Job Description P33018 Confidence 99.63% Date Thu Jan 5 11:50:53 GMT 2012 Rank 129 Aligned Residues 244 % Identity 16% Template c1lnsA_ PDB info PDB header:hydrolase Chain: A: PDB Molecule:x-prolyl dipeptidyl aminopetidase; PDBTitle: crystal structure analysis of the x-prolyl dipeptidyl2 aminopeptidase from lactococcus lactis Resolution 2.20 Å

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		9	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.						20	.	.	.	.	.	.	.			.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.		.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.
Predicted Secondary structure													.	.	.	.	.									.	.																											.												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence													.	.	.	.	.									.	.																											.												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		C	F	E	G	W	Q	Q	R	W	R	H	.	.	.	.	.	D	S	S	T	L	N	C	P	.	.	M	T	F	S	I	F	L	P	P	P	R	D	H	T	P	P	P	V	L	Y	W	L	S	G	L	T	.	C	N	D	E	N	F	T	T	K	A	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation													.	.	.	.	.									.	.																											.												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence													.	.	.	.	.									.	.											.	.															.												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																						.	.
Template Sequence		D	S	S	L	L	E	R	E	V	L	W	V	E	S	P	V	D	S	E	Q	R	G	E	N	D	L	I	K	I	Q	I	I	R	P	K	S	.	.	T	E	K	L	P	V	V	M	T	A	S	P	Y	H	L	G	I	N	D	K	A	N	D	L	A	L	H	D	M	N	V	E	L	E	E	K	T	S	H	E	I	H
Template Known Secondary structure			G	G	G											S			T	T		S	S	S														.	.	S	S										S	S	T	T																							S
Template Predicted Secondary structure																																						.	.
Template SS confidence
		162	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.			.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.
																																			65	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	Q	R	V	A	A	E	L	G	I	V	L	V	M	P	D	T	S	P	R	G	E	K	V	A	N	D	D	G	Y	D	L	G	Q	G	A	G	F	Y	L	N	A	T	Q	P	P	W
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		V	E	Q	K	L	P	Q	K	L	S	A	K	A	K	E	L	P	I	V	D	K	A	P	Y	R	F	T	H	G	W	T	Y	S	L	N	D	Y	F	L	T	R	G	F	A	S	I	Y	V	A	G	V	G	T	R	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	S	D	G	F	Q
Template Known Secondary structure																					S	S		S		B															T	T	T									T	T	S	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	S		S
Template Predicted Secondary structure																																																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.																					.	.	.	.	.	.
		112	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130																.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		A	T	H	Y	R	M	Y	D	Y	L	R	D	E	L	P	A	L	V	Q	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	Q	F	N	V	S	D	R	C	A	I	S	G	H	S	M	G	G	H	G	A	L	I	M	A	L	K	N	P	G	K	Y	T	S	V	S	A	F	A	P	I	V	N	P	C	S
Query Conservation																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		T	S	G	D	Y	Q	Q	I	Y	S	M	T	A	V	I	D	W	L	N	G	R	A	R	A	Y	T	S	R	K	K	T	H	E	I	K	A	S	W	A	N	G	K	V	A	M	T	G	K	S	Y	L	G	T	M	A	Y	G	A	A	T	T	G	V	E	G	L	E	L	I	L	A	E	A	G	I	S	S	W	Y	N
Template Known Secondary structure			T	T	S															T	T	S	S				S	S	T	T								T	T											T											T	T	T		T	T								S			S	B
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		177	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																											190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.
Predicted Secondary structure															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		V	P	W	G	I	K	A	F	S	S	Y	L	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	E	D	K	N	A	W	L	E	W	D	S	C	A	L	M	Y	A	S	N	A	Q	D	A	I	P
Query Conservation															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		Y	Y	R	E	N	G	L	V	R	S	P	G	G	F	P	G	E	D	L	D	V	L	A	A	L	T	Y	S	R	N	L	D	G	A	D	F	L	K	G	N	A	E	Y	E	K	R	L	A	E	M	T	A	A	L	D	R	K	S	G	D	Y	N	Q	F	W	H	D	R	N	Y	L	I	N	T	D	K	V	K	A	D
Template Known Secondary structure				B	S	S	S	S	B				T	T		T	T												G	G	G	G	S																								T	T	T									T	T	B	G	G	G	G	G	G	G			S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		215	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.				.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																														.	.	.
Query SS confidence																																														.	.	.
Query Sequence		T	L	I	D	Q	G	D	N	D	Q	F	L	A	D	Q	L	Q	P	A	V	L	A	E	A	A	R	Q	K	A	W	P	M	T	L	R	I	Q	P	G	Y	D	H	S	Y	.	.	.	Y	F	I	A	S	F	I	E	D	H	L	R	F	H	A	Q	Y	L	L
Query Conservation																																														.	.	.
Alig confidence																	.												.												.					.	.	.
Template Conservation																	.												.												.
Template Sequence		V	L	I	V	H	G	L	Q	D	W	N	V	T	P	E	.	Q	A	Y	N	F	W	K	A	L	P	E	.	G	H	A	K	H	A	F	L	H	R	G	.	A	H	I	Y	M	N	S	W	Q	S	I	D	F	S	E	T	I	N	A	Y	F	V	A	K	L	L
Template Known Secondary structure								T	T			S	S		T		.									S		T	.	T									S		.	S	S				T	T	B	S	S																T
Template Predicted Secondary structure																	.												.												.
Template SS confidence
		460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.		.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.		.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.		.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.

No model constructed - rank, confidence too low

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Kelley LA and Sternberg MJE. Nature Protocols 4, 363 - 371 (2009) [pdf] [Import into BibTeX]
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