	G	I	V	A	K	H	Y	A	R	Q	H	L	L	P	R	D	V	V	Q	A	H	E	R	G	D	I	H	Y	H	D	L	D	Y	S	P	F	F	P	M	F	N	C	M	L	I	D	L	K	G	M	L	T	Q	G	F	K	M	G	N	A	.	E	I	E	P	P	K	S	I	S	T	A	T	A	V	T
Query Conservation																																																																		.
Alig confidence										.	.	.	.	.	.	.	.	.														.																							.											.					.	.
Template Conservation										.	.	.	.	.	.	.	.	.														.																							.																.	.
Template Sequence		M	R	V	S	V	G	I	H	.	.	.	.	.	.	.	.	.	K	E	D	I	D	A	A	I	E	T	Y	N	L	.	L	S	E	R	W	F	T	H	A	S	P	T	L	F	N	A	G	T	N	R	P	Q	.	L	S	S	C	F	L	L	S	M	K	D	D	S	I	E	.	.	G	I	Y	D	T	L	K	Q	C
Template Known Secondary structure										.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	T												.			T	T	S											T	T	S	S	S			.												S	S			.	.
Template Predicted Secondary structure										.	.	.	.	.	.	.	.	.														.																							.																.	.
Template SS confidence
		172	.	.	.	.	.	.	.										180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.		.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.		.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.			230	.	.	.	.	.	.	.	.
		209	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.				.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																												.	.	.
Query SS confidence																												.	.	.
Query Sequence		A	Q	I	I	A	Q	V	A	S	H	I	Y	G	G	T	T	I	N	R	I	D	E	V	L	A	P	.	.	.	F	V	T	A	S	Y	N	K	H	R	K	T	A	E	E	W	N	I	P	D	A	E	G	Y	A	N	S	R	T	I	K	E	C	Y	D	A	F	Q	S	L	E	Y	E	V	N	T	L	H	T	A	N
Query Conservation																												.	.	.
Alig confidence						.	.	.	.	.										.	.							.	.	.																														.	.	.	.	.	.
Template Conservation						.	.	.	.	.										.	.																																							.	.	.	.	.	.
Template Sequence		A	L	I	S	.	.	.	.	.	K	S	A	G	G	I	G	V	A	.	.	V	S	C	I	R	A	T	G	S	Y	I	A	G	T	N	G	N	S	N	G	L	V	P	M	L	R	V	Y	N	N	T	A	R	Y	V	D	Q	P	.	.	.	.	.	.	G	A	F	A	I	Y	L	E	P	W	H	L	D	I	F	E
Template Known Secondary structure						.	.	.	.	.		T								.	.		T	T	S			T	T				T	T	T	T																								.	.	.	.	.	.									T	T	B	T	T
Template Predicted Secondary structure						.	.	.	.	.										.	.																																							.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		239	240	.	.						.	.	.	.	.	.	.	250	.			.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.							290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.
		286	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.																										.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340
Predicted Secondary structure																																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		G	Q	T	P	F	V	T	F	G	F	G	L	G	T	S	W	E	S	R	L	I	Q	E	S	I	L	R	N	R	I	A	G	L	G	K	N	R	K	T	A	V	F	P	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	K	L	V	F	A	I	R	D	G	L	N	H
Query Conservation																																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence								.	.	.	.	.	.																							.	.	.							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.										.	.	.
Template Conservation								.	.	.	.	.	.																							.	.	.																																									.	.	.
Template Sequence		F	L	D	L	K	K	.	.	.	.	.	.	R	D	L	F	F	A	L	W	I	P	D	L	F	M	K	R	V	E	T	N	Q	D	.	.	.	W	S	L	M	C	P	N	E	C	P	G	L	D	E	V	W	G	E	E	F	E	K	L	Y	A	S	Y	E	K	Q	G	R	V	R	K	V	V	K	A	Q	.	.	.
Template Known Secondary structure			T	T	S			.	.	.	.	.	.																			T	T			.	.	.				B		T	T	T	S	T	T	T	T	S															T	T				S							.	.	.
Template Predicted Secondary structure								.	.	.	.	.	.																							.	.	.																																									.	.	.
Template SS confidence
		311	.	.	.	.	.							.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.				.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.
		341	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.					.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																																.	.	.	.
Query SS confidence																																																																.	.	.	.
Query Sequence		K	K	G	D	P	N	Y	D	I	K	Q	L	A	L	E	C	A	S	K	R	M	Y	P	D	I	L	N	Y	D	Q	V	V	K	V	T	G	S	F	K	T	P	M	G	C	R	S	F	L	G	V	W	E	N	E	N	G	E	Q	I	H	D	G	.	.	.	.	R	N	N	L	G	V	I	S	L	N	L	P	R	I
Query Conservation																																																																.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.																																					.	.	.	.	.	.														.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.																																					.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	Q	L	W	Y	A	I	I	E	S	Q	T	E	T	G	T	P	Y	M	L	Y	K	D	S	C	N	R	K	S	N	Q	Q	N	L	G	T	I	.	.	.	.	.	.	K	C	S	N	L	C	T	E	I	V	E	Y	T	S	K	D	E	V	A	V	C	N	L	A	S	L	A	L	N	M	Y
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.														S		S											T		T	T	G	G	G				.	.	.	.	.	.					T	T	S								S	S				B								G	G	G	S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.																																					.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
									388	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.							.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.
