Job Description P71243 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 12:12:38 GMT 2012 Rank 6 Aligned Residues 379 % Identity 18% Template c3s29C_ PDB info PDB header:transferase Chain: C: PDB Molecule:sucrose synthase 1; PDBTitle: the crystal structure of sucrose synthase-1 from arabidopsis thaliana2 and its functional implications. Resolution 2.85 Å

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		2	.	.	.	.	.		.	.	10	.												.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.													.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure								.					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																														.
Query SS confidence								.					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																														.
Query Sequence		K	V	G	F	F	L	.	L	K	F	P	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	S	S	E	T	F	V	L	N	Q	I	T	A	F	I	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	M	G	F	E	V	E	I	L	A	L	Q	K	G	D	T	Q	N	T	H	A	A	W	T	K	Y	N	L	A	A	.
Query Conservation								.					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																														.
Alig confidence								.					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																														.
Template Conservation
Template Sequence		N	V	V	I	L	S	P	H	G	Y	F	A	Q	D	N	V	L	G	Y	P	D	T	G	G	Q	V	V	Y	I	L	D	Q	V	R	A	L	E	I	E	M	L	Q	R	I	K	Q	Q	G	L	N	I	K	P	R	I	L	I	L	T	R	L	L	P	D	A	V	G	T	T	C	G	E	R	L	E	R	V	Y	D	S
Template Known Secondary structure									S	S				S	S	S		T	T	S	T	T		S																								T	T															T	T			S	S	S	T	T	S	S					T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		57	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.			.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																														.	.
Query SS confidence																																																														.	.
Query Sequence		R	T	R	W	L	Q	D	E	P	T	G	K	V	A	K	L	R	H	R	A	S	Q	T	L	R	G	I	H	R	K	N	T	W	Q	A	L	N	L	K	R	Y	G	A	E	S	R	N	L	I	L	S	A	I	C	G	Q	V	A	T	P	.	.	F	R	A	D	V	F	I	A	H	F	G	P	A	G	V	T	A	A
Query Conservation																																																														.	.
Alig confidence														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																	.	.
Template Conservation														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		E	Y	C	D	I	L	R	V	P	F	R	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	E	K	G	I	V	R	K	W	I	S	R	F	E	V	W	P	Y	L	E	T	Y	T	E	D	A	A	V	E	L	S	K	E	L	N	G	K	P	D	L	I	I	G	N	Y	S	D	G	N	L	V	A	S
Template Known Secondary structure		S	S											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	T					S				G	G	G		G	G	G																	S	S			S
Template Predicted Secondary structure														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.																	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.
		135	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.														.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.								.	.	190	.	.
Predicted Secondary structure																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																										.	.	.	.	.	.	.						.	.
Query SS confidence																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																										.	.	.	.	.	.	.						.	.
Query Sequence		K	L	R	E	L	G	V	I	R	G	K	I	A	T	I	F	H	G	I	D	I	S	S	R	E	V	L	N	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	H	Y	T	P	E	Y	Q	Q	L	F	R	R	G	D	L	M	L	P	I	S	D	L	W	A	G	.	.	.	.	.	.	.	R	L	Q	K	M	.	.
Query Conservation																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																										.	.	.	.	.	.	.						.	.
Alig confidence							.	.																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																										.	.	.	.	.	.	.						.	.
Template Conservation							.	.
Template Sequence		L	L	A	H	K	.	.	L	G	V	T	Q	C	T	I	A	H	A	L	E	K	T	K	Y	P	D	S	D	I	Y	W	K	K	L	D	D	K	Y	H	F	S	C	Q	F	T	A	D	I	F	A	M	N	H	T	D	F	I	I	T	S	T	F	Q	E	I	A	G	S	K	E	T	V	G	Q	Y	E	S	H	T	A
Template Known Secondary structure							.	.		T								S							S	T	T	T	T	T	T																								S	S					S		S							S	S	S			T	T	G	G	G	S	S
Template Predicted Secondary structure							.	.
