Job Description P31554 Confidence 81.24% Date Thu Jan 5 11:48:17 GMT 2012 Rank 8 Aligned Residues 213 % Identity 15% Template c3dwoX_ PDB info PDB header:membrane protein Chain: X: PDB Molecule:probable outer membrane protein; PDBTitle: crystal structure of a pseudomonas aeruginosa fadl homologue Resolution 2.20 Å

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		545	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.
Predicted Secondary structure																																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		T	Y	G	G	L	D	R	I	A	S	A	N	Q	V	T	T	G	V	T	S	R	I	Y	D	D	A	A	V	E	R	F	N	I	S	V	G	Q	I	Y	Y	F	T	E	S	R	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	D	D	N	I	T	W	E	N	D	D
Query Conservation																																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																											.	.	.	.	.																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																											.	.	.	.	.
Template Sequence		R	D	F	A	V	D	T	K	I	E	T	I	G	L	T	G	S	L	S	F	K	V	N	D	N	.	.	.	.	.	F	S	L	G	A	G	V	I	I	Q	R	T	S	G	F	V	S	Q	N	L	D	L	Y	A	S	A	A	N	S	P	G	M	G	G	I	P	F	P	A	S	N	S	S	A	L	M	R	V	K	V
Template Known Secondary structure		T	T	T		S																	S	S	S	S	.	.	.	.	.																												T	S	T	T	T		S	S				T	T	S	S
Template Predicted Secondary structure																											.	.	.	.	.
Template SS confidence
		133	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.						.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.
		602	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.																																													.	.	630	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		K	T	G	S	L	V	W	A	G	D	T	Y	W	R	I	S	E	R	W	G	L	R	G	G	I	Q	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Y	D	T	R	L	D	N	V	A	T
Query Conservation																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		D	N	T	S	P	G	F	F	A	G	A	V	W	K	P	T	D	R	D	T	L	G	F	A	Y	H	A	K	I	R	N	K	L	K	G	H	Y	N	L	Y	D	H	D	G	G	L	T	E	G	A	I	E	G	G	T	P	G	L	A	Y	P	G	L	D	L	R	M	G	A	S	A	S	A	R	L	D	I	P	A	Y
Template Known Secondary structure																S	S	S	S											B														S	T	T								T	T						S	T	T					S										B
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		208	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.
		638	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.					.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																.	.	.	.																																										.	.	.	.	.
Query SS confidence																																.	.	.	.																																										.	.	.	.	.
Query Sequence		S	N	S	S	I	E	Y	R	R	D	E	D	R	L	V	Q	L	N	Y	R	Y	A	S	P	E	Y	I	Q	A	T	.	.	.	.	L	P	K	Y	Y	S	T	A	E	Q	Y	K	N	G	I	S	Q	V	G	A	V	A	S	W	P	I	A	D	R	W	S	I	V	G	A	Y	Y	Y	D	T	N	.	.	.	.	.
Query Conservation																																.	.	.	.																																										.	.	.	.	.
Alig confidence																																.	.	.	.																																										.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		A	S	L	D	W	V	H	Q	F	N	D	R	L	S	L	G	A	S	A	T	W	T	E	W	S	S	F	Q	D	L	T	L	K	S	H	G	N	T	I	V	S	I	P	Y	T	Y	R	N	T	W	T	L	A	V	G	G	D	Y	K	V	T	D	Q	W	T	M	R	A	G	V	A	Y	D	Q	T	P	T	H	N	A
Template Known Secondary structure											S	S	S												G	G	G									T	T																								S	S	S	S													S			T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		288	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.
									709	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.	.	.				.	.	.	.	730	.	.	.	.	.	.								.	.	.	740	.	.	.	.	.	.	.	.	.	750	.	.	.	.	.	.	.	.	.	760	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.																		.	.	.												.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.																		.	.	.												.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	A	N	K	Q	A	D	S	M	L	G	V	Q	Y	S	S	C	C	.	.	.	Y	A	I	R	V	G	Y	E	R	K	L	.	.	.	.	.	.	.	N	G	W	D	N	D	K	Q	H	A	V	Y	D	N	A	I	G	F	N	I	E	L	R	G	L	S
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.																		.	.	.												.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.																		.	.	.												.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		T	R	D	P	R	I	P	D	G	D	R	Y	F	A	S	L	G	A	G	Y	R	F	Q	S	M	P	E	L	S	I	D	A	A	Y	S	R	Q	F	V	K	E	V	P	L	K	T	V	N	Q	D	R	L	G	G	G	R	L	D	G	R	A	T	S	K	G	Q	V	F	S	L	S
Template Known Secondary structure		T			S	S	S																	S	S	S	S	S																				B			G	G	G	T	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		368	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.

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Kelley LA and Sternberg MJE. Nature Protocols 4, 363 - 371 (2009) [pdf] [Import into BibTeX]
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