Job Description P02918 Confidence 98.91% Date Thu Jan 5 10:57:34 GMT 2012 Rank 66 Aligned Residues 220 % Identity 18% Template c3cjmA_ PDB info PDB header:hydrolase Chain: A: PDB Molecule:putative beta-lactamase; PDBTitle: crystal structure of putative beta-lactamase (np_815223.1) from2 enterococcus faecalis v583 at 1.50 a resolution Resolution 1.50 Å

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		428	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.				.	.	.		480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																			.	.	.				.
Query SS confidence																																																			.	.	.				.
Query Sequence		A	L	V	S	I	N	P	Q	N	G	A	V	M	A	L	V	G	G	F	D	F	N	Q	S	K	F	N	R	A	T	Q	A	L	R	Q	V	G	S	N	I	K	P	F	L	Y	T	A	A	M	.	.	.	D	K	G	.	L	T	L	A	S	M	L	N	D	V	P	I	S	R	W	D	A	S	A	G	S	D	W	Q
Query Conservation																																																			.	.	.				.
Alig confidence														.						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																				.	.	.				.																							.	.
Template Conservation														.						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																	.	.
Template Sequence		G	I	S	Y	L	D	L	E	T	G	E	Q	.	R	S	V	N	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Q	H	E	F	Y	T	A	S	T	I	K	V	P	L	T	X	L	V	A	D	T	V	A	S	G	Q	K	K	W	T	D	L	I	P	Y	N	A	E	E	D	Y	E	E	G	T	G	I	I	.	.
Template Known Secondary structure								T	T	T				.				S	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T						G	G	G	G														T	T	S			T	T														S	S		S	G	.	.
Template Predicted Secondary structure														.						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																	.	.
Template SS confidence
		84	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.		.	.	.	.	100													.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.
		504	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.					.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540		.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																						.	.	.	.																		.
Query SS confidence																						.	.	.	.																		.
Query Sequence		P	K	N	S	P	P	Q	Y	A	G	P	I	R	L	R	Q	G	L	G	Q	.	.	.	.	S	K	N	V	V	M	V	R	A	M	R	A	M	G	V	D	Y	.	A	A	E	Y	L	Q	R	F	G	F	P	A	Q	N	I	V	H	T	E	S	L	A	L	G	S	A	S	F	T	P	M	Q	V	A	R	G	Y	A
Query Conservation																						.	.	.	.																		.
Alig confidence		.	.	.	.																	.	.	.	.																		.																			.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.																																																									.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	A	Y	N	I	Q	P	E	Y	P	L	K	T	L	Q	E	Y	A	I	T	Y	S	D	N	I	A	K	N	X	L	Y	D	T	L	G	G	D	A	K	A	K	R	E	X	Y	Q	R	Y	L	H	K	T	P	S	I	E	E	.	.	.	.	.	.	.	P	Q	F	S	S	E	D	A	L	V	I	L	Q
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	G	G	S			S														T													T	T														T	S					S	S	S	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.																																																									.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
						149	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.								.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.
		579	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		V	M	A	N	G	G	F	L	V	D	P	W	F	I	S	K	I	E	N	D	Q	G	G	V	I	F	E	A	K	P	K	V	A	C	P	E	C	D	I	P	V	I	Y	G	D	T	Q	K	S	N	V	L	E	N	N	D	V	E	D	V	A	I	S	R	E	Q	Q	N	V	S	V	P	M	P	Q	L	E	Q	A	N
Query Conservation
Alig confidence							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		K	L	Y	T	E	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		218	.	220	.	.
		659	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.	.		.	.	.	.	.	730	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																																				.
Query SS confidence																																																																				.
Query Sequence		Q	A	L	V	A	K	T	G	A	Q	E	Y	A	P	H	V	I	N	T	P	L	A	F	L	I	K	S	A	L	N	T	N	I	F	G	E	P	G	W	Q	G	T	G	W	R	A	G	R	D	L	Q	R	R	D	I	G	G	K	T	G	T	T	N	S	S	K	.	D	A	W	F	S	G	Y	G	P	G	V	V	T
Query Conservation																																																																				.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																				.	.	.	.	.	.	.	.	.																									.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																				.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	K	A	T	K	P	D	Y	Q	A	I	Y	D	S	X	K	Q	S	V	F	.	.	.	.	.	.	.	.	.	H	E	R	X	E	T	P	T	T	Q	G	K	V	A	H	K	I	G	S	Y	D	E	F	I	H	D	X	G	I	L	E	T	P	H	P	F	A	L
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	T	T													S		S		.	.	.	.	.	.	.	.	.			T	T			T	T	T	T	T	S									T	T										S	S	S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																				.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																223	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.										.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		738	.	740	.	.	.	.	.	.	.	.	.	750	.	.	.	.	.	.	.	.	.	760	.	.	.	.	.	.	.	.	.	770	.	.	.	.	.	.	.	.	.	780	.	.	.	.	.	.	.	.	.	790	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		S	V	W	I	G	F	D	D	H	R	R	N	L	G	H	T	T	A	S	G	A	I	K	D	Q	I	S	G	Y	E	G	G	A	K	S	A	Q	P	A	W	D	A	Y	M	K	A	V	L	E	G	V	P	E	Q
Query Conservation
Alig confidence												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		A	I	F	T	K	G	P	D	N	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	K	S	A	A	F	I	A	S	V	T	D	K	L	W	Q	L	Q	V	S	E	Y	P	N	Q
Template Known Secondary structure								S				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																				S
Template Predicted Secondary structure												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		280	.	.	.	.	.	.	.	.	.																					290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.

No model constructed - rank, confidence too low

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Kelley LA and Sternberg MJE. Nature Protocols 4, 363 - 371 (2009) [pdf] [Import into BibTeX]
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