Template SS confidence
		424	.	.	.	.			.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.
															193	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	C	P	R	E	K	I	A	V	S	R	M	G	V	D	M	T	R	F	S	P	R	P	V	K	A	P	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	P	L	E	I	I	S	V	A	R	L
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		F	T	L	P	G	L	Y	R	V	V	H	G	I	D	V	F	D	P	K	F	N	I	V	S	P	G	A	D	M	S	I	Y	F	P	Y	T	E	E	K	R	R	L	T	K	F	H	S	E	I	E	E	L	L	Y	S	D	V	E	N	K	E	H	L	C	V	L	K	D	K	K	K	P	I	L	F	T	M	A	R	L
Template Known Secondary structure					T	T	T									T	T		T	T										T	T	T				T	T		T	T	T	S		G	G	G											S			S	S	S			S		B	S		T	T	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		502	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.
		232	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.												.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.		.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																					.
Query SS confidence																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																					.
Query Sequence		T	E	K	K	G	L	H	V	A	I	E	A	C	R	Q	L	K	E	Q	G	V	A	F	R	Y	R	I	L	G	I	G	P	W	E	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	R	R	L	R	T	L	I	E	Q	Y	Q	L	E	D	V	V	E	M	P	G	.	F	K	P	S	H	E	V	K	A	M	L	D	D	A
Query Conservation																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																					.
Alig confidence																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																					.
Template Conservation
Template Sequence		D	R	V	K	N	L	S	G	L	V	E	W	Y	G	K	N	T	R	L	R	E	L	A	N	L	V	V	V	G	G	D	R	R	K	E	S	K	D	N	E	E	K	A	E	M	K	K	M	Y	D	L	I	E	E	Y	K	L	N	G	Q	F	R	W	I	S	S	Q	M	D	R	V	R	N	G	E	L	Y	R	Y	I
Template Known Secondary structure		S	T	T	T	T																											T	T	S																					T	T		T	B	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		582	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.
						300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.				370	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.																																																																							.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.																																																																							.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	D	V	F	L	L	P	S	V	T	G	A	D	G	D	M	E	G	I	P	V	A	L	M	E	A	M	A	V	G	I	P	V	V	S	T	L	H	S	G	I	P	E	L	V	E	A	D	K	S	G	W	L	V	P	E	N	D	A	R	A	L	A	Q	R	L	A	A	F	S	Q	.	.	.	L	D	T
Query Conservation		.	.	.	.																																																																							.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.							.	.	.	.	.	.																																																											.	.	.
Template Conservation												.	.	.	.	.	.
Template Sequence		C	D	T	K	G	A	F	V	Q	P	.	.	.	.	.	.	A	L	Y	E	A	F	G	L	T	V	V	E	A	M	T	C	G	L	P	T	F	A	T	C	K	G	G	P	A	E	I	I	V	H	G	K	S	G	F	H	I	D	P	Y	H	G	D	Q	A	A	D	T	L	A	D	F	F	T	K	C	K	E	D	P
Template Known Secondary structure				T	T							.	.	.	.	.	.		S		B	S	S											T							S	S	B	T							B	T	T	T	B					T	T	S																			T
Template Predicted Secondary structure												.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		662	.	.	.	.	.	.	.	670	.							.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.	.	.	.	.	.	.	730	.	.	.	.	.
		373	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		D	E	L	A	P	V	V	K	R	A	R	E	K	V	E	H	D	F	N	Q	Q	V	I	N	R	E	L	A	S	L	L	Q
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		S	H	W	D	E	I	S	K	G	G	L	Q	R	I	E	E	K	Y	T	W	Q	I	Y	S	Q	R	L	L	T	L	T	G
Template Known Secondary structure
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		736	.	.	.	740	.	.	.	.	.	.	.	.	.	750	.	.	.	.	.	.	.	.	.	760	.	.	.	.	.	.	.