Job Description P02918 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 10:57:34 GMT 2012 Rank 9 Aligned Residues 523 % Identity 18% Template c2wadB_ PDB info PDB header:peptide binding protein Chain: B: PDB Molecule:penicillin-binding protein 2b; PDBTitle: penicillin-binding protein 2b (pbp-2b) from streptococcus2 pneumoniae (strain 5204) Resolution 2.18 Å

Show / Hide SS confidence

Show / Hide Conservation and Alignment quality

		49	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.														.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		Q	I	Y	S	A	D	G	E	L	I	A	Q	Y	G	E	K	R	R	I	P	V	T	L	D	Q	I	P	P	E	M	V	K	A	F	I	A	T	E	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	S	R	F	Y	E	H	H	G	V	D	P	V	G	I	F	R	A	A	S	V	A	L	F	S	G	H	A	S
Query Conservation																																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		E	I	Y	D	A	S	G	K	P	L	V	E	N	T	L	K	Q	V	V	S	F	T	R	S	N	K	M	T	A	T	D	L	K	E	I	A	K	K	L	L	T	Y	V	S	I	S	S	P	N	L	T	E	R	Q	L	A	D	Y	Y	L	A	D	P	E	I	Y	K	K	T	V	E	A	L	P	S	E	S	E	L	Y
Template Known Secondary structure						T	T	S		B	S															T	T															T	T																			T	S									S	S	S					S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		62	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.
		116	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.							.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		Q	G	A	S	T	I	T	Q	Q	L	A	R	N	F	F	L	S	P	E	R	T	L	M	R	K	I	K	E	V	F	L	.	.	.	.	.	.	A	I	R	I	E	Q	L	L	T	K	D	E	I	L	E	L	Y	L	N	K	I	Y	L	G	Y	R	A	Y	G	V	G	A	A	A	Q	V	Y	F	G	K	T	V	D
Query Conservation																																	.	.	.	.	.	.
Alig confidence														.																			.	.	.	.	.	.																								.																			.
Template Conservation														.																																																.																			.
Template Sequence		N	N	A	V	D	S	V	P	T	S	Q	L	.	N	Y	T	E	D	E	K	K	E	I	Y	L	F	S	Q	L	N	A	V	G	N	F	A	T	G	T	I	A	T	D	P	L	N	D	S	Q	V	A	V	I	A	S	I	S	K	E	M	.	P	G	I	S	I	S	T	S	W	D	R	K	I	L	E	T	S	L	.
Template Known Secondary structure							T	S	S		S			.				T	T													T	S		T	T								S				T	T									G	G	G	S	.	T	T													S	S	T	T	.
Template Predicted Secondary structure														.																																																.																			.
Template SS confidence
		154	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.		.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.		.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230
		190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		Q	L	T	L	N	E	M	A	V	I	A	G	L	P	K	A	P	S	T	F	N	P	L	Y	S	M	D	R	A	V	A	R	R	N	V	V	L	S	R	M	L	D	E	G	Y	I	T	Q	Q	Q	F	D	Q	T	R	T	E	A	I	N	A	N	Y	H	A	P	E	I	A	F	S	A	P	Y	L	S	E	M	V	R
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.																																							.	.																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.																																							.	.																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	S	S	I	V	G	S	V	S	S	E	K	A	G	L	P	A	E	E	A	E	S	Y	L	K	K	G	Y	S	L	N	D	R	V	G	T	S	Y	L	.	.	E	K	Q	Y	E	E	V	L	Q	G	K	R	P	V	K	E	I	H	L	D	K	H	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.							B			T	T	T		S		G	G	G								T			S	S				B		S			.	.				T					S		B										S	S	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.																																							.	.																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
									231	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.			.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.
		270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		Q	E	M	Y	N	R	Y	G	E	S	A	Y	E	D	G	Y	R	I	Y	T	T	I	T	R	K	V	Q	Q	A	A	Q	Q	A	V	R	N	N	V	L	D	Y	D	M	R	H	G	Y	R	G	P	A	N	V	L	W	K	V	G	E	S	A	W	D	N	N	K	I	T	D	T	L	K	A	L	P	T	Y	G	P	L
Query Conservation
Alig confidence		.																																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.																																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	D	M	E	S	V	E	N	I	E	E	G	S	K	G	K	N	I	K	L	T	I	D	L	A	F	Q	D	S	V	D	A	L	L	K	S	Y	F	N	S	E	L	G	N	G	G	A	K	Y	S	E	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		.												B								S																								S	T	T	T	T			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.																																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
			292	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.
		350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		L	P	A	A	V	T	S	A	N	P	Q	Q	A	T	A	M	L	A	D	G	S	T	V	A	L	S	M	E	G	V	R	W	A	R	P	Y	R	S	D	T	Q	Q	G	P	T	P	R	K	V	T	D	V	L	Q	T	G	Q	Q	I	W	V	R	Q	V	G	D	A	W	W	L	A	Q	V	P	E	V	N	S	A	L
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	V	Y	A
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																																																																														342	.	.	.
		430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.						.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.		480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.
Predicted Secondary structure																									.	.	.	.	.																												.
Query SS confidence																									.	.	.	.	.																												.
Query Sequence		V	S	I	N	P	Q	N	G	A	V	M	A	L	V	G	G	F	D	F	N	Q	S	K	.	.	.	.	.	F	N	R	A	T	Q	A	L	R	Q	V	G	S	N	I	K	P	F	L	Y	T	A	A	M	D	K	G	.	L	T	L	A	S	M	L	N	D	V	P	I	S	R	W	D	A	S	A	G	S	D	W	Q
Query Conservation																									.	.	.	.	.																												.
Alig confidence																									.	.	.	.	.																												.																								.
