Job Description P28903 Confidence 99.60% Date Thu Jan 5 11:45:16 GMT 2012 Rank 8 Aligned Residues 437 % Identity 15% Template c1pemA_ PDB info PDB header:oxidoreductase Chain: A: PDB Molecule:ribonucleoside-diphosphate reductase 2 alpha PDBTitle: ribonucleotide reductase protein r1e from salmonella2 typhimurium Resolution 2.99 Å

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		21	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.					.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.							.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90
Predicted Secondary structure																.	.	.	.																																		.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																.	.	.	.																																		.	.	.	.	.	.
Query Sequence		K	E	A	I	L	R	A	A	K	A	A	E	V	D	.	.	.	.	D	A	D	Y	C	A	T	V	A	A	V	V	S	E	Q	M	Q	G	R	N	Q	V	D	I	N	E	I	Q	T	A	V	E	N	.	.	.	.	.	.	Q	L	M	S	G	P	Y	K	Q	L	A	R	A	Y	I	E	Y	R	H	D	R	D	I
Query Conservation																.	.	.	.																																		.	.	.	.	.	.
Alig confidence																.	.	.	.																																		.	.	.	.	.	.											.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																																					.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		L	N	A	M	L	N	L	Y	D	K	A	G	H	I	Q	F	D	K	D	Q	Q	A	I	D	A	F	F	A	T	H	V	R	P	H	S	V	T	F	A	S	Q	H	E	R	L	G	T	L	V	R	E	G	Y	Y	D	D	A	V	L	A	R	Y	D	R	A	F	V	.	.	.	.	.	.	.	.	L	R	L	F	E
Template Known Secondary structure					G	G	G				T	T	S				T														T					B				S												T	T	S	B						T	T	S						.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																																					.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		19	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.									.	.	.	.	90
		91	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120		.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																.
Query SS confidence																																.
Query Sequence		E	R	E	K	R	G	R	L	N	Q	E	I	R	G	L	V	E	Q	T	N	A	S	L	L	N	E	N	A	N	K	.	D	S	K	V	I	P	T	Q	R	D	L	L	A	G	I	V	A	K	H	Y	A	R	Q	H	L	L	P	R	D	V	V	Q	A	H	E	R	G	D	I	H	Y	H	D	L	D	Y	S	P	F
Query Conservation																																.
Alig confidence																																.																		.	.	.	.	.	.	.	.	.														.
Template Conservation																																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.														.
Template Sequence		H	A	H	A	S	G	F	R	F	Q	T	F	L	G	A	W	K	F	Y	T	S	Y	T	L	K	T	F	D	G	K	R	Y	L	E	H	F	E	D	R	V	T	M	V	A	L	T	L	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Q	G	D	E	T	L	A	T	Q	L	T	D	E	.	M	L	S	G	R	F	Q	P	A
Template Known Secondary structure					T	S					S	S											T	S		B		T	T	S	S	S	B																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	T												.			T	T	S
Template Predicted Secondary structure																																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.														.
Template SS confidence
		91	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.										.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.		.	.	.	.	.	.	.	.	160
		170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.				.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																																			.	.	.
Query SS confidence																																																																			.	.	.
Query Sequence		F	P	M	F	N	C	M	L	I	D	L	K	G	M	L	T	Q	G	F	K	M	G	N	A	E	I	E	P	P	K	S	I	S	T	A	T	A	V	T	A	Q	I	I	A	Q	V	A	S	H	I	Y	G	G	T	T	I	N	R	I	D	E	V	L	A	P	.	.	.	F	V	T	A	S	Y	N	K	H	R	K	T
Query Conservation																																																																			.	.	.
Alig confidence																														.	.														.	.	.	.	.										.	.							.	.	.
Template Conservation																														.	.														.	.	.	.	.										.	.
Template Sequence		T	P	T	F	L	N	C	G	K	Q	Q	R	G	E	L	V	S	C	F	L	L	R	I	E	D	N	M	E	.	.	S	I	G	R	A	V	N	S	A	L	Q	L	S	.	.	.	.	.	K	R	G	G	G	V	A	F	L	.	.	L	S	N	L	R	E	A	G	A	P	I	K	R	I	E	N	Q	S	S	G	V
Template Known Secondary structure								T	T	B	S	S				S										S	S			.	.														.	.	.	.	.	T	T	T							.	.		T	T	S			T	T			B	T	T	B	S	S					S
Template Predicted Secondary structure																														.	.														.	.	.	.	.										.	.
Template SS confidence
		161	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.			.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.						.	.	.	.	.	.	.	.	210			.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.
		247	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.				.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																				.	.	.
