Job Description P02918 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 10:57:34 GMT 2012 Rank 6 Aligned Residues 405 % Identity 26% Template c2bg1A_ PDB info PDB header:peptidoglycan Chain: A: PDB Molecule:penicillin-binding protein 1b; PDBTitle: active site restructuring regulates ligand recognition in2 classa penicillin-binding proteins (pbps) Resolution 1.9 Å

Show / Hide SS confidence

Show / Hide Conservation and Alignment quality

		211	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		P	L	Y	S	M	D	R	A	V	A	R	R	N	V	V	L	S	R	M	L	D	E	G	Y	I	T	Q	Q	Q	F	D	Q	T	R	T	E	A	I	N	A	N	Y	H	A	P	E	I	A	F	S	A	P	Y	L	S	E	M	V	R	Q	E	M	Y	N	R	Y	G	E	S	A	Y	E	D	G	Y	R	I	Y	T	T
Query Conservation
Alig confidence																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		D	Y	L	Y	F	T	T	L	A	E	A	Q	E	R	M	Y	D	Y	L	A	Q	R	D	N	V	S	A	K	E	L	K	N	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	E	A	T	Q	K	F	Y	R	D	L	A	A	K	E	I	E	N	G	G	Y	K	I	T	T	T
Template Known Secondary structure																								T	T			T	T	T	T	S		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																	T	S
Template Predicted Secondary structure																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		337	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.																								.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.
		291	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		I	T	R	K	V	Q	Q	A	A	Q	Q	A	V	R	N	N	V	L	D	Y	D	M	R	H	G	Y	R	G	P	A	N	V	L	W	K	V	G	E	S	A	W	D	N	N	K	I	T	D	T	L	K	A	L	P	T	Y	G	P	L	L	P	A	A	V	T	S	A	N	P	Q	Q	A	T	A	M	L	A	D	G	S
Query Conservation
Alig confidence																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		I	D	Q	K	I	H	S	A	M	Q	S	A	V	A	D	Y	G	Y	L	L	D	D	G	T	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure																		G	G	G	G			S	S	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		394	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.
		371	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		T	V	A	L	S	M	E	G	V	R	W	A	R	P	Y	R	S	D	T	Q	Q	G	P	T	P	R	K	V	T	D	V	L	Q	T	G	Q	Q	I	W	V	R	Q	V	G	D	A	W	W	L	A	Q	V	P	E	V	N	S	A	L	V	S	I	N	P	Q	N	G	A	V	M	A	L	V	G	G	F	D	F	N	Q
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	R	V	E	V	G	N	V	L	M	D	N	Q	T	G	A	I	L	G	F	V	G	G	R	N	Y	Q	E
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S										T	T	T		B								S		T	T	T
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																																																							419	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.
		451	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.		.	.	.	.	.	.	.	.		480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.		.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																							.									.																												.
Query SS confidence																							.									.																												.
Query Sequence		S	K	F	N	R	A	T	Q	A	L	R	Q	V	G	S	N	I	K	P	F	L	.	Y	T	A	A	M	D	K	G	.	L	T	L	A	S	M	L	N	D	V	P	I	S	R	W	D	A	S	A	G	S	D	W	Q	P	K	N	.	S	P	P	Q	Y	A	G	P	I	R	L	R	Q	G	L	G	Q	S	K	N	V
Query Conservation																							.									.																												.
Alig confidence																							.									.															.	.	.	.	.	.								.
Template Conservation																																															.	.	.	.	.	.
Template Sequence		N	Q	N	N	H	A	F	D	T	K	R	S	P	A	S	T	T	K	P	L	L	A	Y	G	I	A	I	D	Q	G	L	M	G	S	E	T	I	L	S	N	Y	P	T	N	F	.	.	.	.	.	.	A	N	G	N	P	I	M	Y	A	N	S	K	G	T	G	M	M	T	L	G	E	A	L	N	Y	S	W	N	I
Template Known Secondary structure						T	T	T	T			B			G	G	G	G					T							T	T	S			T	T						S			B		.	.	.	.	.	.	T	T	S		B			B	T	T	B															T		S
Template Predicted Secondary structure																																															.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		446	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490							.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		528	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.			540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.		.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.
Predicted Secondary structure														.	.																										.
Query SS confidence														.	.																										.
Query Sequence		V	M	V	R	A	M	R	A	M	G	V	D	.	.	Y	A	A	E	Y	L	Q	R	F	G	F	P	A	Q	N	I	V	H	T	E	S	L	A	L	G	.	S	A	S	F	T	P	M	Q	V	A	R	G	Y	A	V	M	A	N	G	G	F	L	V	D	P	W	F	I	S	K	I	E	N	D	Q	G	G	V	I	F
Query Conservation														.	.																										.
