Job Description P03018 Confidence 99.97% Date Thu Jan 5 10:57:53 GMT 2012 Rank 20 Aligned Residues 312 % Identity 23% Template c3e1sA_ PDB info PDB header:hydrolase Chain: A: PDB Molecule:exodeoxyribonuclease v, subunit recd; PDBTitle: structure of an n-terminal truncation of deinococcus radiodurans recd2 Resolution 2.20 Å

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		9	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20			.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure														.	.
Query SS confidence														.	.
Query Sequence		S	L	N	D	K	Q	R	E	A	V	A	A	.	.	P	R	S	N	L	L	V	L	A	G	A	G	S	G	K	T	R	V	L	V	H	R	I	A	W	L	M	S	V	E	N	C	S	P	Y	S	I	M	A	V	T	F	T	N	K	A	A	A	E	M	R	H	R	I	G	Q	L	M	G	T	S	Q	G	G	M	W
Query Conservation														.	.
Alig confidence														.	.																																.	.	.	.																				.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																															.	.	.	.																				.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		G	L	S	E	E	Q	A	S	V	L	D	Q	L	A	G	H	R	L	V	V	L	T	G	G	P	G	T	G	K	S	T	T	T	K	A	V	A	D	L	A	E	S	L	G	L	.	.	.	.	E	V	G	L	C	A	P	T	G	K	A	A	R	R	L	G	E	V	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	R	T
Template Known Secondary structure		T													T	T		S								T	T	S																T	T		.	.	.	.							S	S												.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	S
Template Predicted Secondary structure																																															.	.	.	.																				.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		338	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.					.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.										.	.	.
		87	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		V	G	T	F	H	G	L	A	H	R	L	L	R	A	H	H	M	D	A	N	L	P	Q	D	F	Q	I	L	D	S	E	D	Q	L	R	L	L	K	R	L	I	K	A	M	N	L	D	E	K	Q	W	P	P	R	Q	A	M	W	Y	I	N	S	Q	K	D	E	G	L	R	P	H	H	I	Q	S	Y	G	N	P	V
Query Conservation
Alig confidence																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		A	S	T	V	H	R	L	L	G	Y	G	P	Q	G	F	R	H	N	H	L	E	P	A	P	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure									T	T			T	T			S		S	S	S	S			S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		405	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.
		167	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		E	Q	T	W	Q	K	V	Y	Q	A	Y	Q	E	A	C	D	R	A	G	L	V	D	F	A	E	L	L	L	R	A	H	E	L	W	L	N	K	P	H	I	L	Q	H	Y	R	E	R	F	T	N	I	L	V	D	E	F	Q	D	T	N	N	I	Q	Y	A	W	I	R	L	L	A	G	D	T	G	K	V	M	I	V
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Y	D	L	L	I	V	D	E	V	S	M	M	G	D	A	L	M	L	S	L	L	A	A	V	P	P	G	A	R	V	L	L	V
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.		S							G	G	G											T	T	S		T	T
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																																																	429	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.
		247	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.			.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																									.	.
Query SS confidence																																									.	.
Query Sequence		G	D	D	D	Q	S	I	Y	G	W	R	G	A	Q	V	E	N	I	Q	R	F	L	N	D	F	P	G	A	E	T	I	R	L	E	Q	N	Y	R	S	.	.	T	S	N	I	L	S	A	A	N	A	L	I	E	N	N	N	G	R	L	G	K	K	L	W	T	D	G	A	D	G	E	P	I	S	L	Y	C	A	F
Query Conservation																																									.	.
Alig confidence																							.	.	.	.	.	.													.	.																																.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																							.	.	.	.	.	.																																														.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		G	D	T	D	Q	L	P	P	V	D	A	G	L	P	L	L	A	L	A	Q	A	.	.	.	.	.	.	A	P	T	I	K	L	T	Q	V	Y	R	Q	A	A	K	N	P	I	I	Q	A	A	H	G	L	L	H	G	E	A	P	A	W	G	D	K	R	L	N	L	T	E	I	E	P	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure				T	T	S				S	S	S											.	.	.	.	.	.	S														T												T	T							B	T	T								S	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																							.	.	.	.	.	.																																														.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		462	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.							.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.
		325	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.							.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																			.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																			.	.	.	.	.	.
Query Sequence		N	E	L	D	E	A	R	F	V	V	N	R	I	K	T	W	Q	D	N	G	G	A	L	A	E	C	A	I	L	Y	R	S	N	.	.	.	.	.	.	A	Q	S	R	V	L	E	E	A	L	L	Q	A	S	M	P	Y	R	I	Y	G	G	M	R	F	F	E	R	Q	E	I	K	D	A	L	S	Y	L	R	L	I
Query Conservation																																			.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.																												.	.	.	.	.	.																																							.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.																																																																								.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	D	G	G	A	R	R	V	A	L	M	V	R	E	L	G	G	P	G	A	V	Q	V	L	T	P	M	R	K	G	P	L	G	M	D	H	L	N	Y	H	L	Q	A	L	F	N	P	G	E	G	G	V	R	I	A	E	G	E	A	R	P	G	D	T	V	V	Q	T	K	N	D	Y	.	.	.
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	T	T												T	T	S	G	G	G						S		S	S	S	T	T	S													S			S						S	S	S				T	T							S		B	T	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.																																																																								.	.	.
Template SS confidence
								528	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.
		399	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		A	N	R	N	D	D	A	A	F	E	R	V	V	N	T	P	T	R	G	I	G	D	R	T	L	D	V	V	R	Q	T	S	R	D	R	Q	L	T	L	W	Q	A	C	R	E	L	L	Q	E	K	A	L	A	G	R	A	A	S	A	L	Q	R	F	M	E	L	I	D	A	L	A	Q	E	T	A	D	M	P	L	H
Query Conservation
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		479	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																																															.	.	.
Query SS confidence																																																																															.	.	.
Query Sequence		V	Q	T	D	R	V	I	K	D	S	G	L	R	T	M	Y	E	Q	E	K	G	E	K	G	Q	T	R	I	E	N	L	E	E	L	V	T	A	T	R	Q	F	S	Y	N	E	E	D	E	D	L	M	P	L	Q	A	F	L	S	H	A	A	L	E	A	G	E	G	Q	A	D	T	W	Q	D	A	V	Q	.	.	.
Query Conservation																																																																															.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	N	N	E	I	F	N	G	T	L	G	M	V	L	K	A	E
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	T	T	B		T	T
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																																																																		599	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.
																													556	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	M	T	L	H	S	A	K	G	L	E	F	P	Q	V	F	I	V	G	M	E	E	G	M	F	P	S	Q	M	S	L	D	E	G	G	R	L	E	E	E	R	R	L	A	Y	V	G	V	T	R	A	M	Q
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		G	A	R	L	T	V	D	F	D	G	N	V	V	E	L	T	G	A	E	L	F	N	L	Q	L	G	Y	A	L	T	V	H	R	A	Q	G	S	E	W	G	T	V	L	G	V	L	H	E	A	H	M	P	M	L	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	R	N	L	V	Y	T	A	L	T	R	A	R	D
Template Known Secondary structure		S	S							T	T							G	G	G	G	T	T					S								T	T												G	G	G	G	G	G			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.										T
Template Predicted Secondary structure																																																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		615	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.													670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.
		609	610	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		K	L	T	L	T	Y	A
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		R	F	F	S	A	G	S
Template Known Secondary structure
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		683	.	.	.	.	.	.