Job Description P28903 Confidence 99.70% Date Thu Jan 5 11:45:16 GMT 2012 Rank 7 Aligned Residues 481 % Identity 14% Template c1xjeA_ PDB info PDB header:oxidoreductase Chain: A: PDB Molecule:ribonucleotide reductase, b12-dependent; PDBTitle: structural mechanism of allosteric substrate specificity in a2 ribonucleotide reductase: dttp-gdp complex Resolution 1.90 Å

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		89	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.		.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.						.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.
Predicted Secondary structure																																						.																									.	.	.	.	.
Query SS confidence																																						.																									.	.	.	.	.
Query Sequence		D	I	E	R	E	K	R	G	R	L	N	Q	E	I	R	G	L	V	E	Q	T	N	A	S	L	L	N	E	N	A	N	K	D	S	K	V	.	I	P	T	Q	R	D	L	L	A	G	I	V	A	K	H	Y	A	R	Q	H	L	L	P	R	.	.	.	.	.	D	V	V	Q	A	H	E	R	G	D	I	H	Y	H
Query Conservation																																						.																									.	.	.	.	.
Alig confidence																																						.																									.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		S	D	L	I	S	R	W	I	D	V	E	P	S	K	N	A	Q	I	I	L	R	D	R	Y	F	M	K	D	L	D	G	N	Y	L	E	T	K	W	E	D	V	A	R	R	V	A	R	V	V	A	T	A	E	L	L	N	P	S	Y	K	K	N	E	K	L	D	R	I	K	E	W	E	D	I	F	F	R	V	L	K
Template Known Secondary structure										T															T	S		B		T	T			B	S			S														G	G	G	G	G		T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		4	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.
		163	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.																											.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		D	L	D	Y	S	P	F	F	P	M	F	N	C	M	L	I	D	L	K	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	M	L	T	Q	G	F	K	M	G	N	A	E	I	E	P	P	K	S	I	S	T	A	T	A	V	T	A	Q	I	I	A	Q	V	A
Query Conservation																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																.	.														.	.	.	.
Template Conservation																																																															.	.														.	.	.	.
Template Sequence		A	R	L	F	I	P	N	S	P	T	L	F	N	A	G	L	G	V	K	H	D	L	L	W	K	P	I	D	Q	M	T	L	E	D	Y	E	E	I	Y	R	S	R	N	H	L	H	M	L	S	A	C	F	V	V	P	V	G	D	S	I	E	.	.	E	I	F	E	A	V	K	E	Y	A	L	I	T	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		T	T	S											T	T	T	T	S						S	S		G	G	G															T	T													S	S			.	.														.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																															.	.														.	.	.	.
Template SS confidence
		84	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.			.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.
		217	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.				.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.						.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																				.	.	.																																																		.	.	.	.	.
Query SS confidence																				.	.	.																																																		.	.	.	.	.
Query Sequence		S	H	I	Y	G	G	T	T	I	N	R	I	D	E	V	L	A	P	.	.	.	F	V	T	A	S	Y	N	K	H	R	K	T	A	E	E	W	N	I	P	D	A	E	G	Y	A	N	S	R	T	I	K	E	C	Y	D	A	F	Q	S	L	E	Y	E	V	N	T	L	H	T	.	.	.	.	.	A	N	G	Q	T
Query Conservation																				.	.	.																																																		.	.	.	.	.
Alig confidence		.										.	.							.	.	.																																									.	.								.	.	.	.	.
Template Conservation		.										.	.																																																		.	.
Template Sequence		.	K	V	G	G	G	V	G	S	N	.	.	F	S	E	L	R	P	K	G	S	F	V	A	G	T	H	G	K	A	S	G	P	V	S	F	M	H	V	F	N	S	A	I	S	V	V	K	Q	G	S	R	R	R	G	A	L	M	G	I	L	.	.	N	I	N	H	P	D	I	E	E	F	I	D	A	K	K	V	L
Template Known Secondary structure		.		T	T							.	.		T	T	S			T	T				T	T	T	T																		T	T				T	T	T										.	.		T	T	S	T	T						T	S
Template Predicted Secondary structure		.										.	.																																																		.	.
Template SS confidence
			158	.	160	.	.	.	.	.	.			.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.			.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.
		289	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		P	F	V	T	F	G	F	G	L	G	T	S	W	E	S	R	L	I	Q	E	S	I	L	R	N	R	I	A	G	L	G	K	N	R	K	T	A	V	F	P	K	L	V	F	A	I	R	D	G	L	N	H	K	K	G	D	P	N	Y	D	I	K	Q	L	A	L	E	C	A	S	K	R	M	Y	P	D	I	L	N	Y
Query Conservation
Alig confidence														.	.	.	.	.	.														.	.	.															.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation														.	.	.	.	.	.														.	.	.															.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		N	F	F	N	L	S	V	G	F	P	M	D	.	.	.	.	.	.	K	K	E	I	L	K	L	Y	E	E	D	G	E	.	.	.	L	E	L	S	H	P	R	S	T	I	R	K	K	V	.	.	.	.	.	.	.	.	K	I	R	E	L	F	R	K	I	A	T	N	A	W	K	S	G	D	P	G	L	A	F	L
Template Known Secondary structure		T	T									S		.	.	.	.	.	.										T	T			.	.	.						T	T		S						.	.	.	.	.	.	.	.																	S
Template Predicted Secondary structure														.	.	.	.	.	.														.	.	.															.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		239	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250							.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.				.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.									.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.
