Job Description P02918 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 10:57:34 GMT 2012 Rank 11 Aligned Residues 488 % Identity 19% Template c1pmdA_ PDB info PDB header:peptidoglycan synthesis Chain: A: PDB Molecule:peptidoglycan synthesis multifunctional enzyme; PDBTitle: penicillin-binding protein 2x (pbp-2x) Resolution 3.50 Å

Show / Hide SS confidence

Show / Hide Conservation and Alignment quality

		50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		I	Y	S	A	D	G	E	L	I	A	Q	Y	G	E	K	R	R	I	P	V	T	L	D	Q	I	P	P	E	M	V	K	A	F	I	A	T	E	D	S	R	F	Y	E	H	H	G	V	D	P	V	G	I	F	R	A	A	S	V	A	L	F	S	G	H	A	S	Q	G	A	S	T	I	T	Q	Q	L	A	R	N	F
Query Conservation
Alig confidence																																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		I	Y	D	R	N	G	V	P	I	A	E	D	A	T	S	Y	N	V	Y	A	V	I	D	E	N	Y	K	S	A	T	G	K	I	L	Y	V	E	K	T	Q	F	N	K	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure					T	T	S					B											B		S	S				T	T	T			S	S			S	T	T	T			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		79	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.
		130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		F	L	S	P	E	R	T	L	M	R	K	I	K	E	V	F	L	A	I	R	I	E	Q	L	L	T	K	D	E	I	L	E	L	Y	L	N	K	I	Y	L	G	Y	R	A	Y	G	V	G	A	A	A	Q	V	Y	F	G	K	T	V	D	Q	L	T	L	N	E	M	A	V	I	A	G	L	P	K	A	P	S	T	F
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																									.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																									.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	V	A	E	V	F	H	K	Y	L	D	M	E	E	S	Y	V	R	E	Q	L	S	Q	P	N	L	K	Q	V	S	F	G	A	K	G	N	G	I	T	Y	A	N	M	M	S	I	K	K	E	L	E	A	A	E	V	K	G	.	.	.	.	I	D	F	T	T	S	P	N	R	S
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.						T	T	T	T												S	S			S	B						S	S	S	S	S	B		T	T	T	T	T	T					S	S	T	T	S				.	.	.	.										B
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																									.	.	.	.
Template SS confidence
												122	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.					.	.	180	.	.	.	.	.	.	.
		210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250								.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.		.	.	280	.
Predicted Secondary structure																																											.	.	.	.	.	.	.																												.
Query SS confidence																																											.	.	.	.	.	.	.																												.
Query Sequence		N	P	L	Y	S	M	D	R	A	V	A	R	R	N	V	V	L	S	R	M	L	D	E	G	Y	I	T	Q	Q	Q	F	D	Q	T	R	T	E	A	I	N	A	.	.	.	.	.	.	.	N	Y	H	A	P	E	I	A	F	S	A	P	Y	L	S	E	M	V	R	Q	E	M	Y	N	R	Y	G	.	E	S	A	Y
Query Conservation																																											.	.	.	.	.	.	.																												.
Alig confidence												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																				.	.	.	.	.	.	.																												.
Template Conservation												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		Y	P	N	G	Q	F	A	S	S	F	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	I	G	L	A	Q	L	H	E	N	E	D	G	S	K	S	L	L	G	T	S	G	M	E	S	S	L	N	S	I	L	A	G	T	D	G	I	I	T	Y	E	K	D	R	L	G	N	I	V	P	G	T	E	Q	V	S	Q	R	T
Template Known Secondary structure			S	S	S	S	S	S	T	T	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S					B				S	S	S	S			B			T	T	S	G	G	G	S	T	T	S	S					S	T	T	T	T	T	T	T	T	S	T	T				S				T	T
Template Predicted Secondary structure												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		188	.	190	.	.	.	.	.	.	.													.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.
		282	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		E	D	G	Y	R	I	Y	T	T	I	T	R	K	V	Q	Q	A	A	Q	Q	A	V	R	N	N	V	L	D	Y	D	M	R	H	G	Y	R	G	P	A	N	V	L	W	K	V	G	E	S	A	W	D	N	N	K	I	T	D	T	L	K	A	L	P	T	Y	G	P	L	L	P	A	A	V	T	S	A	N	P	Q	Q
Query Conservation
Alig confidence																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		M	D	G	K	D	V	Y	T	T	I	S	S	P	L	Q	S	F	M	E	T	Q	M	D	A	F	Q	E	K	V	K	G	K	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure										S																				S				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		256	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.
		362	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		A	T	A	M	L	A	D	G	S	T	V	A	L	S	M	E	G	V	R	W	A	R	P	Y	R	S	D	T	Q	Q	G	P	T	P	R	K	V	T	D	V	L	Q	T	G	Q	Q	I	W	V	R	Q	V	G	D	A	W	W	L	A	Q	V	P	E	V	N	S	A	L	V	S	I	N	P	Q	N	G	A	V	M	A
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Y	M	T	A	T	L	V	S	A	K	T	G	E	I	L	A
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.									S	S	S		B
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																																																																		288	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.
		442	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.											.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.		480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510
Predicted Secondary structure														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																											.
Query SS confidence														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																											.
Query Sequence		L	V	G	G	F	D	F	N	Q	S	K	F	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	N	R	A	T	Q	A	L	R	Q	V	G	S	N	I	K	P	F	L	Y	T	A	A	M	D	K	G	.	L	T	L	A	S	M	L	N	D	V	P	I	S	R	W	D	A	S	A	G	S	D	W	Q	P	K	N	S	P	P	Q
Query Conservation														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																											.