Query SS confidence																																																				.	.	.
Query Sequence		A	E	E	W	N	I	P	D	A	E	G	Y	A	N	S	R	T	I	K	E	C	Y	D	A	F	Q	S	L	E	Y	E	V	N	T	L	H	T	A	N	G	Q	T	P	F	V	T	F	G	F	G	.	.	.	L	G	T	S	W	E	S	R	L	I	Q	E	S	I	L	R	N	R	I	A	G	L	G	K	N	R	K
Query Conservation																																																				.	.	.
Alig confidence																		.	.	.	.	.	.	.																												.	.	.																								.	.	.
Template Conservation																		.	.	.	.	.	.	.																																																						.	.	.
Template Sequence		I	P	V	M	K	M	L	E	D	A	F	S	Y	A	N	Q	.	.	.	.	.	.	.	G	A	G	A	V	Y	L	H	A	H	H	P	D	I	L	R	F	L	D	T	K	R	E	N	A	D	E	K	I	R	I	K	T	L	S	L	G	V	V	I	P	D	I	T	F	R	L	A	K	E	N	A	Q	.	.	.	M
Template Known Secondary structure															T			.	.	.	.	.	.	.									T	T	S	T	T							T	T		T	T	S		T	T	S			S	S	S								S								T	T			.	.	.
Template Predicted Secondary structure																		.	.	.	.	.	.	.																																																						.	.	.
Template SS confidence
		232	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.								.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300				.
		324	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.																			.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		T	A	V	F	P	K	L	V	F	A	I	R	D	G	L	N	H	K	K	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	P	N	Y	D	I	K	Q	L	A	L	E	C	A	S	K	R	M	Y	P	D	I	L	N	Y	D	Q	V	V	K	V	T	G	S	F	K	T	P	M	G	C	R
Query Conservation																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																									.	.
Template Conservation																																																																																.	.
Template Sequence		A	L	F	S	P	Y	D	I	Q	R	R	Y	G	K	P	F	G	D	I	A	I	S	E	R	Y	D	E	L	I	A	D	P	H	V	R	K	T	Y	I	N	A	R	D	F	F	Q	T	L	A	E	I	Q	F	E	S	G	Y	P	Y	I	M	F	E	D	T	V	N	R	A	N	P	I	A	G	R	I	N	M	.	.
Template Known Secondary structure														S	S		G	G	G	S		T	T	T	T								T	T	S																						S																S	S	S					.	.
Template Predicted Secondary structure																																																																																.	.
Template SS confidence
		307	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.
		386	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.																	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		S	F	L	G	V	W	E	N	E	N	G	E	Q	I	H	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	R	N	N	L	G	V	I	S	L	N	L	P	R	I	A	L	E	A	K	G	D	E	A	T	F	W	K	L	L	D	E	R	L	V	L	A	R	K	A	L	M	T	R	I	A	R	L
Query Conservation																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																	.	.	.	.	.	.	.	.	.																							.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.																																											.	.	.	.	.	.	.	.	.																							.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	S	N	L	C	S	E	I	L	Q	V	N	S	A	S	R	Y	D	D	N	L	D	Y	T	H	I	G	H	D	I	S	C	N	L	G	S	L	N	I	A	H	V	M	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	S	P	D	I	G	R	T	V	E	T	A	I	R	G	L	T	A	V	S	D	M	.
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.			T	T	S							B						T	T	S							B																.	.	.	.	.	.	.	.	.	T		S																				.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.																																											.	.	.	.	.	.	.	.	.																							.
Template SS confidence
								385	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.										.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.
		450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		E	G	V	K	A	R	V	A	P	I	L	Y	M	E	G	A	C	G	V	R	L	N	A	D	D	D	V	S	E	I	F	K	N	G	R	A	S	I	S	L	G	Y	I	G	I	H	E	T	I	N	A	L	F	G	G	E	H	V	Y	D	N	E	Q	L	R	A	K	G	I	A	I	V	E	R	L	R	Q	A	V	D
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																			.																.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																			.																.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	H	I	R	S	V	P	S	I	A	A	G	N	A	A	S	H	A	.	I	G	L	G	Q	M	N	L	H	G	Y	L	A	R	E	.	.	.	G	I	A	Y	G	S	P	E	A	L	D	F	T	N	L	Y	F	Y	T	I	T	W	H	A	V
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.				T	T	S													.															T	.	.	.	T			T	T	S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																			.																.	.	.
Template SS confidence
																				449	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.		.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.				.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.
		530	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		Q	W	K	E	E
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		H	T	S	M	R
Template Known Secondary structure
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		507	.	.	510	.