		369	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		D	Q	V	V	K	V	T	G	S	F	K	T	P	M	G	C	R	S	F	L	G	V	W	E	N	E	N	G	E	Q	I	H	D	G	R	N	N	L	G	V	I	S	L	N	L	P	R	I	A	L	E	A	K	G	D	E	A	T	F	W	K	L	L	D	E	R	L	V	L	A	R	K	A	L	M	T	R	I	A	R
Query Conservation
Alig confidence																	.	.	.	.	.	.																													.	.							.	.
Template Conservation																	.	.	.	.	.	.																													.	.							.	.
Template Sequence		G	E	M	N	K	Y	Y	P	L	Y	P	H	R	K	I	.	.	.	.	.	.	N	S	T	N	P	C	G	E	I	G	L	S	D	Y	E	A	C	N	L	G	S	I	D	V	A	K	F	Y	.	.	N	N	G	F	V	D	.	.	L	E	A	L	Q	E	L	V	Q	I	A	V	R	F	L	D	N	V	I	D	V
Template Known Secondary structure							T		T	T	T	T	T	S			.	.	.	.	.	.					T	T	S						T	T										G	G	G	G		.	.		T	T				.	.
Template Predicted Secondary structure																	.	.	.	.	.	.																													.	.							.	.
Template SS confidence
		302	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.							.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.			.	.	.	.	.	350			.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.
		449	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		L	E	G	V	K	A	R	V	A	P	I	L	Y	M	E	G	A	C	G	V	R	L	N	A	D	D	D	V	S	E	I	F	K	N	G	R	A	S	I	S	L	G	Y	I	G	I	H	E	T	I	N	A	L	F	G	G	E	H	V	Y	D	N	E	Q	L	R	A	K	G	I	A	I	V	E	R	L	R	Q	A	V
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																		.																.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																		.																.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	N	V	F	P	I	D	K	I	T	K	A	V	K	E	S	R	R	.	L	G	L	G	I	M	G	F	A	D	L	L	Y	K	L	.	.	.	E	I	P	Y	N	S	Q	E	A	R	D	F	A	A	N	L	M	A	F	I	A	L	H	A
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.				S	S													.																.	.	.	T			S	S	S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																		.																.	.	.
Template SS confidence
																						372	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.		.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.				.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.
		529	530	.	.	.	.																			.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.																	.	.	.	.	.			.	570	.	.
Predicted Secondary structure								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.						.	.
Query SS confidence								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.						.	.
Query Sequence		D	Q	W	K	E	E	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	G	Y	G	F	S	L	Y	S	T	P	S	E	N	L	C	D	R	F	C	R	L	D	T	A	E	F	G	V	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	V	P	G	V	T	.	.	D	K	G	Y
Query Conservation								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.						.	.
Alig confidence								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.						.	.
Template Conservation
Template Sequence		H	R	T	S	Y	E	L	G	K	E	K	G	N	F	P	L	L	E	I	S	R	Y	R	T	E	D	N	F	V	P	F	A	M	G	M	S	N	Y	D	D	E	I	R	E	V	M	K	M	T	K	E	F	R	R	N	V	A	L	L	T	I	A	P	T	G	S	I	S	N	I	A	D	T	S	S	G	L	E	P	N
Template Known Secondary structure																T	T	G	G	G	S					S	S	S			S	S				S		T	T											T	T	T			S		S			B		B				T	T					T	T	S			T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		428	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.
		573	.	.	.	.																																																								.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		Y	T	N	S	F	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	H	L	D	V	E	K	K	V	N	P	Y	D	K	I	D	F	E	A	P	Y
Query Conservation							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		F	L	L	A	Y	T	R	F	V	T	K	E	D	G	T	K	E	P	L	L	Y	V	N	Q	V	L	R	E	K	L	N	P	E	I	L	K	R	I	E	K	E	L	I	E	K	G	S	L	K	D	I	P	D	V	P	E	K	I	K	K	V	F	V	V	A	L	D	I	D	P	M	D	H	L	L	M	Q	D	A	F
Template Known Secondary structure		S		S									S	S	S																S																S	S	S	T	T		T	T	S								S			G	G	G	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		508	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.
		598	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630		.	.
Predicted Secondary structure																																			.
Query SS confidence																																			.
Query Sequence		P	P	L	A	N	G	G	F	I	C	Y	G	E	Y	P	N	I	Q	H	N	L	K	A	L	E	D	V	W	D	Y	S	Y	Q	.	H	V
Query Conservation																																			.
Alig confidence																		.																	.
Template Conservation																		.
Template Sequence		Q	R	Y	V	D	N	N	I	S	K	T	I	N	M	P	Q	.	S	A	T	V	D	D	V	L	N	V	Y	L	E	A	L	R	T	N	V
Template Known Secondary structure			T	T		S	S		B								T	.	T																S	S
Template Predicted Secondary structure																		.
Template SS confidence
		588	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.		.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.