		417	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		A	L	E	A	K	G	D	E	A	T	F	W	K	L	L	D	E	R	L	V	L	A	R	K	A	L	M	T	R	I	A	R	L	E	G	V	K	A	R	V	A	P	I	L	Y	M	E	G	A	C	G	V	R	L	N	A	D	D	D	V	S	E	I	F	K	N	G	R	A	S	I	S	L	G	Y	I	G	I	H	E
Query Conservation
Alig confidence			.								.	.																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																		.
Template Conservation			.								.	.																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																		.
Template Sequence		V	.	T	S	E	H	T	Y	D	.	.	F	K	K	L	A	E	V	T	K	V	V	V	R	N	L	N	K	I	I	D	I	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	N	Y	Y	P	V	P	E	A	C	L	S	N	K	R	H	R	P	.	I	G	I	G	V	Q	G	L	A	D
Template Known Secondary structure		B	.		T	T	S		B		.	.																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.				S	S													.
Template Predicted Secondary structure			.								.	.																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																		.
Template SS confidence
		455		.	.	.	.	460	.	.			.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.																					.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500		.	.	.	.	.	.	.	.	.	510
		497	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.					.	.	.	.	.	.	.	540																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																						.	.	.	.									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																						.	.	.	.									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		T	I	N	A	L	F	G	G	E	H	V	Y	D	N	E	Q	L	R	A	K	G	I	A	I	V	E	R	L	R	Q	A	V	D	Q	W	K	.	.	.	.	E	E	T	G	Y	G	F	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	Y	S	T	P	S	E	N	L	C	D	R	F	C	R	L
Query Conservation																																						.	.	.	.									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence							.	.	.																													.	.	.	.					.				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation							.	.	.																																					.
Template Sequence		A	F	I	L	M	.	.	.	R	Y	P	F	E	S	A	E	A	Q	L	L	N	K	Q	I	F	E	T	I	Y	Y	G	A	L	E	A	S	C	D	L	A	K	E	Q	G	.	P	Y	E	T	Y	E	G	S	P	V	S	K	G	I	L	Q	Y	D	M	W	N	V	T	P	T	D	L	W	D	W	K	V	L	K	E
Template Known Secondary structure							.	.	.	T			T	T	S																															.			T	T		T	T	S	T	T	T	T	T							T	T					T	T	S
Template Predicted Secondary structure							.	.	.																																					.
Template SS confidence
		511	.	.	.	.				.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.		.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.
		557	.	.	560	.	.	.																	.	.	.	.	.			.	570	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.						.	.										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.						.	.										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		D	T	A	E	F	G	V	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	V	P	G	V	T	.	.	D	K	G	Y	Y	T	N	S	F	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.						.	.										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.						.	.										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		K	I	A	K	Y	G	I	R	N	S	L	L	I	A	P	M	P	T	A	S	T	A	Q	I	L	G	N	N	E	S	I	E	P	Y	T	S	N	I	Y	T	R	R	V	L	S	G	E	F	Q	I	V	N	P	H	L	L	K	D	L	T	E	R	G	L	W	H	E	E	M	K	N	Q	I	I	A	C	N	G	S	I
Template Known Secondary structure									S		S			B												T	T				T	T				S		S					B		S	S	S	B															T	T													T	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		587	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.
														578	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630		.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																						.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																						.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	H	L	D	V	E	K	K	V	N	P	Y	D	K	I	D	F	E	A	P	Y	P	P	L	A	N	G	G	F	I	C	Y	G	E	Y	P	N	I	Q	H	N	L	K	A	L	E	D	V	W	D	Y	S	Y	Q	.	H	V
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																						.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																						.	.															.
Template Conservation																																																			.	.
Template Sequence		Q	S	I	P	E	I	P	D	D	L	K	Q	L	Y	K	T	V	W	E	I	S	Q	K	T	V	L	K	M	A	A	E	R	G	A	F	I	D	Q	S	Q	S	L	N	I	H	I	A	E	P	.	.	N	Y	G	K	L	T	S	M	H	F	Y	G	W	K	Q	G	L
Template Known Secondary structure		T	T		T	T	S								T			G	G	G	S													T	T	S		S	S									S	S		.	.																T
Template Predicted Secondary structure																																																			.	.
Template SS confidence
		667	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.			.	.	.	.	720	.	.	.	.	.	.	.	.	.	730	.	.