Job Description P02918 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 10:57:34 GMT 2012 Rank 2 Aligned Residues 575 % Identity 32% Template c3fwlA_ PDB info PDB header:transferase, hydrolase Chain: A: PDB Molecule:penicillin-binding protein 1b; PDBTitle: crystal structure of the full-length transglycosylase pbp1b2 from escherichia coli Resolution 3.09 Å

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		39	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.				.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																											.	.	.
Query SS confidence																											.	.	.
Query Sequence		L	K	D	V	R	L	Q	I	P	M	Q	I	Y	S	A	D	G	E	L	I	A	Q	Y	G	E	.	.	.	K	R	R	I	P	V	T	L	D	Q	I	P	P	E	M	V	K	A	F	I	A	T	E	D	S	R	F	Y	E	H	H	G	V	D	P	V	G	I	F	R	A	A	S	V	A	L	F	S	G	H	A	S
Query Conservation																											.	.	.
Alig confidence																											.	.	.																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		I	V	N	X	E	N	N	R	Q	F	G	F	F	R	L	D	P	R	L	I	T	X	I	S	S	P	N	G	E	Q	R	L	F	V	P	R	S	G	F	P	D	L	L	V	D	T	L	L	A	T	E	D	R	H	F	Y	E	H	D	G	I	S	L	Y	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure					T	T	T	T				S	S														T	T	S								G	G	G	S										T	T	S				S	S	S		G	G	G				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		183	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.
		116	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170					.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.
Predicted Secondary structure																																																									.	.	.	.
Query SS confidence																																																									.	.	.	.
Query Sequence		Q	G	A	S	T	I	T	Q	Q	L	A	R	N	F	F	L	S	P	E	R	T	L	M	R	K	I	K	E	V	F	L	A	I	R	I	E	Q	L	L	T	K	D	E	I	L	E	L	Y	L	N	K	I	Y	L	G	.	.	.	.	Y	R	A	Y	G	V	G	A	A	A	Q	V	Y	F	G	K	T	V	D	Q	L
Query Conservation																																																									.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.																																																					.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.
Template Sequence		.	.	.	S	I	L	T	Q	Q	L	V	K	N	L	F	L	S	S	E	R	S	Y	W	R	K	A	N	E	A	Y	X	A	L	I	X	D	A	R	Y	S	K	D	R	I	L	E	L	Y	X	N	E	V	Y	L	G	Q	S	G	D	N	E	I	R	G	F	P	L	A	S	L	Y	Y	F	G	R	P	V	E	E	L
Template Known Secondary structure		.	.	.							T	T							S	S		S	S																T	S		T	T	T						T	T	T						S	S	S	S				S											S		G	G	G
Template Predicted Secondary structure		.	.	.
Template SS confidence
					247	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.
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Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		T	L	N	E	M	A	V	I	A	G	L	P	K	A	P	S	T	F	N	P	L	Y	S	M	D	R	A	V	A	R	R	N	V	V	L	S	R	M	L	D	E	G	Y	I	T	Q	Q	Q	F	D	Q	T	R	T	E	A	I	N	A	N	Y	H	A	P	E	I	A	F	S	A	P	Y	L	S	E	M	V	R	Q	E
Query Conservation
Alig confidence																																																											.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																											.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		S	L	D	Q	Q	A	L	L	V	G	X	V	K	G	A	S	I	Y	N	P	W	R	N	P	K	L	A	L	E	R	R	N	L	V	L	R	L	L	Q	Q	Q	Q	I	I	D	Q	E	L	Y	D	X	L	S	A	R	P	V	.	.	.	.	.	.	.	.	.	I	S	P	Q	P	A	F	X	Q	L	V	R	Q	E
Template Known Secondary structure													T	T							S	S	S	S													S		S	S	S		S		S	S	S	T	T	S									.	.	.	.	.	.	.	.	.		S	S
Template Predicted Secondary structure																																																											.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		343	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.										400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.
