Job Description P02918 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 10:57:34 GMT 2012 Rank 30 Aligned Residues 212 % Identity 20% Template c3if6C_ PDB info PDB header:hydrolase Chain: C: PDB Molecule:oxa-46 oxacillinase; PDBTitle: crystal structure of oxa-46 beta-lactamase from p.2 aeruginosa Resolution 2.40 Å

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		424	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.		.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.
Predicted Secondary structure																																								.
Query SS confidence																																								.
Query Sequence		E	V	N	S	A	L	V	S	I	N	P	Q	N	G	A	V	M	A	L	V	G	G	F	D	F	N	Q	S	K	F	N	R	A	T	Q	A	L	R	.	Q	V	G	S	N	I	K	P	F	L	Y	T	A	A	M	D	K	G	L	T	L	A	S	M	L	N	D	V	P	I	S	R	W	D	A	S	A	G	S	D	W
Query Conservation																																								.
Alig confidence																						.	.	.	.	.	.	.	.	.										.																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																						.	.	.	.	.	.	.	.	.																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		Q	A	E	G	A	I	V	I	A	D	E	R	Q	A	K	H	T	L	S	V	.	.	.	.	.	.	.	.	.	F	D	Q	E	R	A	A	K	R	Y	S	P	A	S	T	F	I	P	H	T	L	F	A	L	D	A	D	A	V	R	D	E	F	Q	V	F	R	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		T											S	S	S	S						.	.	.	.	.	.	.	.	.		S						S		B			G	G	G												T	S			S	S	S			B		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																						.	.	.	.	.	.	.	.	.																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		39	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.										.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.
		503	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		Q	P	K	N	S	P	P	Q	Y	A	G	P	I	R	L	R	Q	G	L	G	Q	S	K	N	V	V	M	V	R	A	M	R	A	M	G	V	D	Y	A	A	E	Y	L	Q	R	F	G	F	P	A	Q	N	I	V	H	T	E	S	L	A	L	G	S	A	S	F	T	P	M	Q	V	A	R	G	Y	A	V	M	A	N
Query Conservation
Alig confidence																																																									.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																									.	.	.	.	.	.
Template Sequence		W	V	N	R	S	F	A	G	H	N	Q	D	Q	D	L	R	S	A	M	R	N	S	T	V	W	V	Y	E	L	F	A	K	D	I	G	E	D	K	A	R	R	Y	L	K	Q	I	D	Y	G	N	D	Y	W	I	D	.	.	.	.	.	.	G	N	L	K	I	S	A	H	E	Q	I	L	F	L	R	K	L	Y	R
Template Known Secondary structure						S	S	T	T	T	S	S		B									T																								T	T					T	T	T	T	.	.	.	.	.	.	S	S			B														T
Template Predicted Secondary structure																																																									.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		97	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.							.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170
		583	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		G	G	F	L	V	D	P	W	F	I	S	K	I	E	N	D	Q	G	G	V	I	F	E	A	K	P	K	V	A	C	P	E	C	D	I	P	V	I	Y	G	D	T	Q	K	S	N	V	L	E	N	N	D	V	E	D	V	A	I	S	R	E	Q	Q	N	V	S	V	P	M	P	Q	L	E	Q	A	N	Q	A	L	V
Query Conservation
Alig confidence				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		N	Q	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		T		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		181	.
		663	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.	.	.	.	.	.	.	730	.					.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																																							.	.	.	.
Query SS confidence																																																																							.	.	.	.
Query Sequence		A	K	T	G	A	Q	E	Y	A	P	H	V	I	N	T	P	L	A	F	L	I	K	S	A	L	N	T	N	I	F	G	E	P	G	W	Q	G	T	G	W	R	A	G	R	D	L	Q	R	R	D	I	G	G	K	T	G	T	T	N	S	S	K	D	A	W	F	S	G	Y	.	.	.	.	G	P	G	V	V	T	S
Query Conservation																																																																							.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.															.	.									.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.															.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	P	F	K	V	E	H	Q	R	L	V	K	D	L	M	I	T	E	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	R	S	W	I	L	R	A	K	T	G	W	E	G	.	.	R	F	G	W	W	V	G	W	I	E	W	P	T	G	P	V	F	F	A
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	S	S												T					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.		S	S											S	.	.	S											T	T
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.															.	.
Template SS confidence
												183	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.																	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.			.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.
		739	740	.	.	.	.	.	.	.	.	.	750	.	.	.	.	.	.	.	.	.	760	.	.	.	.	.	.	.	.	.	770	.	.	.	.	.	.	.	.	.	780	.	.	.	.	.	.	.	.	.	790
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		V	W	I	G	F	D	D	H	R	R	N	L	G	H	T	T	A	S	G	A	I	K	D	Q	I	S	G	Y	E	G	G	A	K	S	A	Q	P	A	W	D	A	Y	M	K	A	V	L	E	G	V	P	E
Query Conservation
Alig confidence					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		L	N	I	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	T	P	N	R	T	D	D	L	F	K	R	E	A	I	A	R	A	I	L	R	S	I	D	A	L	P	P	N
Template Known Secondary structure					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.			T	T	G	G	G	S	T	T													T	T	S	S
Template Predicted Secondary structure					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		235	.	.																					.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.

No model constructed - rank, confidence too low

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Kelley LA and Sternberg MJE. Nature Protocols 4, 363 - 371 (2009) [pdf] [Import into BibTeX]
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