Job Description P32132 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:49:17 GMT 2012 Rank 4 Aligned Residues 448 % Identity 27% Template c2dy1A_ PDB info PDB header:signaling protein, translation Chain: A: PDB Molecule:elongation factor g; PDBTitle: crystal structure of ef-g-2 from thermus thermophilus Resolution 1.60 Å

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		4	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.			40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.
Predicted Secondary structure																																						.	.
Query SS confidence																																						.	.
Query Sequence		K	L	R	N	I	A	I	I	A	H	V	D	H	G	K	T	T	L	V	D	K	L	L	Q	Q	S	G	T	F	D	S	R	A	E	T	Q	.	.	E	R	V	M	D	S	N	D	L	E	K	E	R	G	I	T	I	L	A	K	N	T	A	I	K	W	N	D	Y	R	I	N	I	V	D	T	P	G	H	A	D	F
Query Conservation																																						.	.
Alig confidence																																						.	.
Template Conservation
Template Sequence		M	I	R	T	V	A	L	V	G	H	A	G	S	G	K	T	T	L	T	E	A	L	L	Y	K	T	G	A	K	E	R	R	G	R	V	E	E	G	T	T	T	T	D	Y	T	P	E	A	K	L	H	R	T	T	V	R	T	G	V	A	P	L	L	F	R	G	H	R	V	F	L	L	D	A	P	G	Y	G	D	F
Template Known Secondary structure											S	T	T	S	S												T	T	S	S	S	S				G	G	G	T			S	S			S						T	T	S			S									T	T											S	G	G	G
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		8	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.
		82	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																																																.	.
Query SS confidence																																																																																.	.
Query Sequence		G	G	E	V	E	R	V	M	S	M	V	D	S	V	L	L	V	V	D	A	F	D	G	P	M	P	Q	T	R	F	V	T	K	K	A	F	A	Y	G	L	K	P	I	V	V	I	N	K	V	D	R	P	G	A	R	P	D	W	V	V	D	Q	V	F	D	L	F	V	N	L	D	A	T	D	E	Q	L	D	.	.
Query Conservation																																																																																.	.
Alig confidence																																																					.																											.	.
Template Conservation																																																					.
Template Sequence		V	G	E	I	R	G	A	L	E	A	A	D	A	A	L	V	A	V	S	A	E	A	G	V	Q	V	G	T	E	R	A	W	T	V	A	E	R	L	G	L	P	R	M	V	V	V	T	K	L	D	K	.	G	G	D	Y	Y	A	L	L	E	D	L	R	S	T	L	G	P	I	L	P	I	D	L	P	L	Y	E	G
Template Known Secondary structure													S								T	T	T		S														T	T										G	G	G	.																	S											T
Template Predicted Secondary structure																																																					.
Template SS confidence
		88	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.		.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		G	K	W	V	G	L	I	D	V	F	H	G	K	A	Y	R	Y	E	N	G	E	E	R	E	A	E	V	P	P	E	E	R	E	R	V	Q	R	F	R	Q	E	V	L	E	A	I	V	E	T	D	E	G	L	L	E	K	Y	L	E	G	E	E	V	T	G	E	A	L	E	K	A	F	H	E	A	V	R	R	G	L
Template Known Secondary structure		T								T	T	T	T							T	T									G	G	G																	T	T											T																		T	T	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		167	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.
			160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.		.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.																																								.
Query SS confidence		.																																								.
Query Sequence		.	F	P	I	V	Y	A	S	A	L	N	G	I	A	G	L	D	H	E	D	M	A	E	D	M	T	P	L	Y	Q	A	I	V	D	H	V	P	A	P	D	.	V	D	L	D	G	P	F	Q	M	Q	I	S	Q	L	D	Y	N	S	Y	V	G	V	I	G	I	G	R	I	K	R	G	K	V	K	P	N	Q	Q	V
Query Conservation		.																																								.
Alig confidence		.													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																		.
Template Conservation															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		L	Y	P	V	A	L	A	S	G	E	R	E	I	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	V	L	P	L	L	E	L	I	L	E	A	L	P	S	P	T	E	R	F	G	D	G	P	P	L	A	K	V	F	K	V	Q	V	D	P	F	M	G	Q	V	A	Y	L	R	L	Y	R	G	R	L	K	P	G	D	S	L
Template Known Secondary structure									B	T	T	T	T	B	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S												S									S		S												T	T	T											S				T	T
Template Predicted Secondary structure															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		247	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.											260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.