Template Conservation																																																																																	.
Template Sequence		V	A	L	N	P	Q	T	G	A	V	L	S	M	S	G	L	K	H	D	L	K	T	G	E	L	T	P	D	S	L	G	T	V	T	N	V	F	V	P	G	S	V	V	K	A	A	T	I	S	S	G	W	E	N	G	V	L	S	G	N	Q	T	L	T	D	Q	P	I	V	F	Q	G	S	A	P	I	Y	S	W	.
Template Known Secondary structure						T	T	T		B											T	T	T							T	T							B			G	G	G	G											T	T	S			S	S								B		B	T	T	S			B			T	.
Template Predicted Secondary structure																																																																																	.
Template SS confidence
		346	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.
		504	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.																			.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																						.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																						.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		P	K	N	S	P	P	Q	Y	A	G	P	I	R	L	R	Q	G	L	G	Q	S	K	N	V	V	M	V	R	A	M	R	A	M	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	V	D	Y	A	A	E	Y	L	Q	R	F	G	F	P	A	Q	N	I	V	H	T	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																						.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																						.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.
Template Sequence		.	.	Y	K	L	A	Y	G	S	F	P	I	T	A	V	E	A	L	E	Y	S	S	N	A	Y	V	V	Q	T	A	L	G	I	M	G	Q	T	Y	Q	P	N	M	F	V	G	T	S	N	L	E	S	A	M	G	K	L	R	S	T	F	G	E	Y	G	L	G	S	A	T	G	I	D	L	P	D	E	S	T	G	L
Template Known Secondary structure		.	.	T	T	T	T	T		S												T													T	T					T	T	B					T	T														T	T	T	T	T	S					S	S	S						B
Template Predicted Secondary structure		.	.
Template SS confidence
				425	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.
												559	560	.	.	.	.	.	.	.		.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.						600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.										.																																	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.										.																																	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	E	S	L	A	L	G	S	A	S	.	F	T	P	M	Q	V	A	R	G	Y	A	V	M	A	N	G	G	F	L	V	D	P	W	F	I	S	K	I	E	N	D	Q	.	.	.	.	.	G	G	V	I	F	E	A	K	P	K	V	A	C	P	E	C	D	I	P	V	I	Y	G
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.										.																																	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.										.																																	.	.	.	.	.													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		V	P	K	E	Y	N	F	A	N	F	I	T	N	A	F	G	Q	F	D	N	Y	T	P	M	Q	L	A	Q	Y	V	A	T	I	A	N	N	G	V	R	L	A	P	H	I	V	E	G	I	Y	D	N	N	D	K	G	G	L	G	E	L	I	Q	A	I	D	T	K	E	I	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure				S	S										T	T	T	S	S	S	B	B														T	T	T						B	S									T	T	S	S														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		503	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.
		623	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		D	T	Q	K	S	N	V	L	E	N	N	D	V	E	D	V	A	I	S	R	E	Q	Q	N	V	S	V	P	M	P	Q	L	E	Q	A	N	Q	A	L	V	A	K	T	G	A	Q	E	Y	A	P	H	V	I	N	T	P	L	A	F	L	I	K	S	A	L	N	T	N	I	F	G	E	P	G	W	Q	G	T	G	W
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																										.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																										.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	N	K	V	N	I	S	E	S	D	M	A	I	L	H	Q	G	F	Y	Q	V	S	H	G	T	S	.	P	L	T	T	G	R
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.				S	S																				S	.	T	T				G
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																										.
Template SS confidence
																																																		572	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.		.	.	.	600	.	.
		703	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.	.	.	.	.	.	.	730	.	.	.					.	.	.	.	.	.	740	.	.	.	.	.	.	.	.	.	750	.	.	.	.	.	.	.	.	.	760	.	.	.	.	.	.	.	.	.	770	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																	.	.	.	.
Query SS confidence																																	.	.	.	.
Query Sequence		R	A	G	R	D	L	Q	R	R	D	I	G	G	K	T	G	T	T	N	S	S	K	D	A	W	F	S	G	Y	G	P	.	.	.	.	G	V	V	T	S	V	W	I	G	F	D	D	H	R	R	N	L	G	H	T	T	A	S	G	A	I	K	D	Q	I	S	G	Y	E	G	G	A	K	S	A	Q	P	A	W	D
Query Conservation																																	.	.	.	.
Alig confidence					.															.	.	.	.	.									.	.	.	.														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation					.															.	.	.	.	.																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		A	F	S	.	D	G	A	T	V	S	I	S	G	K	T	G	T	N	.	.	.	.	.	T	N	A	V	A	Y	A	P	T	E	N	P	Q	I	A	V	A	V	V	F	P	H	N	T	N	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	T	K	N	V	G	P	A	I	A	R
Template Known Secondary structure		G	G	T	.	T	T		S	S										.	.	.	.	.								S	T	T	S										T	T				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	S
Template Predicted Secondary structure					.															.	.	.	.	.																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		603	.	.		.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.						620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.																						.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.
		779	780	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		A	Y	M	K	A	V	L	E	G	V	P
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		D	I	I	N	L	Y	N	Q	H	H	P
Template Known Secondary structure											S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		668	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.