Job Description P28903 Confidence 99.33% Date Thu Jan 5 11:45:16 GMT 2012 Rank 11 Aligned Residues 384 % Identity 18% Template c2f3oB_ PDB info PDB header:unknown function Chain: B: PDB Molecule:pyruvate formate-lyase 2; PDBTitle: crystal structure of a glycyl radical enzyme from archaeoglobus2 fulgidus Resolution 2.90 Å

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		196	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.		.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260					.	.	.	.	.	.	.	.	.	270
Predicted Secondary structure																												.																																								.	.	.	.
Query SS confidence																												.																																								.	.	.	.
Query Sequence		E	P	P	K	S	I	S	T	A	T	A	V	T	A	Q	I	I	A	Q	V	A	S	H	I	Y	G	.	G	T	T	I	N	R	I	D	E	V	L	A	P	F	V	T	A	S	Y	N	K	H	R	K	T	A	E	E	W	N	I	P	D	A	E	G	Y	A	N	.	.	.	.	S	R	T	I	K	E	C	Y	D	A
Query Conservation																												.																																								.	.	.	.
Alig confidence																												.																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.		.	.	.	.
Template Conservation																																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		E	K	P	E	T	F	W	E	A	V	Q	F	V	W	L	V	Q	S	A	L	H	Q	E	N	Y	E	Q	A	I	S	M	G	R	I	D	Q	Y	L	Y	P	F	F	K	K	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	I	G	E	G	R	I	N	R	E	L	A	F	D	I
Template Known Secondary structure		S				S																			S		S	S						S					S							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.		T	T	T	T	S	S
Template Predicted Secondary structure																																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		245	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.																						.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.
		271	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.										.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300								.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.
Predicted Secondary structure														.	.	.	.	.	.	.	.	.																			.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence														.	.	.	.	.	.	.	.	.																			.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		F	Q	S	L	E	Y	E	V	N	T	L	H	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	A	N	G	Q	T	P	F	V	T	F	G	F	G	L	G	T	S	.	.	.	.	.	.	.	W	E	S	R	L	I	Q	E	S	I	L	R	N	R	I	A	G	L	G	K	N	R	K	T	A	V	F	P	K	L	V	F	A	I
Query Conservation														.	.	.	.	.	.	.	.	.																			.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence														.	.	.	.	.	.	.	.	.																			.	.	.	.	.	.	.										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		L	A	N	L	W	I	K	T	N	E	I	V	P	A	F	D	S	L	L	E	Q	Y	F	S	G	Q	A	T	N	Q	A	V	T	I	G	G	C	D	I	Y	G	N	D	A	T	N	E	L	T	Y	L	M	L	E	V	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	D	R	L	R	L	R	Q	P	N	V	H	V	R	I
Template Known Secondary structure									T	T	S	B												S	T	T	T											B		T	T	S		B													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.							S		S
Template Predicted Secondary structure																																																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		304	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.											.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.
		335	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.		360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.										.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.
Predicted Secondary structure																											.																			.	.	.	.	.	.	.	.	.																										.	.
Query SS confidence																											.																			.	.	.	.	.	.	.	.	.																										.	.
Query Sequence		R	D	G	L	N	H	K	K	G	D	P	N	Y	D	I	K	Q	L	A	L	E	C	A	S	K	.	R	M	Y	P	D	I	L	N	Y	D	Q	V	V	K	V	T	G	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	F	K	T	P	M	G	C	R	S	F	L	G	V	W	E	N	E	N	G	E	Q	I	H	D	G	.	.
Query Conservation																											.																			.	.	.	.	.	.	.	.	.																										.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.							.													.																			.	.	.	.	.	.	.	.	.								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.								.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.							.																																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	N	K	G	S	P	E	.	S	F	L	K	R	L	A	E	A	I	S	S	G	C	N	N	L	A	L	F	F	D	D	A	A	V	K	A	L	K	N	A	E	V	D	D	R	D	A	L	N	Y	T	T	D	G	C	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	V	E	I	A	P	F	G	N	S
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.		T	T	S			.												T	T																			T	T								T					T	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T					S	S	S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.							.																																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
								374	.	.	.	.	.		380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.												.	.	.	430	.	.	.	.	.
