Job Description P28903 Confidence 99.78% Date Thu Jan 5 11:45:16 GMT 2012 Rank 5 Aligned Residues 480 % Identity 15% Template c2cvuA_ PDB info PDB header:oxidoreductase Chain: A: PDB Molecule:ribonucleoside-diphosphate reductase large chain PDBTitle: structures of yeast ribonucleotide reductase i Resolution 2.90 Å

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		75	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		K	Q	L	A	R	A	Y	I	E	Y	R	H	D	R	D	I	E	R	E	K	R	G	R	L	N	Q	E	I	R	G	L	V	E	Q	T	N	A	S	L	L	N	E	N	A	N	K	D	S	K	V	I	P	T	Q	R	D	L	L	A	G	I	V	A	K	H	Y	A	R	Q	H	L	L	P	R	D	V	V	Q	A	H
Query Conservation
Alig confidence																																													.																				.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																													.																				.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		D	D	V	Y	N	I	V	M	E	N	K	D	K	L	N	S	A	I	V	Y	D	R	D	F	Q	Y	S	Y	F	G	F	K	T	L	E	R	S	Y	L	L	R	I	N	.	G	Q	V	A	E	R	P	Q	H	L	I	M	R	V	A	L	G	I	H	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	R	D	I	E	A	A	L
Template Known Secondary structure											T										G	G	G	G	G	G	S												T	S				T	.	T																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	T
Template Predicted Secondary structure																																													.																				.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		118	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160		.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.										180	.	.	.	.	.	.	.
		155	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.		.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.
Predicted Secondary structure																																									.
Query SS confidence																																									.
Query Sequence		E	R	G	D	I	H	Y	H	D	L	D	Y	S	P	F	F	P	M	F	N	C	M	L	I	D	L	K	G	M	L	T	Q	G	F	K	M	G	N	A	.	E	I	E	P	P	K	S	I	S	T	A	T	A	V	T	A	Q	I	I	A	Q	V	A	S	H	I	Y	G	G	T	T	I	N	R	I	D	E	V	L	A
Query Conservation																																									.
Alig confidence							.																							.											.					.	.														.	.	.	.	.										.	.
Template Conservation							.																							.																.	.														.	.	.	.	.										.	.
Template Sequence		E	T	Y	N	L	.	M	S	L	K	Y	F	T	H	A	S	P	T	L	F	N	A	G	T	P	K	P	Q	.	M	S	S	C	F	L	V	A	M	K	E	D	S	I	E	.	.	G	I	Y	D	T	L	K	E	C	A	L	I	S	.	.	.	.	.	K	T	A	G	G	I	G	L	H	.	.	I	H	N	I	R
Template Known Secondary structure							.			T	T	S											T	T	S	S	S			.												S	S			.	.														.	.	.	.	.	T	S	S							.	.		T	T	S
Template Predicted Secondary structure							.																							.																.	.														.	.	.	.	.										.	.
Template SS confidence
		188	.	190	.	.		.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.		.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.			230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.						.	.	.	.	.	.	.	250	.			.	.	.	.	.
		234				.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.		.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.				.	.	.	300	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure			.	.	.																															.																																	.	.	.
Query SS confidence			.	.	.																															.																																	.	.	.
Query Sequence		P	.	.	.	F	V	T	A	S	Y	N	K	H	R	K	T	A	E	E	W	N	I	P	D	A	E	G	Y	A	N	S	R	T	I	.	K	E	C	Y	D	A	F	Q	S	L	E	Y	E	V	N	T	L	H	T	A	N	G	Q	T	P	F	V	T	F	G	F	G	.	.	.	L	G	T	S	W	E	S	R	L	I
Query Conservation			.	.	.																															.																																	.	.	.
Alig confidence			.	.	.																															.											.	.																					.	.	.
Template Conservation																																															.	.
Template Sequence		S	T	G	S	Y	I	A	G	T	N	G	T	S	N	G	L	I	P	M	I	R	V	F	N	N	T	A	R	Y	V	D	Q	G	G	N	K	R	P	G	A	F	A	L	Y	L	.	.	E	P	W	H	A	D	I	F	D	F	I	D	I	R	K	N	H	G	K	E	E	I	R	A	R	D	L	F	P	A	L	W	I
Template Known Secondary structure			T	T		B		T	T	S	S		B																		S		S	S	S		S	S									.	.		T	T	B	T	T					T	T	T	T		S	S	S		S	T	T			T	T
Template Predicted Secondary structure																																															.	.
Template SS confidence
		257	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.			.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.
		307	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360
Predicted Secondary structure																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		Q	E	S	I	L	R	N	R	I	A	G	L	G	K	N	R	K	T	A	V	F	P	K	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	V	F	A	I	R	D	G	L	N	H	K	K	G	D	P	N	Y	D	I	K	Q	L	A	L	E	C	A	S	K	R
Query Conservation																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence															.		.	.								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation															.		.	.																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		P	D	L	F	M	K	R	V	E	E	N	G	T	.	W	.	.	T	L	F	S	P	T	S	A	P	G	L	S	D	C	Y	G	D	E	F	E	A	L	Y	T	R	Y	E	K	E	G	R	G	K	T	I	K	A	Q	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	K	L	W	Y	S	I	L	E	A	Q	T	E	T
Template Known Secondary structure												T			.		.	.			B		T	T	T	S	T	T	G	G	G																T	T		S							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure															.		.	.																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		335	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.		.			.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.													.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		361	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.					.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.					.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.
Predicted Secondary structure																																												.	.	.	.																.	.	.	.
