Job Description P02918 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 10:57:34 GMT 2012 Rank 29 Aligned Residues 214 % Identity 22% Template d1nrfa_ SCOP info beta-lactamase/transpeptidase-like beta-lactamase/transpeptidase-like beta-Lactamase/D-ala carboxypeptidase Resolution 2.50

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		424	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.		480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.
Predicted Secondary structure																																																										.
Query SS confidence																																																										.
Query Sequence		E	V	N	S	A	L	V	S	I	N	P	Q	N	G	A	V	M	A	L	V	G	G	F	D	F	N	Q	S	K	F	N	R	A	T	Q	A	L	R	Q	V	G	S	N	I	K	P	F	L	Y	T	A	A	M	D	K	G	.	L	T	L	A	S	M	L	N	D	V	P	I	S	R	W	D	A	S	A	G	S	D	W
Query Conservation																																																										.
Alig confidence																					.	.	.	.	.	.	.	.	.								.																					.															.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																					.	.	.	.	.	.	.	.	.								.																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		S	A	S	G	G	F	V	L	F	N	S	N	R	K	K	Y	T	I	Y	.	.	.	.	.	.	.	.	.	N	R	K	E	S	T	S	.	R	F	A	P	A	S	T	Y	K	V	F	S	A	L	L	A	L	E	S	G	I	I	T	K	N	D	S	H	M	T	W	D	G	T	Q	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		T										T	T	T	T						.	.	.	.	.	.	.	.	.							S	.		B			G	G	G	G												T	S	S		S	S				B							.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																					.	.	.	.	.	.	.	.	.								.																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		371	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.										390	.	.	.	.	.	.		.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.
		503	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.		.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.
Predicted Secondary structure																																																															.
Query SS confidence																																																															.
Query Sequence		Q	P	K	N	S	P	P	Q	Y	A	G	P	I	R	L	R	Q	G	L	G	Q	S	K	N	V	V	M	V	R	A	M	R	A	M	G	V	D	Y	A	A	E	Y	L	Q	R	F	G	F	P	A	Q	N	I	V	H	T	E	S	L	A	L	.	G	S	A	S	F	T	P	M	Q	V	A	R	G	Y	A	V	M	A
Query Conservation																																																															.
Alig confidence		.	.	.																																																											.
Template Conservation		.	.	.
Template Sequence		.	.	.	Y	P	Y	K	E	W	N	Q	D	Q	D	L	F	S	A	M	S	S	S	T	T	W	Y	F	Q	K	L	D	R	Q	I	G	E	D	H	L	R	H	Y	L	K	S	I	H	Y	G	N	E	D	F	S	V	P	A	D	Y	W	L	D	G	S	L	Q	I	S	P	L	E	Q	V	N	I	L	K	K	F	Y
Template Known Secondary structure		.	.	.		S	S	T	T	T	S	S		B									T																								T	T		T	T				S		T	T	T	T	T	T	S	S	S	S		B
Template Predicted Secondary structure		.	.	.
Template SS confidence
					432	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.
		582	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		N	G	G	F	L	V	D	P	W	F	I	S	K	I	E	N	D	Q	G	G	V	I	F	E	A	K	P	K	V	A	C	P	E	C	D	I	P	V	I	Y	G	D	T	Q	K	S	N	V	L	E	N	N	D	V	E	D	V	A	I	S	R	E	Q	Q	N	V	S	V	P	M	P	Q	L	E	Q	A	N	Q	A	L
Query Conservation
Alig confidence					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		D	N	E	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure			T	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		509	510	.
		662	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.				.	.	.	.	.	.	.	.	730	.					.	.	.
Predicted Secondary structure																																																														.	.	.											.	.	.	.
Query SS confidence																																																														.	.	.											.	.	.	.
Query Sequence		V	A	K	T	G	A	Q	E	Y	A	P	H	V	I	N	T	P	L	A	F	L	I	K	S	A	L	N	T	N	I	F	G	E	P	G	W	Q	G	T	G	W	R	A	G	R	D	L	Q	R	R	D	I	G	G	K	T	G	T	T	N	.	.	.	S	S	K	D	A	W	F	S	G	Y	.	.	.	.	G	P	G
Query Conservation																																																														.	.	.											.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.															.	.	.											.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	F	D	F	K	Q	S	N	I	E	T	V	K	D	S	I	R	L	E	E	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	N	G	R	V	L	S	G	K	T	G	T	S	V	I	N	G	E	L	H	A	G	W	F	I	G	Y	V	E	T	A	D	N	T
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.		T	T													S	S	S													S	S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
													512	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.
		735	.	.	.	.	740	.	.	.	.	.	.	.	.	.	750	.	.	.	.	.	.	.	.	.	760	.	.	.	.	.	.	.	.	.	770	.	.	.	.	.	.	.	.	.	780	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		V	V	T	S	V	W	I	G	F	D	D	H	R	R	N	L	G	H	T	T	A	S	G	A	I	K	D	Q	I	S	G	Y	E	G	G	A	K	S	A	Q	P	A	W	D	A	Y	M	K	A	V
Query Conservation
Alig confidence														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		F	F	F	A	V	H	I	Q	G	E	K	R	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	A	G	S	S	A	A	E	I	A	L	S	I	L	D	K	K
Template Known Secondary structure											S		S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																	T
Template Predicted Secondary structure														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		565	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.																						.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.

No model constructed - rank, confidence too low

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Kelley LA and Sternberg MJE. Nature Protocols 4, 363 - 371 (2009) [pdf] [Import into BibTeX]
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