Job Description P32132 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:49:17 GMT 2012 Rank 6 Aligned Residues 426 % Identity 33% Template c2xexA_ PDB info PDB header:translation Chain: A: PDB Molecule:elongation factor g; PDBTitle: crystal structure of staphylococcus aureus elongation factor2 g Resolution 1.90 Å

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		2	.	.	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		I	E	K	L	R	N	I	A	I	I	A	H	V	D	H	G	K	T	T	L	V	D	K	L	L	Q	Q	S	G	T	F	D	S	R	A	E	T	Q	E	R	V	M	D	S	N	D	L	E	K	E	R	G	I	T	I	L	A	K	N	T	A	I	K	W	N	D	Y	R	I	N	I	V	D	T	P	G	H	A	D	F
Query Conservation
Alig confidence																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		L	E	K	T	R	N	I	G	I	M	A	H	I	D	A	G	K	T	T	T	T	E	R	I	L	Y	Y	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	R	I	H	T	S	A	A	T	T	A	A	W	E	G	H	R	V	N	I	I	D	T	P	G	H	V	D	F
Template Known Secondary structure		S	T	T										G	G	G	T													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	S					S							T	T												S	S
Template Predicted Secondary structure																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		7	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.																								.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.
		82	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		G	G	E	V	E	R	V	M	S	M	V	D	S	V	L	L	V	V	D	A	F	D	G	P	M	P	Q	T	R	F	V	T	K	K	A	F	A	Y	G	L	K	P	I	V	V	I	N	K	V	D	R	P	G	A	R	P	D	W	V	V	D	Q	V	F	D	L	F	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																																																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		T	V	E	V	E	R	S	L	R	V	L	D	G	A	V	T	V	L	D	A	Q	S	G	V	E	P	Q	T	E	T	V	W	R	Q	A	T	T	Y	G	V	P	R	I	V	F	V	N	K	M	D	K	L	G	A	N	F	E	Y	S	V	S	T	L	H	D	R	L	Q	A	N	A	A	P	I	Q	L	P	I	G	A
Template Known Secondary structure													S								T	T	T	B	S														T	T										T	T	S	T	T																					S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		89	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.
																																																		149	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	V	N	L	D	A	T	D	E	Q	L	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		E	D	E	F	E	A	I	I	D	L	V	E	M	K	C	F	K	Y	T	N	D	L	G	T	E	I	E	E	I	E	I	P	E	D	H	L	D	R	A	E	E	A	R	A	S	L	I	E	A	V	A	E	T	S	D	E	L	M	E	K	Y	L	G	D	E	E	I	S	V	S	E	L	K	E	A	I	R	Q	A	T
Template Known Secondary structure		G	G	G							T	T	T	T							S	S	S	S		S								G	G	G																	T	T										T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		169	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.
							160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.																					.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	F	P	I	V	Y	A	S	A	L	N	G	I	A	G	L	D	H	E	D	M	A	E	D	M	T	P	L	Y	Q	A	I	V	D	H	V	P	A	P	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	V	D	L	D	G	P	F	Q	M	Q	I	S	Q	L	D	Y
Query Conservation		.	.	.	.	.																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		T	N	V	E	F	Y	P	V	L	C	G	T	A	F	K	N	K	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	V	Q	L	M	L	D	A	V	I	D	Y	L	P	S	P	L	D	V	K	P	I	I	G	H	R	A	S	N	P	E	E	E	V	I	A	K	A	D	D	S	A	E	F	A	A	L	A	F	K	V	M	T
Template Known Secondary structure			T	T	S								B	T	T	T	T	B	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S												S			G	G	G	S								T	T										S		T	T	S
Template Predicted Secondary structure																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		249	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.											.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.
		215	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		N	S	Y	V	G	V	I	G	I	G	R	I	K	R	G	K	V	K	P	N	Q	Q	V	T	I	I	D	S	E	G	K	T	R	N	A	K	V	G	K	V	L	G	H	L	G	L	E	R	I	E	T	D	L	A	E	A	G	D	I	V	A	I	T	G	L	G	E	L	N	I	S	D	T	V	C	D	T	Q	N	V
Query Conservation
Alig confidence																															.	.	.
Template Conservation																															.	.	.