Alig confidence														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																											.																					.	.
Template Conservation																																																																							.	.
Template Sequence		T	T	Q	R	P	T	F	D	A	D	T	K	E	G	I	T	E	D	F	V	W	R	D	I	L	Y	Q	S	N	Y	E	P	G	S	T	M	K	V	M	M	L	A	A	A	I	D	N	N	T	F	P	G	G	E	V	F	N	S	S	E	L	K	I	A	D	A	T	I	R	.	.	D	W	D	V	N	E	G	L	T
Template Known Secondary structure					S	S				T	T	T	T		S	S	S	S							T	T	T	S							S	T	T												T				S	S						S				T	T	T	S				.	.		G	G	G	G	T			S
Template Predicted Secondary structure																																																																							.	.
Template SS confidence
		304	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.			.	.	.	.	.	.	.	380	.
		511	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.																			560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.
Predicted Secondary structure																																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		Y	A	G	P	I	R	L	R	Q	G	L	G	Q	S	K	N	V	V	M	V	R	A	M	R	A	M	G	V	D	Y	A	A	E	Y	L	Q	R	F	G	F	P	A	Q	N	I	V	H	T	E	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	L	A	L	G	S	A	S	F	T	P	M	Q
Query Conservation																																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.						.
Template Conservation																																																																										.
Template Sequence		G	G	R	M	M	T	F	S	Q	G	F	A	H	S	S	N	V	G	M	T	L	L	E	Q	K	M	G	D	A	T	W	L	D	Y	L	N	R	F	K	F	G	V	P	T	R	F	G	L	T	D	E	Y	A	G	Q	L	P	A	D	N	I	V	N	I	A	Q	S	S	F	G	Q	G	.	I	S	V	T	Q	T	Q
Template Known Secondary structure		S						S						T	T						T					T	T		T	T									T	T	T	T	S					S	S	S										S									T	T	T	S	S	.
Template Predicted Secondary structure																																																																										.
Template SS confidence
		382	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.		.	.	.	.	.	.	460
		573	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		V	A	R	G	Y	A	V	M	A	N	G	G	F	L	V	D	P	W	F	I	S	K	I	E	N	D	Q	G	G	V	I	F	E	A	K	P	K	V	A	C	P	E	C	D	I	P	V	I	Y	G	D	T	Q	K	S	N	V	L	E	N	N	D	V	E	D	V	A	I	S	R	E	Q	Q	N	V	S	V	P	M	P
Query Conservation
Alig confidence																																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		M	I	R	A	F	T	A	I	A	N	D	G	V	M	L	E	P	K	F	I	S	A	I	Y	D	P	N	D	Q	T	A	R	K	S	Q	K	E	I	V	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure										T	T	T	T						B								S	S	S	S											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		461	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		653	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.					.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.
Predicted Secondary structure																																														.	.	.	.																										.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																														.	.	.	.																										.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		Q	L	E	Q	A	N	Q	A	L	V	A	K	T	G	A	Q	E	Y	A	P	H	V	I	N	T	P	L	A	F	L	I	K	S	A	L	N	T	N	I	F	G	E	P	G	.	.	.	.	W	Q	G	T	G	W	R	A	G	R	D	L	Q	R	R	D	I	G	G	K	T	G	T	T	N	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																																														.	.	.	.																										.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																										.	.	.	.										.																.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																							.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	N	P	V	S	K	D	A	A	S	L	T	R	T	N	M	V	L	V	G	T	D	P	V	Y	G	T	M	Y	N	H	S	T	G	K	P	T	V	.	T	V	P	G	Q	N	V	A	L	K	S	G	T	A	Q	I	A	D	E	K	N	G
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.				S														T	T	S	S		S	S	S		S	S			S	S	S	S	S		S	S	.		B	T	T	B															S	S	S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																							.
Template SS confidence
																					500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.		.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.
								722	.	.	.	.	.	.	.	730	.	.	.					.	.	.	.	.	.	740	.	.	.	.	.	.	.	.	.	750	.	.	.	.	.	.	.	.	.	760	.	.	.	.	.	.	.	.	.	770	.	.	.	.	.	.	.	.	.	780	.	.	.	.	.	.	.	.	.	790	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.													.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.													.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	S	S	K	D	A	W	F	S	G	Y	G	P	.	.	.	.	G	V	V	T	S	V	W	I	G	F	D	D	H	R	R	N	L	G	H	T	T	A	S	G	A	I	K	D	Q	I	S	G	Y	E	G	G	A	K	S	A	Q	P	A	W	D	A	Y	M	K	A	V	L	E	G	V	P	E	Q
Query Conservation		.	.	.	.	.	.													.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.													.	.	.	.														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		G	Y	L	V	G	L	T	D	Y	I	F	S	A	V	S	M	S	P	A	E	N	P	D	F	I	L	Y	V	T	V	Q	Q	P	E	H	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Y	S	G	I	Q	L	G	E	F	A	N	P	I	L	E	R	A	S	A	M	K	D	S	L
Template Known Secondary structure		S	S			S	T	T										S	S	S	S	S		S											S	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																				T	T	T	T	S
Template Predicted Secondary structure																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.																						.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.
		792	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		P	L	T	P	P	P
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		N	L	Q	T	T	A
Template Known Secondary structure		T	T	S	S	S	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		619	620	.	.	.	.