Job Description P02918 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 10:57:34 GMT 2012 Rank 12 Aligned Residues 304 % Identity 30% Template c3lo7A_ PDB info PDB header:transferase Chain: A: PDB Molecule:penicillin-binding protein a; PDBTitle: crystal structure of pbpa from mycobacterium tuberculosis Resolution 2.05 Å

Show / Hide SS confidence

Show / Hide Conservation and Alignment quality

		273	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.							.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure													.	.	.	.	.	.
Query SS confidence													.	.	.	.	.	.
Query Sequence		Y	N	R	Y	G	E	S	A	Y	E	D	.	.	.	.	.	.	G	Y	R	I	Y	T	T	I	T	R	K	V	Q	Q	A	A	Q	Q	A	V	R	N	N	V	L	D	Y	D	M	R	H	G	Y	R	G	P	A	N	V	L	W	K	V	G	E	S	A	W	D	N	N	K	I	T	D	T	L	K	A	L	P	T	Y
Query Conservation													.	.	.	.	.	.
Alig confidence													.	.	.	.	.	.																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		L	E	R	A	E	D	P	I	L	N	G	S	D	R	R	L	R	G	G	N	V	D	T	T	I	N	P	R	I	Q	Q	A	G	W	D	A	M	Q	Q	G	C	Y	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure						T						T			T	T																									B	T	T	B	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.
		347	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		G	P	L	L	P	A	A	V	T	S	A	N	P	Q	Q	A	T	A	M	L	A	D	G	S	T	V	A	L	S	M	E	G	V	R	W	A	R	P	Y	R	S	D	T	Q	Q	G	P	T	P	R	K	V	T	D	V	L	Q	T	G	Q	Q	I	W	V	R	Q	V	G	D	A	W	W	L	A	Q	V	P	E	V	N
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	P	C	K
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																																																																															157	.	.
		427	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.																									.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.		480	.
Predicted Secondary structure																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																													.
Query SS confidence																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																													.
Query Sequence		S	A	L	V	S	I	N	P	Q	N	G	A	V	M	A	L	V	G	G	F	D	F	N	Q	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	K	F	N	R	A	T	Q	A	L	R	Q	V	G	S	N	I	K	P	F	L	Y	T	A	A	M	D	K	G	.	L	T
Query Conservation																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																													.
Alig confidence																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																													.
Template Conservation
Template Sequence		G	A	V	V	A	L	E	P	S	T	G	K	I	L	A	L	V	S	S	P	S	Y	D	P	N	L	L	A	S	H	N	P	E	V	Q	A	Q	A	W	Q	R	L	G	D	N	P	A	S	P	L	T	N	R	A	I	S	E	T	Y	P	P	G	S	T	F	K	V	I	T	T	A	A	A	L	A	A	G	A	T	E
Template Known Secondary structure									T	T	T		B								S								T		S																T	T		T	T	S		T	T	T	S			B			G	G	G	G											T	T			T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		482	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																																															.	.	.
Query SS confidence																																																																															.	.	.
Query Sequence		L	A	S	M	L	N	D	V	P	I	S	R	W	D	A	S	A	G	S	D	W	Q	P	K	N	S	P	P	Q	Y	A	G	P	I	R	L	R	Q	G	L	G	Q	S	K	N	V	V	M	V	R	A	M	R	A	M	G	V	D	Y	A	A	E	Y	L	Q	R	F	G	F	P	A	Q	N	I	V	H	T	.	.	.
Query Conservation																																																																															.	.	.
Alig confidence									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																												.	.	.
Template Conservation									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		T	E	Q	L	T	A	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	P	T	I	P	L	E	N	Y	P	C	G	D	E	P	T	V	S	L	R	E	A	F	V	K	S	C	N	T	A	F	V	Q	L	G	I	R	T	G	A	D	A	L	R	S	M	A	R	A	F	G	L	D	S	P	P	R	P	T	P	L	Q	V
Template Known Secondary structure		T							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	B				B					S	S	S	S										T	T																								T	T	T	T	S					S	S	S
Template Predicted Secondary structure									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		240	.	.	.	.	.	.												.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.
																		559	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	E	S	L	A	L	G	S	A	S	F	T	P	M	Q	V	A	R	G	Y	A	V	M	A	N	G	G	F	L	V	D	P	W	F	I	S	K	I	E	N	D	Q	G	G	V	I	F	E	A	K	P	K	V	A	C	P	E	C	D	I	P	V	I	Y	G
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		A	E	S	T	V	G	P	I	P	D	S	A	A	L	G	M	T	S	I	G	Q	K	D	V	A	L	T	P	L	A	N	A	E	I	A	A	T	I	A	N	G	G	I	T	M	R	P	Y	L	V	G	S	L	K	G	P	D	L	A	N	I	S	T	T	V	G	Y	Q	Q	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure					B						S								T	T	T		T	T		B	B														T	T	T						B	S							T	T													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		319	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.
		623	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		D	T	Q	K	S	N	V	L	E	N	N	D	V	E	D	V	A	I	S	R	E	Q	Q	N	V	S	V	P	M	P	Q	L	E	Q	A	N	Q	A	L	V	A	K	T	G	A	Q	E	Y	A	P	H	V	I	N	T	P	L	A	F	L	I	K	S	A	L	N	T	N	I	F	G	E	P	G	W	Q	G	T	G	W
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																					.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																					.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	R	R	A	V	S	P	Q	V	A	A	K	L	T	E	L	M	V	G	A	E	.	.	.	.	.	.	K	V	A	Q	Q
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.				S																	.	.	.	.	.	.			S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																					.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																																																			388	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.							.	.	410	.	.
		703	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.	.	.								.	.	.	.	730	.	.					.	.	.	.	.	.	.	740	.	.	.	.	.	.	.	.	.	750	.	.	.	.	.	.	.	.	.	760	.	.	.	.	.	.	.	.	.	770	.
Predicted Secondary structure																									.	.	.	.	.	.	.								.	.	.	.
Query SS confidence																									.	.	.	.	.	.	.								.	.	.	.
Query Sequence		R	A	G	R	D	L	Q	R	R	D	I	G	G	K	T	G	T	T	N	S	S	K	D	.	.	.	.	.	.	.	A	W	F	S	G	Y	G	.	.	.	.	P	G	V	V	T	S	V	W	I	G	F	D	D	H	R	R	N	L	G	H	T	T	A	S	G	A	I	K	D	Q	I	S	G	Y	E	G	G	A	K
Query Conservation																									.	.	.	.	.	.	.								.	.	.	.
Alig confidence				.	.																				.	.	.	.	.	.	.								.	.	.	.												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation				.	.																																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		K	G	.	.	A	I	P	G	V	Q	I	A	S	K	T	G	T	A	E	H	G	T	D	P	R	H	T	P	P	H	A	W	Y	I	A	F	A	P	A	Q	A	P	K	V	A	V	A	V	L	V	E	N	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	A	D	R	L	S	A	T	G	G	A
Template Known Secondary structure		T	T	.	.			T	T													S	S		T	T	T	S											S	T	T	S										T	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.				S	S	S	S	S	S		T
Template Predicted Secondary structure				.	.																																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		413	.			.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.																		.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.
		772	.	.	.	.	.	.	.	780	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		S	A	Q	P	A	W	D	A	Y	M	K	A	V	L	E
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		L	A	A	P	I	G	R	A	V	I	E	A	A	L	Q
Template Known Secondary structure		T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		474	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.