Job Description P76482 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 12:23:24 GMT 2012 Rank 10 Aligned Residues 253 % Identity 23% Template c1cx8F_ PDB info PDB header:metal transport Chain: F: PDB Molecule:transferrin receptor protein; PDBTitle: crytal structure of the ectodomain of human transferrin receptor Resolution 3.20 Å

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		34	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80		.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																	.							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																	.							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		R	H	A	S	P	E	Q	L	E	K	T	V	R	Y	L	T	Q	T	V	H	P	R	S	A	D	N	I	D	N	L	N	R	S	A	E	Y	I	K	E	V	F	V	S	S	G	A	R	.	V	T	S	Q	D	V	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																																																	.							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																																	.							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		E	K	L	D	S	T	D	F	T	S	T	I	K	L	L	N	E	N	S	Y	V	P	R	E	A	G	S	Q	K	D	E	N	L	A	L	Y	V	E	N	E	F	R	E	F	K	L	S	K	V	W	R	D	Q	H	F	V	K	I	Q	V	K	D	S	A	Q	N	S	V	I	I	V	D	K	N	G	R	L	V	Y	L
Template Known Secondary structure						T										T	T	S	G	G	G	S	S			T	T	S																	T	T		S																S	S									S	S	S			S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		133	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		V	E	N	P	G	G	Y	V	A	Y	S	K	A	A	T	V	T	G	K	L	V	H	A	N	F	G	T	K	K	D	F	E	D	L	Y	T	P	V	N	G	S	I	V	I	V	R	A	G	K	I	T	F	A	E	K	V	A	N	A	E	S	L	N	A	I	G	V	L	I	Y	M	D	Q	T	K	F	P	I	V	N
Template Known Secondary structure			B			S	S		B	T	T														T	T	T		T	T	T	T	T	S	S	S	S			T	T	S						S		S	S												T	T										T	T	T	S			S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		213	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		A	E	L	S	F	F	G	H	A	H	L	G	T	G	D	P	Y	T	P	G	F	P	S	F	N	H	T	Q	F	P	P	S	R	S	S	G	L	P	N	I	P	V	Q	T	I	S	R	A	A	A	E	K	L	F	G	N	M	E	G	D	C	P	S	D	W	K	T	D	S	T	C	R	M	V	T	S	E	S	K	N
Template Known Secondary structure		S	S			B		B				S	S	S	S		T	T		S	S	S					S	S	S	S				S		S	S			S	S																T	B		S				S	S	S	S	S		T	T			S	B	B		T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		293	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.
									87	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.			.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.							150	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.																		.	.																																															.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.																		.	.																																															.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	P	I	T	G	G	P	Y	K	N	I	V	A	D	Y	G	P	A	.	.	D	G	P	L	I	I	I	G	A	H	Y	D	S	A	S	S	Y	E	N	D	Q	L	T	Y	T	P	G	A	D	D	N	A	S	G	V	A	G	L	L	E	L	A	R	L	L	H	.	.	.	.	.	.	Q	Q
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.																		.	.																																															.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.																		.	.																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																						.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		V	K	L	T	V	S	N	V	L	K	E	I	K	I	L	N	I	F	G	V	I	K	G	F	V	E	P	D	H	Y	V	V	V	G	A	Q	R	D	A	W	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	P	G	A	A	K	S	G	V	G	T	A	L	L	L	K	L	A	Q	M	F	S	D	M	V	L	K	D	G	F
Template Known Secondary structure																									S	S															S	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.			T	T	T	T																				T	S
Template Predicted Secondary structure																																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		373	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.											.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.
		152	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		V	P	K	T	G	V	Q	L	V	A	Y	A	S	E	E	P	P	F	F	R	S	D	E	M	G	S	A	V	H	A	A	S	L	E	R	P	V	K	L	M	I	A	L	E	M	I	G	Y	Y	D	S	A	P	G	S	Q	N	Y	P	Y	P	A	M	S	W	L	Y	P	D	R	G	D	F	I	A	V	V	G	R	I
Query Conservation
Alig confidence																														.																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																														.																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		Q	P	S	R	S	I	I	F	A	S	W	S	A	G	D	F	G	S	V	G	A	T	E	W	L	E	G	Y	.	L	S	S	L	H	L	K	A	F	T	Y	I	N	L	D	K	A	V	L	G	T	S	N	F	K	V	S	A	S	P	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure				S							B			S	G	G	G	T	S								G	G	G	.	T	T	T												T	T		B	S		S	S								G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																														.																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		443	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470		.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500
		232	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.							.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.		.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																		.	.	.	.	.	.																													.
Query SS confidence																		.	.	.	.	.	.																													.
Query Sequence		Q	D	I	N	A	V	R	Q	V	K	A	A	L	L	S	S	.	.	.	.	.	.	Q	D	L	S	V	Y	S	M	N	T	P	G	F	I	P	G	I	D	F	S	D	H	L	N	Y	W	Q	H	.	D	I	P	A	I	M	I	T	D	T	A	F	Y	R	N	K	Q	Y	H	L	P	G	D	T	A	D	R	L	N
Query Conservation																		.	.	.	.	.	.																													.
Alig confidence		.	.	.														.	.	.	.	.	.																													.
Template Conservation		.	.	.
Template Sequence		.	.	.	L	L	Y	T	L	I	E	K	T	M	Q	N	V	K	H	P	V	T	G	Q	F	L	Y	Q	D	S	N	W	A	S	K	V	E	K	L	T	L	D	N	A	A	F	P	F	L	A	Y	S	G	I	P	A	V	S	F	C	F	C	E	D	T	D	Y	P	Y	L	G	T	T	M	D	T	Y	K	E	L	I
Template Known Secondary structure		.	.	.	G	G									T	T		B		S	S	S	S	S	B	S	S		T	T		S	S				B				T	T	S	T							T	S				B					B			S	S			S	G	G	G	B	T	T
Template Predicted Secondary structure		.	.	.
Template SS confidence
					501	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.
								305	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	Y	Q	K	M	A	Q	V	V	D	G	V	I	T	L	L	Y	N
Query Conservation		.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		E	R	I	P	E	L	N	K	V	A	R	A	A	A	E	V	A	G	Q	F	V	I	K
Template Known Secondary structure		T	S		T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		578	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600