Job Description P02918 Confidence 89.54% Date Thu Jan 5 10:57:34 GMT 2012 Rank 95 Aligned Residues 163 % Identity 23% Template c2qz6A_ PDB info PDB header:hydrolase Chain: A: PDB Molecule:beta-lactamase; PDBTitle: first crystal structure of a psychrophile class c beta-2 lactamase Resolution 2.26 Å

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		294	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		K	V	Q	Q	A	A	Q	Q	A	V	R	N	N	V	L	D	Y	D	M	R	H	G	Y	R	G	P	A	N	V	L	W	K	V	G	E	S	A	W	D	N	N	K	I	T	D	T	L	K	A	L	P	T	Y	G	P	L	L	P	A	A	V	T	S	A	N	P	Q	Q	A	T	A	M	L	A	D	G	S	T	V	A
Query Conservation
Alig confidence																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		D	I	R	Q	V	V	D	S	T	V	E	P	L	M	Q	Q	Q	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure																		T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		7	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.
		374	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		L	S	M	E	G	V	R	W	A	R	P	Y	R	S	D	T	Q	Q	G	P	T	P	R	K	V	T	D	V	L	Q	T	G	Q	Q	I	W	V	R	Q	V	G	D	A	W	W	L	A	Q	V	P	E	V	N	S	A	L	V	S	I	N	P	Q	N	G	A	V	M	A	L	V	G	G	F	D	F	N	Q	S	K	F
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.											.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.											.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	I	A	G	L	S	V	A	V	I	.	Q	N	G	K	A	Q	Y	F	N	Y	G	V	A	N	K	D	S	K	Q
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T		S								.		T	T									B	S		T	T	T
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.											.
Template SS confidence
																																																				24	.	.	.	.	.	30	.	.	.		.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.
		454	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.				.	.	.		480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																									.	.	.				.																																															.	.	.	.
Query SS confidence																									.	.	.				.																																															.	.	.	.
Query Sequence		N	R	A	T	Q	A	L	R	Q	V	G	S	N	I	K	P	F	L	Y	T	A	A	M	.	.	.	D	K	G	.	L	T	L	A	S	M	L	N	D	V	P	I	S	R	W	D	A	S	A	G	S	D	W	Q	P	K	N	S	P	P	Q	Y	A	G	P	I	R	L	R	Q	G	L	G	Q	S	K	.	.	.	.
Query Conservation																									.	.	.				.																																															.	.	.	.
Alig confidence																									.	.	.				.										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.				.																					.	.	.	.
Template Conservation																																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.				.
Template Sequence		P	I	T	E	N	T	L	F	E	I	G	S	V	S	K	T	F	T	A	T	L	A	G	Y	A	L	A	N	G	K	L	K	L	S	D	P	A	S	Q	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Y	L	P	.	A	L	R	G	D	K	F	D	H	I	S	L	L	N	L	G	T	Y	T	A	G	G	L	P
Template Known Secondary structure		B			T	T		B				G	G	G															T	T	S			T	T	S	B	G	G	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G		G	.	G	G	T	T	S	G	G	G	S	S	B						T	T		S	S
Template Predicted Secondary structure																																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.				.
Template SS confidence
		53	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.														.	.	.		.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.
																														526	.	.	.	530	.	.	.				.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.						.	.	550
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.									.	.	.															.	.	.	.	.				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.									.	.	.															.	.	.	.	.				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	N	V	V	M	V	R	A	M	.	.	.	R	A	M	G	V	D	Y	A	A	E	Y	L	Q	R	.	.	.	.	.	F	G	F	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.									.	.	.															.	.	.	.	.				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.									.	.	.															.	.	.	.	.				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		L	Q	F	P	T	G	K	M	I	S	Y	Y	Q	H	W	K	P	A	F	A	P	G	T	Q	R	L	Y	S	N	P	S	I	G	L	F	G	H	L	A	A	Q	S	L	G	Q	P	F	E	K	L	M	E	Q	T	V	L	P	K	L	G	L	K	H	T	F	I	S	V	P	E	T	Q	M	S	L	Y	A	Q	G	Y
Template Known Secondary structure		S	S																S	S		T	T	T																			T	T	T	S									T	T	T	G	G	G	T		S	S			S	S			G	G	G	G	G	G	B				B
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		119	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.
							551	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	P	A	Q	N	I	V	H	T	E	S	L	A	L	G	S	A	S	F	T	P	M	Q	V	A	R	G	Y	A	V	M	A	N	G	G
Query Conservation		.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		D	K	A	G	K	P	V	R	V	S	P	G	A	L	D	A	E	A	Y	G	I	K	T	S	T	S	D	L	I	H	Y	V	E	V	N	M	H	P	A
Template Known Secondary structure			T	T	S		B							T	T					T																			G	G
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		204	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.

No model constructed - rank, confidence too low

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Kelley LA and Sternberg MJE. Nature Protocols 4, 363 - 371 (2009) [pdf] [Import into BibTeX]
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