Job Description P02918 Confidence 81.96% Date Thu Jan 5 10:57:34 GMT 2012 Rank 101 Aligned Residues 166 % Identity 18% Template d1ci9a_ SCOP info beta-lactamase/transpeptidase-like beta-lactamase/transpeptidase-like beta-Lactamase/D-ala carboxypeptidase Resolution 1.80

Show / Hide SS confidence

Show / Hide Conservation and Alignment quality

		293	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		R	K	V	Q	Q	A	A	Q	Q	A	V	R	N	N	V	L	D	Y	D	M	R	H	G	Y	R	G	P	A	N	V	L	W	K	V	G	E	S	A	W	D	N	N	K	I	T	D	T	L	K	A	L	P	T	Y	G	P	L	L	P	A	A	V	T	S	A	N	P	Q	Q	A	T	A	M	L	A	D	G	S	T	V
Query Conservation
Alig confidence																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		A	S	L	A	A	R	L	D	A	V	F	D	Q	A	L	R	E	R	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure																		T	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		16	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.
		373	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		A	L	S	M	E	G	V	R	W	A	R	P	Y	R	S	D	T	Q	Q	G	P	T	P	R	K	V	T	D	V	L	Q	T	G	Q	Q	I	W	V	R	Q	V	G	D	A	W	W	L	A	Q	V	P	E	V	N	S	A	L	V	S	I	N	P	Q	N	G	A	V	M	A	L	V	G	G	F	D	F	N	Q	S	K
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	R	L	V	G	A	V	A	I	V	A	R	H	G	E	I	L	Y	R	R	A	Q	G	L	A	D	R	E	A	G
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S		S									T	T													T	T	T	T
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																																																					34	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.
		453	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.				.	.	.		480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.				.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																										.	.	.				.																										.	.	.
Query SS confidence																										.	.	.				.																										.	.	.
Query Sequence		F	N	R	A	T	Q	A	L	R	Q	V	G	S	N	I	K	P	F	L	Y	T	A	A	M	.	.	.	D	K	G	.	L	T	L	A	S	M	L	N	D	V	P	I	S	R	W	D	A	S	A	G	S	D	W	Q	P	.	.	.	K	N	S	P	P	Q	Y	A	G	P	I	R	L	R	Q	G	L	G	Q	S	K
Query Conservation																										.	.	.				.																										.	.	.
Alig confidence																										.	.	.				.										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.				.	.	.
Template Conservation																																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		R	P	M	R	E	D	T	L	F	R	L	A	S	V	T	K	P	I	V	A	L	A	V	L	R	L	V	A	R	G	E	L	A	L	D	A	P	V	T	R	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	W	L	P	E	F	R	P	R	L	A	D	G	S	E	P	L	V	T	I	H	H	L	L	T	H	T	S
Template Known Secondary structure						T	T		B				G	G	G																T	S	S		T	T	S	B	G	G	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T		T	T				B		T	T	S						B							T		S
Template Predicted Secondary structure																																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		63	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.														.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		526	.																																																								.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																					.	.	.
Query SS confidence				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																					.	.	.
Query Sequence		N	V	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	V	M	V	R	A	M	R	A	M	G	V	D	Y	A	A	E	Y	L	Q	R	.	.	.
Query Conservation				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																					.	.	.
Alig confidence				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																					.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		G	L	G	Y	W	L	L	E	G	A	G	S	V	Y	D	R	L	G	I	S	D	G	I	D	L	R	D	F	D	L	D	E	N	L	R	R	L	A	S	A	P	L	S	F	A	P	G	S	G	W	Q	Y	S	L	A	L	D	V	L	G	A	V	V	E	R	A	T	G	Q	P	L	A	A	A	V	D	A	L	V	A
Template Known Secondary structure		S									T	T	S						T				S	S	S			S	S												S	B		S	S		T	T	S						T														T	S										T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.
				548	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.																																																.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	F	G	F	P	A	Q	N	I	V	H	T	E	S	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	L	G	S	A	S	F	T	P	M	Q	V	A	R	G	Y	A
Query Conservation		.	.															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		Q	P	L	G	M	R	D	C	G	F	V	S	A	E	P	E	R	F	A	V	P	Y	H	D	G	Q	P	E	P	V	R	M	R	D	G	I	E	V	P	L	P	E	G	H	G	A	A	V	R	F	A	P	S	R	V	F	E	P	G	A	Y	P	S	G	G	A	G	M	Y	G	S	A	D	D	V	L	R	A	L	E
Template Known Secondary structure					T			S		B	S			S		G	G	G	B								S	S	S						T	T							T	T	S		S						G	G	G	G	G		T	T	S				T	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		579	580	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		V	M	A	N	G	G
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		A	I	R	A	N	P
Template Known Secondary structure							S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		290	.	.	.	.	.

No model constructed - rank, confidence too low

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Kelley LA and Sternberg MJE. Nature Protocols 4, 363 - 371 (2009) [pdf] [Import into BibTeX]
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