Job Description P02918 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 10:57:34 GMT 2012 Rank 26 Aligned Residues 230 % Identity 19% Template c2iwdA_ PDB info PDB header:antibiotic resistance Chain: A: PDB Molecule:methicillin resistance mecr1 protein; PDBTitle: oxacilloyl-acylated mecr1 extracellular antibiotic-sensor2 domain. Resolution 2.4 Å

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		407	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.		480	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																																											.
Query SS confidence																																																																											.
Query Sequence		Q	I	W	V	R	Q	V	G	D	A	W	W	L	A	Q	V	P	E	V	N	S	A	L	V	S	I	N	P	Q	N	G	A	V	M	A	L	V	G	G	F	D	F	N	Q	S	K	F	N	R	A	T	Q	A	L	R	Q	V	G	S	N	I	K	P	F	L	Y	T	A	A	M	D	K	G	.	L	T	L	A	S	M
Query Conservation																																																																											.
Alig confidence																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																												.
Template Conservation																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		E	T	N	V	S	Y	K	K	L	N	Q	L	A	P	Y	F	K	G	F	D	G	S	F	V	L	Y	N	E	R	E	Q	A	Y	S	I	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Y	N	E	P	E	S	K	Q	R	Y	S	P	N	T	Y	K	I	Y	L	A	L	M	A	F	D	Q	N	L	L	S	L	N	H	T
Template Known Secondary structure											G	G	G	G	G	G	G	T	T	S									T	T	T	T					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.		S						B							T											T	T	S	S	B	T	T	B
Template Predicted Secondary structure																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		343	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.												.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.
		486	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.		.	.	.	560	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																																									.
Query SS confidence																																																																									.
Query Sequence		L	N	D	V	P	I	S	R	W	D	A	S	A	G	S	D	W	Q	P	K	N	S	P	P	Q	Y	A	G	P	I	R	L	R	Q	G	L	G	Q	S	K	N	V	V	M	V	R	A	M	R	A	M	G	V	D	Y	A	A	E	Y	L	Q	R	F	G	F	P	A	Q	N	I	V	.	H	T	E	S	L	A	L	G
Query Conservation																																																																									.
Alig confidence										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																				.
Template Conservation										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		E	Q	Q	W	D	K	H	Q	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Y	P	F	K	E	W	N	Q	D	Q	N	L	N	S	S	M	K	Y	S	V	N	W	Y	Y	E	N	L	N	K	H	L	R	Q	D	E	V	K	S	Y	L	D	L	I	E	Y	G	N	E	E	I	S	G	N	E	N	Y	W	N	E	S
Template Known Secondary structure			B							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.		S	S	G	G	G	S	S		B								T	T												S													T		T	T					S		T	T	T	T	S	S	S
Template Predicted Secondary structure										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		413	.	.	.	.	.	.	420													.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480
		565	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		S	A	S	F	T	P	M	Q	V	A	R	G	Y	A	V	M	A	N	G	G	F	L	V	D	P	W	F	I	S	K	I	E	N	D	Q	G	G	V	I	F	E	A	K	P	K	V	A	C	P	E	C	D	I	P	V	I	Y	G	D	T	Q	K	S	N	V	L	E	N	N	D	V	E	D	V	A	I	S	R	E	Q
Query Conservation
Alig confidence																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		S	L	K	I	S	A	I	E	Q	V	N	L	L	K	N	M	K	Q	H	N	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		S																	T	T		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		481	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500
		645	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.
Predicted Secondary structure																																																																															.	.	.
Query SS confidence																																																																															.	.	.
Query Sequence		Q	N	V	S	V	P	M	P	Q	L	E	Q	A	N	Q	A	L	V	A	K	T	G	A	Q	E	Y	A	P	H	V	I	N	T	P	L	A	F	L	I	K	S	A	L	N	T	N	I	F	G	E	P	G	W	Q	G	T	G	W	R	A	G	R	D	L	Q	R	R	D	I	G	G	K	T	G	T	T	N	.	.	.
Query Conservation																																																																															.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.															.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	M	H	F	D	N	K	A	I	E	K	V	E	N	S	M	T	L	K	Q	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	K	D	T	Y	K	Y	V	G	K	T	G	T	G	I	V	N	H
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	S	S												T					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.		S	S													T	T
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																														501	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.																	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.
		722	.	.	.	.	.	.	.	730	.					.	.	.	.	.	.	.	.	740	.	.	.	.	.	.	.	.	.	750	.	.	.	.	.	.	.	.	.	760	.	.	.	.	.	.	.	.	.	770	.	.	.	.	.	.	.	.	.	780	.	.	.	.
Predicted Secondary structure												.	.	.	.
Query SS confidence												.	.	.	.
Query Sequence		S	S	K	D	A	W	F	S	G	Y	.	.	.	.	G	P	G	V	V	T	S	V	W	I	G	F	D	D	H	R	R	N	L	G	H	T	T	A	S	G	A	I	K	D	Q	I	S	G	Y	E	G	G	A	K	S	A	Q	P	A	W	D	A	Y	M	K	A	V
Query Conservation												.	.	.	.
Alig confidence												.	.	.	.																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		K	E	A	N	G	W	F	V	G	Y	V	E	T	K	D	N	T	Y	Y	F	A	T	H	L	K	G	E	D	N	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	N	G	E	K	A	Q	Q	I	S	E	R	I	L	K	E	M
Template Known Secondary structure															S	S												S	S		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	B	S															T
Template Predicted Secondary structure																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		537	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.																						.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.

No model constructed - rank, confidence too low

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Kelley LA and Sternberg MJE. Nature Protocols 4, 363 - 371 (2009) [pdf] [Import into BibTeX]
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