Job Description P28903 Confidence 98.92% Date Thu Jan 5 11:45:16 GMT 2012 Rank 14 Aligned Residues 397 % Identity 16% Template c2y8nC_ PDB info PDB header:lyase Chain: C: PDB Molecule:4-hydroxyphenylacetate decarboxylase large subunit; PDBTitle: crystal structure of glycyl radical enzyme Resolution 1.75 Å

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		195	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.		220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260					.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																											.																																										.	.	.	.
Query SS confidence																											.																																										.	.	.	.
Query Sequence		I	E	P	P	K	S	I	S	T	A	T	A	V	T	A	Q	I	I	A	Q	V	A	S	H	I	.	Y	G	G	T	T	I	N	R	I	D	E	V	L	A	P	F	V	T	A	S	Y	N	K	H	R	K	T	A	E	E	W	N	I	P	D	A	E	G	Y	A	N	.	.	.	.	S	R	T	I	K	E	C	Y	D
Query Conservation																											.																																										.	.	.	.
Alig confidence																											.																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.		.	.	.	.
Template Conservation																																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		H	K	K	P	A	N	F	W	E	A	I	Q	M	T	L	C	C	H	F	G	V	V	N	E	D	P	Q	S	G	L	S	I	G	R	L	G	Q	V	L	Q	P	F	Y	E	K	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	V	E	D	G	I	M	T	D	E	E	V	I	E
Template Known Secondary structure		T	S				S																	T	T	S								B						S							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.				T	T	S
Template Predicted Secondary structure																																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		317	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.																						.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.
		270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.										.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.								.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.
Predicted Secondary structure															.	.	.	.	.	.	.	.	.																	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence															.	.	.	.	.	.	.	.	.																	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		A	F	Q	S	L	E	Y	E	V	N	T	L	H	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	A	N	G	Q	T	P	F	V	T	F	G	F	G	L	G	.	.	.	.	.	.	.	T	S	W	E	S	R	L	I	Q	E	S	I	L	R	N	R	I	A	G	L	G	K	N	R	K	T	A	V	F	P	K	L	V	F	A
Query Conservation															.	.	.	.	.	.	.	.	.																	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence															.	.	.	.	.	.	.	.	.																	.	.	.	.	.	.	.												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		L	L	E	L	Y	R	I	K	I	T	C	I	E	C	F	A	S	A	G	V	S	G	G	V	L	S	G	N	T	F	N	N	L	S	L	G	G	Q	N	Y	D	G	L	S	A	V	T	P	L	E	Y	L	I	V	E	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	M	R	N	Q	T	P	Q	P	T	L	S	V	L
Template Known Secondary structure												T											T	T	T	S	T	T											B		T	T	S	S	B													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.				S			S		S
Template Predicted Secondary structure																																																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		376	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.											.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.
		334	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.		360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370														.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.									.	.	.	.	.	390	.
Predicted Secondary structure																												.												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.															.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																												.												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.															.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		I	R	D	G	L	N	H	K	K	G	D	P	N	Y	D	I	K	Q	L	A	L	E	C	A	S	K	.	R	M	Y	P	D	I	L	N	Y	D	Q	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	V	V	K	V	T	G	S	F	K	T	P	M	G	C	.	.	.	.	.	.	.	.	R	S	F	L	G	V	W
Query Conservation																												.												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.															.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence									.	.	.	.	.	.	.													.												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.															.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation									.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		Y	D	E	K	T	P	E	.	.	.	.	.	.	.	D	F	L	M	K	A	A	S	C	T	K	L	G	L	G	Y	P	A	W	M	N	N	Q	T	G	M	N	F	M	M	R	N	Y	G	P	E	G	M	D	L	H	D	A	R	A	W	C	L	G	G	C	L	E	S	A	P	G	C	F	L	P	L	E	Y	N	G
Template Known Secondary structure				T	T	S			.	.	.	.	.	.	.											T	T	T	S			S																	G	G	G	T								T					T	T	T													T	T
Template Predicted Secondary structure									.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		446	.	.	.	450	.	.								.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.
		392	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.																					.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.
Predicted Secondary structure																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		E	N	E	N	G	E	Q	I	H	D	G	R	N	N	L	G	V	I	S	L	N	L	P	R	I	A	L	E	A	K	G	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	E	A	T	F	W	K	L	L	D	E	R	L	V	L	A	R	K	A	L	M	T	R	I	A	R	L	E	G
Query Conservation																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		K	V	T	M	I	P	G	G	A	S	P	T	C	G	T	G	V	H	F	I	G	M	P	K	V	L	E	L	V	L	T	N	G	L	D	K	R	T	G	K	Q	V	Y	P	P	H	N	K	K	L	D	S	Y	E	T	M	V	N	Q	W	K	E	Y	M	E	L	T	T	D	V	V	N	R	C	N	N	I	Q	M	D
Template Known Secondary structure											S	S		S	S																	T	T	T			T	T	T	T				S									S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		519	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.