		238	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.			.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																													.	.
Query SS confidence																																																													.	.
Query Sequence		T	I	I	D	S	E	G	K	T	R	N	A	K	V	G	K	V	L	G	H	L	G	L	E	R	I	E	T	D	L	A	E	A	G	D	I	V	A	I	T	G	L	G	E	L	N	I	S	D	T	V	C	D	T	Q	N	V	E	A	.	.	L	P	A	L	S	V	D	E	P	T	V	S	M	F	F	C	V	N	T
Query Conservation																																																													.	.
Alig confidence								.	.	.	.	.																																																	.	.
Template Conservation								.	.	.	.	.
Template Sequence		Q	S	E	A	G	Q	.	.	.	.	.	V	R	L	P	H	L	Y	V	P	M	G	K	D	L	L	E	V	E	E	A	E	A	G	F	V	L	G	V	P	K	A	E	G	L	H	R	G	M	V	L	W	Q	G	E	K	P	E	S	E	E	V	P	F	A	R	L	P	D	P	N	V	P	V	A	L	H	P	K	G
Template Known Secondary structure		B		T	T	S		.	.	.	.	.				S	S						T	T						S				T	T						S	S		T	T			T	T					S	S	S				G	G	G	S																	S	S
Template Predicted Secondary structure								.	.	.	.	.
Template SS confidence
		317	.	.	320	.	.						.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.
		316	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.
Predicted Secondary structure																																																																															.	.	.
Query SS confidence																																																																															.	.	.
Query Sequence		S	P	F	C	G	K	E	G	K	F	V	T	S	R	Q	I	L	D	R	L	N	K	E	L	V	H	N	V	A	L	R	V	E	E	T	E	D	A	D	A	F	R	V	S	G	R	G	E	L	H	L	S	V	L	I	E	N	M	R	R	E	G	F	E	L	A	V	S	R	P	K	V	I	F	R	E	I	.	.	.
Query Conservation																																																																															.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																																					.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	R	T	D	E	A	R	L	G	E	A	L	R	K	L	L	E	E	D	P	S	L	K	L	E	R	Q	E	E	T	G	E	L	L	L	W	G	H	G	E	L	H	L	A	T	A	K	E	R	L	Q	D	Y	G	V	E	V	E	F	S	V	P	K	V	P	Y	R	E	T	I	K	K
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.																			T	T	S						T	T	T								S	S														T	T																	S	S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
											392	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		V	A	E	G	Q	G	K	Y	K	K	Q	T	G	G	H	G	Q	Y	G	D	V	W	L	R	L	E	P	A	S	E	Y	G	F	E	W	R	I	T	G	G	V	I	P	S	K	Y	Q	E	A	I	E	E	G	I	K	E	A	A	K	K	G	V	L	A	G	F	P	V	M	G	F	K	A	I	V	Y	N	G	S	Y
Template Known Secondary structure														T	T															S	S									T	T	S	S		G	G	G													T	S		T	T	T	S			B		S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		463	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.
																											393	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	G	R	K	Q	E	P	Y	E	N	V	T	L	D	V	E	E	Q	H	Q	G	S	V	M	Q	A	L	G	E	R	K	G	D	L	K	N	M	N	P	D	G	K	G	R	V	R	L	D	Y	V	I	P	S	R	G
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																											.
Template Conservation																																																																					.
Template Sequence		H	E	V	D	S	S	D	L	A	F	Q	I	A	A	S	L	A	F	K	K	V	M	A	E	A	H	P	V	L	L	E	P	I	Y	R	L	K	V	L	A	P	Q	E	R	V	G	D	V	L	S	D	L	Q	A	R	R	G	R	I	L	G	M	E	Q	E	G	A	.	L	S	V	V	H	A	E	V	P	L	A	E
Template Known Secondary structure			T	T	T	B																				S																	G	G	G											T	T										T	T	.										G	G	G
Template Predicted Secondary structure																																																																					.
Template SS confidence
		543	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.		610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.
		448	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		L	I	G	F	R	S	E	F	M	T	M	T	S	G	T	G	L	L	Y	S	T	F	S	H	Y	D	D	V	R	P
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		V	L	E	Y	Y	K	A	L	P	G	L	T	G	G	A	G	A	Y	T	L	E	F	S	H	Y	A	E	V	P	P
Template Known Secondary structure			T	T										T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		622	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.