Query SS confidence																																												.	.	.	.																.	.	.	.
Query Sequence		M	Y	P	D	I	L	N	Y	D	Q	V	V	K	V	T	G	S	F	K	T	P	M	G	C	R	S	F	L	G	V	W	E	N	E	N	G	E	Q	I	H	D	G	.	.	.	.	R	N	N	L	G	V	I	S	L	N	L	P	R	I	A	.	.	.	.	L	E	A	K	G	D	E	A	T	F	W	K	L	L	D
Query Conservation																																												.	.	.	.																.	.	.	.
Alig confidence																									.	.	.	.	.	.														.	.	.	.																.	.	.	.									.	.
Template Conservation																									.	.	.	.	.	.																																													.	.
Template Sequence		G	T	P	F	V	V	Y	K	D	A	C	N	R	K	S	N	Q	K	N	L	G	V	I	.	.	.	.	.	.	K	S	S	N	L	C	C	E	I	V	E	Y	S	A	P	D	E	T	A	V	C	N	L	A	S	V	A	L	P	A	F	I	E	T	S	E	D	G	K	T	S	T	Y	N	.	.	F	K	K	L	H
Template Known Secondary structure		S		S											T		T	T	G	G	G				.	.	.	.	.	.					T	T	S							B	T	T	B											G	G	G	G				T	T	S	S	S						.	.
Template Predicted Secondary structure																									.	.	.	.	.	.																																													.	.
Template SS confidence
		400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.							.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.			.	.	.	470	.
		433	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		E	R	L	V	L	A	R	K	A	L	M	T	R	I	A	R	L	E	G	V	K	A	R	V	A	P	I	L	Y	M	E	G	A	C	G	V	R	L	N	A	D	D	D	V	S	E	I	F	K	N	G	R	A	S	I	S	L	G	Y	I	G	I	H	E	T	I	N	A	L	F	G	G	E	H	V	Y	D	N	E	Q
Query Conservation
Alig confidence																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																		.																.	.	.
Template Conservation																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																		.																.	.	.
Template Sequence		E	I	A	K	V	V	T	R	N	L	N	R	V	I	D	R	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	N	Y	Y	P	V	E	E	A	R	K	S	N	M	R	H	R	P	.	I	A	L	G	V	Q	G	L	A	D	T	F	M	L	L	.	.	.	R	L	P	F	D	S	E	E
Template Known Secondary structure																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.				S	S													.															T	.	.	.	T			T	T	S
Template Predicted Secondary structure																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																		.																.	.	.
Template SS confidence
		472	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.																					.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.		.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.				520	.	.	.	.	.	.	.
		513	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.																																														.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		L	R	A	K	G	I	A	I	V	E	R	L	R	Q	A	V	D	Q	W	K	E	E	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	Y	G	F	S	L	Y	S	T	P	S	E
Query Conservation																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		A	R	L	L	N	I	Q	I	F	E	T	I	Y	H	A	S	M	E	A	S	C	E	L	A	Q	K	D	G	P	Y	E	T	F	Q	G	S	P	A	S	Q	G	I	L	Q	F	D	M	W	D	Q	K	P	Y	G	M	W	D	W	D	T	L	R	K	D	I	M	K	H	G	V	R	N	S	L	T	M	A	P	M	P
Template Known Secondary structure																																T	T		T	T	S	T	G	G	G	T			G	G	G	G	G	T						S	S															S		S			B
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		528	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.
		548	.	550																																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.						.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.
Predicted Secondary structure					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																						.	.	.	.	.
Query SS confidence					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																						.	.	.	.	.
Query Sequence		N	L	C	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	R	F	C	R	L	D	T	A	E	F	G	V	V	P	G	V	T	D	K	G	.	.	.	.	.	Y	Y	T	N	S	F	H	L	D	V	E	K
Query Conservation					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																						.	.	.	.	.
Alig confidence					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																						.	.	.	.	.							.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																																												.	.	.	.	.	.
Template Sequence		T	A	S	T	S	Q	I	L	G	Y	N	E	C	F	E	P	V	T	S	N	M	Y	S	F	Q	V	V	N	P	Y	L	L	R	D	L	V	D	L	G	I	W	D	E	G	M	K	Q	Y	L	I	T	Q	N	G	S	I	Q	G	L	P	N	V	P	Q	E	L	K	D	L	Y	K	T	V	W	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure			T	T						T			S	T	T				S		S	S																	T	T			S										T	T	T			S	S		T	T									S			G	G	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																																												.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		608	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.
		584	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630		.	.
Predicted Secondary structure																																																	.
Query SS confidence																																																	.
Query Sequence		K	V	N	P	Y	D	K	I	D	F	E	A	P	Y	P	P	L	A	N	G	G	F	I	C	Y	G	E	Y	P	N	I	Q	H	N	L	K	A	L	E	D	V	W	D	Y	S	Y	Q	.	H	V
Query Conservation																																																	.
Alig confidence																																	.	.															.
Template Conservation																																	.	.
Template Sequence		E	I	S	Q	K	T	I	I	N	M	A	A	D	R	S	V	Y	I	D	Q	S	H	S	L	N	L	F	L	R	A	P	.	.	T	M	G	K	L	T	S	M	H	F	Y	G	W	K	K	G	L
Template Known Secondary structure		G	S													G	G	G		S	S									S	S		.	.															T	T
Template Predicted Secondary structure																																	.	.
Template SS confidence
		689	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.			720	.	.	.	.	.	.	.	.	.	730	.	.	.	.	.	.