		452	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.				.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.
Predicted Secondary structure																													.	.	.																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																													.	.	.																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		V	K	A	R	V	A	P	I	L	Y	M	E	G	A	C	G	V	R	L	N	A	D	D	D	V	S	E	.	.	.	I	F	K	N	G	R	A	S	I	S	L	G	Y	I	G	I	H	E	T	I	N	A	L	F	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																													.	.	.																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																													.	.	.																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		I	W	R	K	Y	N	M	P	A	V	N	S	L	L	K	P	D	C	F	K	K	G	K	H	I	G	T	M	G	A	R	Y	N	S	C	I	N	F	E	S	C	G	T	I	T	F	V	N	S	L	S	S	I	K	K	N	V	F	D	D	S	K	F	T	I	E	E	M	T	D	A	M	L	N	N	F	G	F	K	T
Template Known Secondary structure							S			S						S	T	T					T			G	G	G	T		S	S			T	T																						T	T	T	S			S											T	G	G	G	B
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		599	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.
																																	504	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	E	H	V	Y	D	N	E	Q	L	R	A	K	G	I	A	I	V	E	R	L	R	Q	A	V	D	Q	W	K	E	E	T	G	Y	G	F	S	L	Y	S	T	P	S	E	N	L	C	D	R
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																.	.
Template Conservation																																																																																.	.
Template Sequence		A	Y	E	T	E	V	F	S	P	D	F	R	E	S	T	D	K	S	T	K	Y	E	K	I	F	A	A	C	V	N	A	P	K	Y	G	N	A	D	K	Y	A	D	E	I	F	K	A	Y	H	Y	Y	I	Y	D	M	T	H	K	F	R	S	Y	Y	G	K	P	L	Y	L	C	Q	I	S	V	S	T	H	G	.	.
Template Known Secondary structure									S	T	T				B		T	T														S			T	T	S																					T	T		B		T	T	S		B								T	T	T			.	.
Template Predicted Secondary structure																																																																																.	.
Template SS confidence
		679	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.	.	.	.	.	.	.	730	.	.	.	.	.	.	.	.	.	740	.	.	.	.	.	.	.	.	.	750	.	.	.	.	.	.
		553	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.						.	.	.	.		.		.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.		.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																					.	.	.	.	.					.		.																						.
Query SS confidence																					.	.	.	.	.					.		.																						.
Query Sequence		F	C	R	L	D	T	A	E	F	G	V	V	P	G	V	T	D	K	G	.	.	.	.	.	Y	Y	T	N	.	S	.	F	H	L	D	V	E	K	K	V	N	P	Y	D	K	I	D	F	E	A	P	Y	.	P	P	L	A	N	G	G	F	I	C	Y	G	E	Y	P	N	I	Q	H	N	L	K	A	L	E	D	V
Query Conservation																					.	.	.	.	.					.		.																						.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.													.	.	.	.	.					.		.																						.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	P	Q	G	F	V	T	L	A	T	A	D	G	R	L	A	G	T	T	Y	S	D	G	S	V	S	A	A	A	G	T	D	K	N	G	I	Y	A	I	F	E	S	A	T	V	Y	D	H	S	M	H	Q	N	A	Q	M	N	L	K	L	H	P	T	A	V	K	G	I	N	G	T	R	K	L
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.						S				T	T	S			T	T					S	T	T	T	S			T	T				S										T	S	S		G	G	G	S	S										G	G	G	G
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
									757	.	.	760	.	.	.	.	.	.	.	.	.	770	.	.	.	.	.	.	.	.	.	780	.	.	.	.	.	.	.	.	.	790	.	.	.	.	.	.	.	.	.	800	.	.	.	.	.	.	.	.	.	810	.	.	.	.	.	.	.	.	.	820	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		625	.	.	.				.	630		.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure						.	.	.			.
Query SS confidence						.	.	.			.
Query Sequence		W	D	Y	S	.	.	.	Y	Q	.	H	V	P	Y	Y	G	T	N
Query Conservation						.	.	.			.
Alig confidence						.	.	.			.
Template Conservation
Template Sequence		L	D	L	V	R	A	Y	M	R	K	G	G	F	H	V	Q	F	N
Template Known Secondary structure												T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		830	.	.	.	.	.	.	.	.	.	840	.	.	.	.	.	.	.