Alig confidence														.	.														.												.
Template Conservation																													.
Template Sequence		P	A	Y	W	T	Y	R	M	L	R	E	N	G	V	D	V	K	G	Y	M	E	K	M	G	Y	E	I	.	P	E	Y	G	I	E	S	L	P	M	G	G	G	I	E	V	T	V	A	Q	H	T	N	G	Y	Q	T	L	A	N	N	G	V	Y	H	Q	K	H	V	I	S	K	I	E	A	A	D	G	R	V	V	Y
Template Known Secondary structure													T	T										T	T				.	S					T	T	G	G	G	T	T	T			B														T	T	T						B	S							T	T	S
Template Predicted Secondary structure																													.
Template SS confidence
		520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.		.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.
		605	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		E	A	K	P	K	V	A	C	P	E	C	D	I	P	V	I	Y	G	D	T	Q	K	S	N	V	L	E	N	N	D	V	E	D	V	A	I	S	R	E	Q	Q	N	V	S	V	P	M	P	Q	L	E	Q	A	N	Q	A	L	V	A	K	T	G	A	Q	E	Y	A	P	H	V	I	N	T	P	L	A	F	L	I	K
Query Conservation
Alig confidence							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		E	Y	Q	D	K	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	P	V	Q	V	Y	S	K	A	T	A	T	I	M	Q
Template Known Secondary structure							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.					S
Template Predicted Secondary structure							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		599	600	.	.	.																																																														.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.
		685	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.								.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.	.	.	.	.	.	.	730	.	.	.	.	.	.	.	.	.	740	.	.	.	.	.	.	.	.	.	750	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																						.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																						.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		S	A	L	N	T	N	I	F	G	E	P	G	W	Q	G	T	G	W	R	A	.	.	.	.	.	.	.	G	R	D	L	Q	R	R	D	I	G	G	K	T	G	T	T	N	S	S	K	D	A	W	F	S	G	Y	G	P	G	V	V	T	S	V	W	I	G	F	D	D	H	R	R	N	L	G	H	T	T	A	S	G
Query Conservation																						.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence									.	.	.	.	.									.	.	.	.	.	.	.																																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation									.	.	.	.	.																																																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		G	L	L	R	E	V	L	.	.	.	.	.	S	S	R	V	T	T	T	F	K	S	N	L	T	S	L	N	P	T	L	A	N	A	D	W	I	G	K	T	G	T	T	N	Q	D	E	N	M	W	L	M	L	S	T	P	R	L	T	L	G	G	W	I	G	H	D	D	N	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure									.	.	.	.	.		T		S	S																T	S										T	T		S									S	S										T	T		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure									.	.	.	.	.																																																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		618	.	620	.	.	.	.						.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.
		758	.	760	.	.	.	.	.	.	.	.	.	770	.	.	.	.	.	.	.	.	.	780	.	.	.	.	.	.	.	.	.					790	.	.	.	.	.	.	.	.	.	800	.	.	.	.	.	.	.	.	.	810	.	.	.	.	.	.												.	.	.	820	.	.
Predicted Secondary structure																																		.	.	.	.																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																		.	.	.	.																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		A	I	K	D	Q	I	S	G	Y	E	G	G	A	K	S	A	Q	P	A	W	D	A	Y	M	K	A	V	L	E	G	V	P	.	.	.	.	E	Q	P	L	T	P	P	P	G	I	V	T	V	N	I	D	R	S	T	G	Q	L	A	N	G	G	N	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	R	E	E	Y	F
Query Conservation																																		.	.	.	.																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.																													.	.	.	.																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	H	S	L	S	Q	Q	A	G	Y	S	N	N	S	N	Y	M	A	H	L	V	N	A	I	Q	Q	A	S	P	S	I	W	G	N	E	R	F	A	L	D	P	S	V	V	K	S	E	V	L	K	S	T	G	Q	K	P	G	K	V	S	V	E	G	K	E	V	E	V	T	G	S	T	V	T	S	Y	W
Template Known Secondary structure		.	.	.	.					T	T	T	T	T	T																	S	T	T	S	S		S							T	T								T	T	T	S	S	B							S	S	S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.
Template SS confidence
						682	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.	.	.	.	.	.	.	730	.	.	.	.	.	.	.	.	.	740	.	.	.	.	.	.	.	.	.	750	.	.	.	.	.	.	.
		823	.	.	.	.	.	.	830	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		I	E	G	T	Q	P	T	Q	Q	A	V	H
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		A	N	K	S	G	A	P	A	T	S	Y	R
Template Known Secondary structure		S	S	S	S		S		B			S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		758	.	760	.	.	.	.	.	.	.	.	.