		272	.	.	.	.	.		.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350
Predicted Secondary structure								.
Query SS confidence								.
Query Sequence		M	Y	N	R	Y	G	.	E	S	A	Y	E	D	G	Y	R	I	Y	T	T	I	T	R	K	V	Q	Q	A	A	Q	Q	A	V	R	N	N	V	L	D	Y	D	M	R	H	G	Y	R	G	P	A	N	V	L	W	K	V	G	E	S	A	W	D	N	N	K	I	T	D	T	L	K	A	L	P	T	Y	G	P	L	L
Query Conservation								.
Alig confidence								.																																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		L	Q	A	K	L	G	D	K	V	K	D	L	S	G	V	K	I	F	T	T	F	D	S	V	A	Q	D	A	A	E	K	A	A	V	E	G	I	P	A	L	K	K	Q	R	K	L	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure								S	T	T	T	T		S	S																																	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		422	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.
		351	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		P	A	A	V	T	S	A	N	P	Q	Q	A	T	A	M	L	A	D	G	S	T	V	A	L	S	M	E	G	V	R	W	A	R	P	Y	R	S	D	T	Q	Q	G	P	T	P	R	K	V	T	D	V	L	Q	T	G	Q	Q	I	W	V	R	Q	V	G	D	A	W	W	L	A	Q	V	P	E	V	N	S	A	L	V
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	L	E	T	A	I	V
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																																																																											469	470	.	.	.	.	.
		431	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.			480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																			.	.
Query SS confidence																																																			.	.
Query Sequence		S	I	N	P	Q	N	G	A	V	M	A	L	V	G	G	F	D	F	N	Q	S	K	F	N	R	A	T	Q	A	L	R	Q	V	G	S	N	I	K	P	F	L	Y	T	A	A	M	D	K	G	.	.	L	T	L	A	S	M	L	N	D	V	P	I	S	R	W	D	A	S	A	G	S	D	W	Q	P	K	N	S	P
Query Conservation																																																			.	.
Alig confidence																																																			.	.																				.
Template Conservation																																																																								.
Template Sequence		V	V	D	R	F	S	G	E	V	R	A	X	V	G	G	S	E	P	Q	F	A	G	Y	N	R	A	X	Q	A	R	R	S	I	G	S	L	A	K	P	A	T	Y	L	T	A	L	S	Q	P	K	I	Y	R	L	N	T	W	I	A	D	A	P	I	A	L	R	Q	P	N	G	.	Q	V	W	S	P	Q	N	D	D
Template Known Secondary structure					T	T	T		B							S	S	S	S	T	T		S	S		T	T	T	S						G	G	G	G										T	S		S	S			T	T													S	S	S	.								T	T
Template Predicted Secondary structure																																																																								.
Template SS confidence
		476	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.		.	.	.	.	550	.	.	.	.
		509	510	.			.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure					.	.
Query SS confidence					.	.
Query Sequence		P	Q	Y	.	.	A	G	P	I	R	L	R	Q	G	L	G	Q	S	K	N	V	V	M	V	R	A	M	R	A	M	G	V	D	Y	A	A	E	Y	L	Q	R	F	G	F	P	A	Q	N	I	V	H	T	E	S	L	A	L	G	S	A	S	F	T	P	M	Q	V	A	R	G	Y	A	V	M	A	N	G	G	F	L
Query Conservation					.	.
Alig confidence					.	.
Template Conservation
Template Sequence		R	R	Y	S	E	S	G	R	V	X	L	V	D	A	L	T	R	S	X	N	V	P	T	V	N	L	G	X	A	L	G	L	P	A	V	T	E	T	W	I	K	L	G	V	P	K	D	Q	L	H	P	V	P	A	X	L	L	G	A	L	N	L	T	P	I	E	V	A	Q	A	F	Q	T	I	A	S	G	G	N	R
Template Known Secondary structure						T	T	S										T	T		S																							T			G	G	G				S	T					T																		T	T	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		555	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.
