Job Description Q46812 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 12:34:40 GMT 2012 Rank 56 Aligned Residues 317 % Identity 17% Template c1e9yB_ PDB info PDB header:hydrolase Chain: B: PDB Molecule:urease subunit beta; PDBTitle: crystal structure of helicobacter pylori urease in complex with2 acetohydroxamic acid Resolution 3.00 Å

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		2	.	.	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.												40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70
Predicted Secondary structure																																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		L	I	L	K	N	V	T	A	V	Q	L	H	P	A	K	V	Q	E	G	V	D	I	A	I	E	N	D	V	I	V	A	I	G	D	A	L	T	Q	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	R	Y	P	D	A	S	F	K	E	M	H	G	R	I	V	M	P	G	I	V	C	S	H	N	H	F	Y	S	G	L	S
Query Conservation																																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence															.	.	.																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																															.
Template Conservation															.	.	.																																																																.
Template Sequence		L	I	I	T	N	A	L	I	V	D	Y	T	G	.	.	.	I	Y	K	A	D	I	G	I	K	D	G	K	I	A	G	I	G	K	G	G	N	K	D	M	Q	D	G	V	K	N	N	L	S	V	G	P	A	T	E	A	L	A	G	E	G	L	I	V	T	A	G	G	I	D	T	H	I	H	F	I	S	P	Q	.
Template Known Secondary structure												T	T		.	.	.										T	T									B		T	T	T	S	S	S			G	G	G	B			T	T							T	T														T	T		T	T	.
Template Predicted Secondary structure															.	.	.																																																																.
Template SS confidence
		68	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80				.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.
		71	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.										.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.
Predicted Secondary structure																																																								.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																								.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		R	G	I	M	A	N	I	A	P	C	P	D	F	I	S	T	L	K	N	L	W	W	R	L	D	R	A	L	D	E	E	S	L	Y	Y	S	G	L	I	C	S	L	E	A	I	K	S	G	C	T	S	V	I	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	H	H	A	S	P	A	Y	I	G	G	S	L	S	T	L	R	D
Query Conservation																																																								.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Q	I	P	T	A	F	A	S	G	V	T	T	M	I	G	G	G	T	G	P	A	D	G	T	N	A	T	T	I	T	P	G	R	R	N	L	K	W	M	L	R
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.								T	T										S	S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																																									144	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.
		142	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		A	F	L	K	V	G	L	R	A	M	T	C	F	E	T	T	D	R	N	N	G	I	K	E	L	Q	E	G	V	E	E	N	I	R	F	A	R	L	I	D	E	A	K	K	A	T	S	E	P	Y	L	V	E	A	H	I	G	A	H	A	P	F	T	V	P	D	A	G	L	E	M	L	R	E	A	V	K	A	T	G
Query Conservation
Alig confidence																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		A	A	E	E	Y	S	M	N	L	G	F	L	A	K	G	N	A	S	N	D	A	S	L	A	D	Q	I	E	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	A	I	G	F	I	H	E	D	W	G	T	T	P	S	A	I	N	H	A	L	D	V	A	D	K	Y	D
Template Known Secondary structure				T	T	S	S	S					B						S											T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T		S	B				G	G	G																	T	T
Template Predicted Secondary structure																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		185	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.																								.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.
		222	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290
Predicted Secondary structure																																																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		R	G	L	H	I	H	A	A	E	D	L	Y	D	V	S	Y	S	H	H	W	Y	G	K	D	L	L	A	R	L	A	Q	F	D	L	I	D	S	K	T	L	V	A	H	G	L	Y	L	S	K	D	D	I	T	L	L	N	Q	R	D	A	F	L	V	H	N	A	R	S	N	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																																																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																					.	.	.	.	.	.	.	.																																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																					.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		V	Q	V	A	I	H	T	D	T	L	N	E	A	G	C	V	E	D	T	.	.	.	.	.	.	.	.	M	A	A	I	A	G	R	T	M	H	T	F	H	T	E	G	A	G	G	G	H	A	P	D	I	I	K	V	A	G	E	H	N	I	L	P	A	S	T	N	P	T	I	P	F	T	V	N	T	E	A	E	H
Template Known Secondary structure			B							T	T		S	S							.	.	.	.	.	.	.	.					T	T						T	T	T	T	S	T	T	S		S	T	T	T	G	G	G	G	G	G	S	T	T							G	G	G		S		B	T	T
Template Predicted Secondary structure																					.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		243	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.									.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.
																												291	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	M	N	N	H	V	G	Y	N	H	H	L	S	D	I	R	N	L	A	L	G	T	D	G	I	G	S	D	M	F	E	E	M	K	F	A	F	F	K	H	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		M	D	M	L	M	V	C	H	H	K	D	K	S	I	K	E	D	V	Q	F	A	D	S	R	I	R	P	Q	T	I	A	A	E	D	T	L	H	D	M	G	A	F	S	I	T	S	S	D	S	Q	A	M	G	R	V	G	E	V	I	T	R	T	W	Q	T	A	D	K	N	K	K	E	F	G	R	L	K	E	E	K
Template Known Secondary structure								T	T	T			S	S																										T	T	S								T	T	S	S			T	T	S																		S		S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		315	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.
		330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		R	D	A	G	G	P	L	W	P	D	S	F	A	K	A	L	T	N	G	N	E	L	M	S	R	N	F	G	A	K	F	G	L	L	E	A	G	Y	K	A	D	L	T	I	C	D	Y	N	S	P	T	P	L	L	A	D	N	I	A	G	H	I	A	F	G	M	G	S	G	S	V	H	S	V	M	V	N	G	V	M
Query Conservation
Alig confidence																									.	.																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																									.	.																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		G	D	N	D	N	F	R	I	K	R	Y	L	S	K	Y	T	I	N	P	A	I	A	H	.	.	G	I	S	E	Y	V	G	S	V	E	V	G	K	V	A	D	L	V	L	W	S	P	A	F	F	G	V	K	P	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	N	M	I	I	K	G	G	F	I
Template Known Secondary structure		S	S	S										G	G	G	T							T	.	.	T		T	T	T	S	S	S	S		T	T	S	B								T	T	T	T	T	T			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S					T	T
Template Predicted Secondary structure																									.	.																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		395	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.			.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.																		.	.	.	450	.	.	.	.	.
		410	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		V	Y
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		A	L
Template Known Secondary structure
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		456	.