Job Description P45564 Confidence 1.82% Date Thu Jan 5 12:03:17 GMT 2012 Rank 60 Aligned Residues 206 % Identity 15% Template c2x4mD_ PDB info PDB header:hydrolase Chain: D: PDB Molecule:coagulase/fibrinolysin; PDBTitle: yersinia pestis plasminogen activator pla Resolution 2.55 Å

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		29	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		A	D	I	G	V	H	Y	L	D	W	T	S	R	T	T	E	K	S	S	T	K	S	H	K	D	D	F	G	Y	L	E	F	E	G	G	A	N	F	S	W	G	E	M	Y	G	F	F	D	W	E	N	F	Y	N	G	R	H	N	K	P	G	S	E	Q	R	Y	T	F	K	N	T	N	R	I	Y	L	G	D	T	G
Query Conservation
Alig confidence																																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																				.
Template Conservation																																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																				.
Template Sequence		V	A	A	S	T	G	M	L	S	G	K	S	H	E	M	L	Y	D	A	E	T	G	R	K	I	S	Q	L	D	W	K	I	K	N	V	A	I	L	K	G	D	I	S	W	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	P	Y	S	F	L	T	L	N	A	R	G	W	T	S	L	A	S	G	.
Template Known Secondary structure																				T	T	T																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.			S	T	T												S	S		.
Template Predicted Secondary structure																																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																				.
Template SS confidence
		16	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.																	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.
		109	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.		120	.	.	.	.	.	.	.	.	.									130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.						.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160
Predicted Secondary structure													.											.	.	.	.	.	.	.	.													.	.	.	.	.																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence													.											.	.	.	.	.	.	.	.													.	.	.	.	.																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		F	N	L	Y	L	H	A	Y	G	T	Y	.	G	S	A	N	R	V	N	F	H	D	.	.	.	.	.	.	.	.	D	M	F	L	Y	G	I	G	Y	N	F	T	.	.	.	.	.	G	S	G	W	W	F	K	P	F	F	A	K	R	Y	T	D	Q	T	Y	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation													.											.	.	.	.	.	.	.	.													.	.	.	.	.																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.									.											.	.	.	.	.	.	.	.													.	.	.	.	.																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.
Template Sequence		.	.	.	S	G	N	M	D	D	Y	A	W	M	N	E	N	Q	S	E	W	T	D	H	S	S	H	P	A	T	N	V	N	H	A	N	E	Y	D	L	N	V	K	G	W	L	L	Q	D	E	N	Y	K	A	G	I	T	A	G	Y	Q	E	T	R	F	S	W	T	A	T	G	G	S	Y	S	Y	N	N	G	A	Y
Template Known Secondary structure		.	.	.												S	S		S	S		S						T																		S				S	S																				S						T	T	T	T
Template Predicted Secondary structure		.	.	.
Template SS confidence
					79	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.
																						161	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Y	T	G	D	N	G	Y	V	A	G	W	V	A	G	Y	N	F	M	L	G	S	E	K	F	T	L	T	N	W	N	E	Y	E	F	D	R	D	A	T	Y	A	A	G	N	G	G	K	E	G	L	N	G	A	V	A	L	W	W	N	A
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		T	G	N	F	P	K	G	V	R	V	I	G	Y	N	Q	R	F	S	M	P	Y	I	G	L	A	G	Q	Y	R	I	N	D	F	E	L	N	A	L	F	K	F	S	D	W	V	R	A	H	D	N	D	E	H	Y	M	R	D	L	T	F	R	E	K	T	S	G	S	R	Y	Y	G	T	V	I	N	A	G	Y	Y	V
Template Known Secondary structure							T	T																								T	T																						G	G	G	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		156	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.
		221	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.																								.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.
Predicted Secondary structure														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		T	S	H	I	T	T	G	I	Q	Y	R	Y	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	D	D	K	L	G	E	D	F	Y	Q	D	A	I	I	Y	S	I	K	F	N	F
Query Conservation														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		T	P	N	A	K	V	F	A	E	F	T	Y	S	K	Y	D	E	G	K	G	G	T	Q	T	I	D	K	N	S	G	D	S	V	S	I	G	G	D	A	A	G	I	S	N	K	N	Y	T	V	T	A	G	L	Q	Y	R	F
Template Known Secondary structure			T	T																								T	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		236	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.

No model constructed - rank, confidence too low

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Kelley LA and Sternberg MJE. Nature Protocols 4, 363 - 371 (2009) [pdf] [Import into BibTeX]
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