Job Description P02918 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 10:57:34 GMT 2012 Rank 31 Aligned Residues 214 % Identity 20% Template d1k55a_ SCOP info beta-lactamase/transpeptidase-like beta-lactamase/transpeptidase-like beta-Lactamase/D-ala carboxypeptidase Resolution 1.39

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		423	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.		.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.		480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500
Predicted Secondary structure																																									.																			.
Query SS confidence																																									.																			.
Query Sequence		P	E	V	N	S	A	L	V	S	I	N	P	Q	N	G	A	V	M	A	L	V	G	G	F	D	F	N	Q	S	K	F	N	R	A	T	Q	A	L	R	.	Q	V	G	S	N	I	K	P	F	L	Y	T	A	A	M	D	K	G	.	L	T	L	A	S	M	L	N	D	V	P	I	S	R	W	D	A	S	A	G	S
Query Conservation																																									.																			.
Alig confidence																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.										.									.										.															.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																			.																									.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		E	A	V	N	G	V	F	V	L	C	K	S	S	S	K	S	C	A	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	N	D	L	A	R	A	S	K	E	Y	L	P	A	S	T	F	I	P	.	N	A	I	I	G	L	E	T	G	V	I	K	N	E	H	Q	V	F	K	W	D	G	K	P	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		T	T										S	S	T	T	S				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S						T			B			G	G	G				.								T	T	S	S		S	T	T							S			.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																			.																									.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		35	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.												.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.		.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.
		501	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.			.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																																	.	.
Query SS confidence																																																																	.	.
Query Sequence		D	W	Q	P	K	N	S	P	P	Q	Y	A	G	P	I	R	L	R	Q	G	L	G	Q	S	K	N	V	V	M	V	R	A	M	R	A	M	G	V	D	Y	A	A	E	Y	L	Q	R	F	G	F	P	A	Q	N	I	V	H	T	E	S	L	A	L	.	.	G	S	A	S	F	T	P	M	Q	V	A	R	G	Y	A
Query Conservation																																																																	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.																																																											.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	R	A	M	K	Q	W	E	R	D	L	T	L	R	G	A	I	Q	V	S	A	V	P	V	F	Q	Q	I	A	R	E	V	G	E	V	R	M	Q	K	Y	L	K	K	F	S	Y	G	N	Q	N	I	S	G	G	I	D	K	F	W	L	E	G	Q	L	R	I	S	A	V	N	Q	V	E	F	L	E
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.		S	S	G	G	G	S	S										T	T																								T	T		T	T					S		T	T	T	T	T	T	T	S	S			B
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.
Template SS confidence
							97	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.
		579	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		V	M	A	N	G	G	F	L	V	D	P	W	F	I	S	K	I	E	N	D	Q	G	G	V	I	F	E	A	K	P	K	V	A	C	P	E	C	D	I	P	V	I	Y	G	D	T	Q	K	S	N	V	L	E	N	N	D	V	E	D	V	A	I	S	R	E	Q	Q	N	V	S	V	P	M	P	Q	L	E	Q	A	N
Query Conservation
Alig confidence								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		S	L	Y	L	N	K	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure					T	T		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		172	.	.	.	.	.
		659	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.						.	.	.	.	.	.	.	.	730	.
Predicted Secondary structure																																																																	.	.	.	.	.											.	.
Query SS confidence																																																																	.	.	.	.	.											.	.
Query Sequence		Q	A	L	V	A	K	T	G	A	Q	E	Y	A	P	H	V	I	N	T	P	L	A	F	L	I	K	S	A	L	N	T	N	I	F	G	E	P	G	W	Q	G	T	G	W	R	A	G	R	D	L	Q	R	R	D	I	G	G	K	T	G	T	T	N	.	.	.	.	.	S	S	K	D	A	W	F	S	G	Y	.	.
Query Conservation																																																																	.	.	.	.	.											.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.															.	.	.	.	.											.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	S	A	S	K	E	N	Q	L	I	V	K	E	A	L	V	T	E	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	P	E	Y	L	V	H	S	K	T	G	F	S	G	V	G	T	E	S	N	P	G	V	A	W	W	V	G	W	V	E
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	S	S												T					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.		T	T															S	S	S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																178	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.																	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.
				732	.	.	.	.	.	.	.	740	.	.	.	.	.	.	.	.	.	750	.	.	.	.	.	.	.	.	.	760	.	.	.	.	.	.	.	.	.	770	.	.	.	.	.	.	.	.	.	780	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.
Query SS confidence		.	.
Query Sequence		.	.	G	P	G	V	V	T	S	V	W	I	G	F	D	D	H	R	R	N	L	G	H	T	T	A	S	G	A	I	K	D	Q	I	S	G	Y	E	G	G	A	K	S	A	Q	P	A	W	D	A	Y	M	K	A	V	L
Query Conservation		.	.
Alig confidence		.	.																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		K	E	T	E	V	Y	F	F	A	F	N	M	D	I	D	N	E	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	K	L	P	L	R	K	S	I	P	T	K	I	M	E	S	E	G
Template Known Secondary structure			T	T												S		G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	G	T	T													T	T
Template Predicted Secondary structure																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		228	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.																						.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.

No model constructed - rank, confidence too low

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Kelley LA and Sternberg MJE. Nature Protocols 4, 363 - 371 (2009) [pdf] [Import into BibTeX]
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