		587	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		V	D	P	W	F	I	S	K	I	E	N	D	Q	G	G	V	I	F	E	A	K	P	K	V	A	C	P	E	C	D	I	P	V	I	Y	G	D	T	Q	K	S	N	V	L	E	N	N	D	V	E	D	V	A	I	S	R	E	Q	Q	N	V	S	V	P	M	P	Q	L	E	Q	A	N	Q	A	L	V	A	K	T	G
Query Conservation
Alig confidence																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		A	P	L	S	A	L	R	S	V	I	A	E	D	G	K	V	L	Y	Q	S	F	P	Q	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure					B	S							S	S	S										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		635	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.
		667	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.	.	.	.	.	.	.	730	.	.	.	.	.	.	.	.	.	740	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		A	Q	E	Y	A	P	H	V	I	N	T	P	L	A	F	L	I	K	S	A	L	N	T	N	I	F	G	E	P	G	W	Q	G	T	G	W	R	A	G	R	D	L	Q	R	R	D	I	G	G	K	T	G	T	T	N	S	S	K	D	A	W	F	S	G	Y	G	P	G	V	V	T	S	V	W	I	G	F	D	D	H
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.																						.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.																						.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	A	E	R	A	V	P	A	Q	A	A	Y	L	T	L	W	T	X	Q	Q	V	V	.	.	.	.	.	Q	R	G	T	G	R	Q	L	G	A	K	Y	P	N	L	H	L	A	G	K	T	G	T	T	N	N	N	V	D	T	W	F	A	G	I	D	G	S	T	V	T	I	T	W	V	G	R	D	N	N
Template Known Secondary structure		.	.	.	.					S																	.	.	.	.	.		T	S	T	T								T	T	S										G	G	G	S									S	S										T	T
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.																						.	.	.	.	.
Template SS confidence
						658	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.						.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.	.	.	.	.	.
		747	.	.	750	.	.	.	.	.	.	.	.	.	760	.	.	.	.	.	.	.	.	.	770	.	.	.	.	.	.	.	.	.	780	.	.	.	.	.	.	.	.	.	790	.	.	.	.	.	.	.	.	.	800	.	.	.	.	.	.	.	.	.	810	.	.	.	.	.	.	.	.	.	820	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		R	R	N	L	G	H	T	T	A	S	G	A	I	K	D	Q	I	S	G	Y	E	G	G	A	K	S	A	Q	P	A	W	D	A	Y	M	K	A	V	L	E	G	V	P	E	Q	P	L	T	P	P	P	G	I	V	T	V	N	I	D	R	S	T	G	Q	L	A	N	G	G	N	S	R	E	E	Y	F	I	E	G	T
Query Conservation
Alig confidence					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																				.	.																															.	.
Template Conservation					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																				.	.																															.	.
Template Sequence		Q	P	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	K	L	Y	G	A	S	G	A	X	S	I	Y	Q	R	Y	L	A	N	Q	.	.	T	P	T	P	L	N	L	V	P	P	E	D	I	A	D	X	G	V	D	Y	D	G	N	F	V	C	S	G	G	X	.	.	R	I	L	P	V	W	T	S
Template Known Secondary structure					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.				T	T														S	.	.											T	T								S	S					S	S			S	.	.								S
Template Predicted Secondary structure					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																				.	.																															.	.
Template SS confidence
		729	730	.																	.	.	.	.	.	.	.	.	740	.	.	.	.	.	.	.	.	.	750			.	.	.	.	.	.	.	.	.	760	.	.	.	.	.	.	.	.	.	770	.	.	.	.	.	.	.	.	.	780			.	.	.	.	.	.	.	.
		827	.	.	830	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		Q	P	T	Q	Q	A	V	H
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		D	P	Q	S	L	C	Q	Q
Template Known Secondary structure			T	T					T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		789	790	.	.	.	.	.	.