Template Sequence		D	P	Y	V	G	K	L	T	F	F	R	V	Y	S	G	T	M	T	S	G	S	Y	V	K	N	S	T	K	G	.	.	.	K	R	E	R	V	G	R	L	L	Q	M	H	A	N	S	R	Q	E	I	D	T	V	Y	S	G	D	I	A	A	A	V	G	L	K	D	T	G	T	G	D	T	L	C	G	E	K	N	D
Template Known Secondary structure			T	T	T											S				T	T						T	T	T	T	.	.	.													S	S						S				T	T							S		S	S			T	T						T	T
Template Predicted Secondary structure																															.	.	.
Template SS confidence
		319	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.				.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.
		295	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		E	A	L	P	A	L	S	V	D	E	P	T	V	S	M	F	F	C	V	N	T	S	P	F	C	G	K	E	G	K	F	V	T	S	R	Q	I	L	D	R	L	N	K	E	L	V	H	N	V	A	L	R	V	E	E	T	E	D	A	D	A	F	R	V	S	G	R	G	E	L	H	L	S	V	L	I	E	N	M	R
Query Conservation
Alig confidence																							.	.	.	.	.	.	.	.	.																									.	.	.
Template Conservation																							.	.	.	.	.	.	.	.	.																									.	.	.
Template Sequence		I	I	L	E	S	M	E	F	P	E	P	V	I	H	L	S	V	E	P	K	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	K	A	D	Q	D	K	M	T	Q	A	L	V	K	L	Q	E	E	D	P	T	F	H	A	H	.	.	.	T	T	G	Q	V	I	I	G	G	M	G	E	L	H	L	D	I	L	V	D	R	M	K
Template Known Secondary structure								S	S		S		S								S	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.																			T	T					.	.	.										S	S
Template Predicted Secondary structure																							.	.	.	.	.	.	.	.	.																									.	.	.
Template SS confidence
		396	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.										.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440				.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.
		375	.		.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.
Predicted Secondary structure				.																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence				.																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		R	E	.	G	F	E	L	A	V	S	R	P	K	V	I	F	R	E	I	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation				.																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence				.																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		K	E	F	N	V	E	C	N	V	G	A	P	M	V	S	Y	R	E	T	F	K	S	S	A	Q	V	Q	G	K	F	S	R	Q	S	G	G	R	G	Q	Y	G	D	V	H	I	E	F	T	P	N	E	T	G	A	G	F	E	F	E	N	A	I	V	G	G	V	V	P	R	E	Y	I	P	S	V	E	A	G	L	K
Template Known Secondary structure				S																		S	S												T	T	S	S															T	T											T	T	S	S		G	G	G
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		467	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.
																																																				393	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	G	R	K	Q	E	P	Y	E	N	V	T	L	D	V	E	E	Q	H	Q	G	S	V	M	Q	A	L	G	E	R
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		D	A	M	E	N	G	V	L	A	G	Y	P	L	I	D	V	K	A	K	L	Y	D	G	S	Y	H	D	V	D	S	S	E	M	A	F	K	I	A	A	S	L	A	L	K	E	A	A	K	K	C	D	P	V	I	L	E	P	M	M	K	V	T	I	E	M	P	E	E	Y	M	G	D	I	M	G	D	V	T	S	R
Template Known Secondary structure						T		S	S	S	S			B		S												T	T	T																			T	T	S																	G	G	G											T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		547	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.
		423	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		K	G	D	L	K	N	M	N	P	D	G	K	G	R	V	R	L	D	Y	V	I	P	S	R	G	L	I	G	F	R	S	E	F	M	T	M	T	S	G	T	G	L	L	Y	S	T	F	S	H	Y	D	D	V	R
Query Conservation
Alig confidence														.
Template Conservation														.
Template Sequence		R	G	R	V	D	G	M	E	P	R	G	N	.	A	Q	V	V	N	A	Y	V	P	L	S	E	M	F	G	Y	A	T	S	L	R	S	N	T	Q	G	R	G	T	Y	T	M	Y	F	D	H	Y	A	E	V	P
Template Known Secondary structure		T										T	T	.										G	G	G		T	T									T	T	T
Template Predicted Secondary structure														.
Template SS confidence
		627	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.		.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.