		403	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.																				.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.
Predicted Secondary structure																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		R	N	N	L	G	V	I	S	L	N	L	P	R	I	A	L	E	A	K	G	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	E	A	T	F	W	K	L	L	D	E	R	L	V	L	A	R	K	A	L	M	T	R	I	A	R	L	E	G	V	K	A	R	V	A	P	I	L	Y	M	E
Query Conservation																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		F	T	S	S	D	A	A	L	I	N	V	A	K	A	L	E	Y	A	L	N	E	G	V	D	L	Q	F	G	Y	E	F	G	A	K	T	E	K	P	K	F	L	E	D	L	L	E	K	L	R	E	Q	V	S	H	I	V	K	L	V	V	R	G	S	N	V	L	S	Y	A	N	A	E	V	K	P	T	P	L	L	S
Template Known Secondary structure					T	T	S														T	T	T	B		T	T	T			B		S								S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		436	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.
		464	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.																																				.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		G	A	C	G	V	R	L	N	A	D	D	D	V	S	E	I	F	K	N	G	R	A	S	I	S	L	G	Y	I	G	I	H	E	T	I	N	A	L	F	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	E	H	V	Y
Query Conservation																																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																	.																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																	.
Template Sequence		L	C	V	E	D	C	F	E	K	G	V	D	V	S	R	.	G	G	A	R	Y	N	F	T	G	I	Q	A	V	G	I	A	D	V	G	D	S	L	V	A	I	E	G	A	L	N	A	G	Y	S	M	D	D	I	V	E	A	C	R	K	N	F	V	G	Y	E	K	L	H	K	L	L	L	Q	S	P	K	Y	G	N
Template Known Secondary structure			T	S	T	T					T			T	T	T	.	T		S	S																											T	T												T	T	T	S	S											S			T	T	S
Template Predicted Secondary structure																	.
Template SS confidence
		516	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530		.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.
		509	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.							570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.
Predicted Secondary structure																																																															.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																															.	.	.	.	.	.
Query Sequence		D	N	E	Q	L	R	A	K	G	I	A	I	V	E	R	L	R	Q	A	V	D	Q	W	K	E	E	T	G	Y	G	F	S	L	Y	S	T	P	S	E	N	L	C	D	R	F	C	R	L	D	T	A	E	F	G	V	V	P	G	V	T	D	.	.	.	.	.	.	K	G	Y	Y	T	N	S	F	H	L	D	V	E
Query Conservation																																																															.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																												.	.	.	.	.	.	.	.	.											.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																												.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		D	D	D	A	A	D	K	Y	T	K	M	V	L	E	W	Y	C	E	E	V	N	R	H	R	N	F	R	G	G	K	F	A	A	G	C	Y	P	M	T	T	N	V	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	F	G	F	F	T	S	A	L	P	S	G	R	K	S	G	E	P	L	N	P	G	V	S	P	S	T	G	M
Template Known Secondary structure		S																					T		B		T	T	S	S									T	T				.	.	.	.	.	.	.	.	.										T	T	S			T	T						T	T	S			T	T
Template Predicted Secondary structure																																												.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		595	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.										.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.
		583	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.		.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.		.	.	.			.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630		.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																	.															.				.	.																	.
Query SS confidence																	.															.				.	.																	.
Query Sequence		K	K	V	N	P	Y	D	K	I	D	F	E	A	P	Y	.	P	P	L	A	N	G	G	F	I	C	Y	G	E	Y	.	P	N	I	.	.	Q	H	N	L	K	A	L	E	D	V	W	D	Y	S	Y	Q	.	H	V	P	Y	Y	G	T	N
Query Conservation																	.															.				.	.																	.
Alig confidence																	.															.				.	.																	.
Template Conservation
Template Sequence		D	R	E	G	V	T	A	V	I	N	S	A	S	K	L	S	Y	E	N	L	P	N	G	A	S	L	T	I	N	L	S	S	D	V	L	G	E	K	G	D	A	V	I	E	A	L	I	K	S	S	M	E	L	G	V	M	H	V	Q	F	N
Template Known Secondary structure				S		S								T	T	S		G	G	G		T	T															S																T	T		S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		666	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.	.	.	.