Job Description P65807 Confidence 99.95% Date Thu Jan 5 12:10:18 GMT 2012 Rank 52 Aligned Residues 236 % Identity 25% Template c2greC_ PDB info PDB header:hydrolase Chain: C: PDB Molecule:deblocking aminopeptidase; PDBTitle: crystal structure of deblocking aminopeptidase from bacillus cereus Resolution 2.65 Å

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		17	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.			.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																										.	.															.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																										.	.															.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		Y	Q	A	D	M	T	R	F	L	R	D	M	V	A	I	P	S	E	S	C	D	E	K	R	V	V	H	R	I	K	E	E	M	E	K	V	G	F	D	K	V	E	I	D	P	M	G	N	V	L	G	Y	I	G	H	G	.	.	P	R	L	V	A	M	D	A	H	I	D	T	V	G	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																																																										.	.															.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																												.														.	.															.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																												.
Template Sequence		H	T	K	E	T	X	E	L	I	K	E	L	V	S	I	P	S	P	S	G	N	T	A	K	I	I	N	F	I	E	N	Y	V	S	E	W	N	V	E	T	K	R	.	N	N	K	G	A	L	I	L	T	V	K	G	K	N	D	A	Q	H	R	L	L	T	A	H	V	D	T	L	G	A	X	V	K	E	I	K	P
Template Known Secondary structure															T	S			B	T	T													T	S	S	S	S	S					.		S	S	S									S														B										T
Template Predicted Secondary structure																																												.
Template SS confidence
		4	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.		.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.
																																																											87	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	I	G	N	I	K	N	W	D	F	D	P	Y	E	G	M	E	T	D	E	L	I	G	G
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		D	G	R	L	S	L	S	X	I	G	G	F	R	W	N	S	V	E	G	E	Y	C	E	I	E	T	S	S	G	K	T	Y	T	G	T	I	L	X	I	E	V	R	I	D	E	R	V	F	S	A	D	E	V	R	E	L	G	I	E	V	G	D	F	V	S	F	D	P	R	V	Q	I	T	E	S	G	Y	I	K	S
Template Known Secondary structure		T	S								S	S			G	G	G	G	T	T								T	T	S															S	S				S							T	T			T	T													T	T	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		83	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.
		110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		R	G	T	S	D	Q	E	G	G	M	A	S	M	V	Y	A	G	K	I	I	K	D	L	G	L	E	D	E	Y	T	L	L	V	T	G	T	V	Q	E	E	D	C	D	G	L	C	W	Q	Y	I	I	E	Q	S	G	I	R	P	E	F	V	V	S	T	E	P	T	D	C	Q	V	Y	R	G	Q	R	G	R	M	E
Query Conservation
Alig confidence					.																																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation					.																																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		R	H	L	.	D	D	K	V	S	V	A	I	L	L	K	L	I	K	R	L	Q	D	E	N	V	T	L	P	Y	T	T	H	F	L	I	S	N	N	E	N	I	P	E	E	T	V	E	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		S			.	S	S																		T				S									S						T	T				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure					.																																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		183	.	.		.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.
		190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		I	R	I	D	V	Q	G	V	S	C	H	G	S	A	P	E	R	G	D	N	A	I	F	K	M	G	P	I	L	G	E	L	Q	E	L	S	Q	R	L	G	Y	D	E	F	L	G	K	G	T	L	T	V	S	E	I	F	F	T	S	P	S	R	C	A	V	A	D	S	C	A	V	S	I	D	R	R	L	T	W	G
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																													.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																													.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Y	L	A	V	D	X	G	A	L	G	D	G	S	D	E	Y	T	V	S	I	C	A	K	D	S	S	G	P	.
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.										S					T	T	S								T	T			.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																													.
Template SS confidence
																																																					237	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.
		270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		E	T	W	E	G	A	L	D	E	I	R	A	L	P	A	V	Q	K	A	N	A	V	V	S	M	Y	N	Y	D	R	P	S	W	T	G	L	V	Y	P	T	E	C	Y	F	P	T	W	K	V	E	E	D	H	F	T	V	K	A	L	V	N	A	Y	E	G	L	F	G	K	A	P	V	V	D	K	W	T	F	S	T
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Y	H	Y	A	L	R	K	H	L	V	E	L	A	K	T	N	.	H	I	E	Y	K	V	D	I	Y	P	Y	Y	R
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																T	.	T									T	T
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																	.
Template SS confidence
																																																				267	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.		.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.
		350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		N	G	V	S	I	M	G	R	H	G	I	P	V	I	G	F	G	P	G	K	E	P	E	A	H	A	P	N	E	K	T	W	K	S	H	L	V	T	C	A	A	M	Y	A	A	I	P	L	S
Query Conservation
Alig confidence			.	.	.	.	.	.													.								.
Template Conservation			.	.	.	.	.	.													.								.
Template Sequence		A	.	.	.	.	.	.	G	F	D	V	K	H	A	L	I	G	A	G	.	I	D	S	S	H	A	F	.	E	R	T	H	E	S	S	I	A	H	T	E	A	L	V	Y	A	Y	V	X	S
Template Known Secondary structure			.	.	.	.	.	.	S	S	S	S									.		S	S		S	S	S	.																				T	S
Template Predicted Secondary structure			.	.	.	.	.	.													.								.
Template SS confidence
		304							.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.		.	.	.	320	.	.	.		.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.

No model constructed - rank, confidence too low

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Kelley LA and Sternberg MJE. Nature Protocols 4, 363 - 371 (2009) [pdf] [Import into BibTeX]
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