Job Description P31554 Confidence 4.95% Date Thu Jan 5 11:48:17 GMT 2012 Rank 58 Aligned Residues 154 % Identity 16% Template d1i78a_ SCOP info Transmembrane beta-barrels OMPT-like Outer membrane protease OMPT Resolution 2.60

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		552	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.																				.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.
Predicted Secondary structure																																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		I	A	S	A	N	Q	V	T	T	G	V	T	S	R	I	Y	D	D	A	A	V	E	R	F	N	I	S	V	G	Q	I	Y	Y	F	T	E	S	R	T	G	D	D	N	I	T	W	E	N	D	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	K	T	G	S	L	V	W	A	G	D	T
Query Conservation																																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																							.																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																							.
Template Sequence		L	N	Y	A	N	E	F	D	L	N	I	K	G	W	L	L	N	E	P	N	Y	.	R	L	G	L	M	A	G	Y	Q	E	S	R	Y	S	F	T	A	R	G	G	S	Y	I	Y	S	S	E	E	G	F	R	D	D	I	G	S	F	P	N	G	E	R	A	I	G	Y	K	Q	R	F	K	M	P	Y	I	G	L	T
Template Known Secondary structure																				S	S		.																								B			T	T		S	S		B			B			T	T		S
Template Predicted Secondary structure																							.
Template SS confidence
		106	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.		.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.
		613	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.				.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																	.	.	.
Query SS confidence																																	.	.	.
Query Sequence		Y	W	R	I	S	E	R	W	G	L	R	G	G	I	Q	Y	D	T	R	L	D	N	V	A	T	S	N	S	S	I	E	.	.	.	Y	R	R	D	E	D	R	L	V	Q	L	N	Y	R	Y	A	S	P	E	Y	I	Q	A	T	L	P	K	Y	Y	S	T	A	E	Q	Y	K	N	G	I	S	Q	V	G	A	V	A
Query Conservation																																	.	.	.
Alig confidence																																	.	.	.															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		G	S	Y	R	Y	E	D	F	E	L	G	G	T	F	K	Y	S	G	W	V	E	S	S	D	N	D	E	H	Y	D	P	K	G	R	I	T	Y	R	S	K	V	K	D	Q	N	Y	Y	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	V	A	V	N	A
Template Known Secondary structure							T	T																								S	S	S																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		185	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.																												.	.	.	.	.
		690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.														.	.	.	.	710	.	.			.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.	.	.	.	.	.	.	730	.	.	.
Predicted Secondary structure																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.								.	.
Query SS confidence																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.								.	.
Query Sequence		S	W	P	I	A	D	R	W	S	I	V	G	A	Y	Y	Y	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	T	N	A	N	K	Q	.	.	A	D	S	M	L	G	V	Q	Y	S	S	C	C	Y	A	I	R	V	G	Y	E
Query Conservation																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.								.	.
Alig confidence																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.								.	.
Template Conservation
Template Sequence		G	Y	Y	V	T	P	N	A	K	V	Y	V	E	G	A	W	N	R	V	T	N	K	K	G	N	T	S	L	Y	D	H	N	N	N	T	S	D	Y	S	K	N	G	A	G	I	E	N	Y	N	F	I	T	T	A	G	L	K	Y	T
Template Known Secondary structure							T	T																								T	T	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		238	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.

No model constructed - rank, confidence too low

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Kelley LA and Sternberg MJE. Nature Protocols 4, 363 - 371 (2009) [pdf] [Import into BibTeX]
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