Job Description P03018 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 10:57:53 GMT 2012 Rank 15 Aligned Residues 358 % Identity 22% Template c2xzlA_ PDB info PDB header:hydrolase/rna Chain: A: PDB Molecule:atp-dependent helicase nam7; PDBTitle: upf1-rna complex Resolution 2.40 Å

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		9	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20			.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure														.	.
Query SS confidence														.	.
Query Sequence		S	L	N	D	K	Q	R	E	A	V	A	A	.	.	P	R	S	N	L	L	V	L	A	G	A	G	S	G	K	T	R	V	L	V	H	R	I	A	W	L	M	S	V	E	N	C	S	P	Y	S	I	M	A	V	T	F	T	N	K	A	A	A	E	M	R	H	R	I	G	Q	L	M	G	T	S	Q	G	G	M	W
Query Conservation														.	.
Alig confidence														.	.																																.	.	.																								.	.	.
Template Conservation																																															.	.	.																								.	.	.
Template Sequence		Q	L	N	S	S	Q	S	N	A	V	S	H	V	L	Q	R	P	L	S	L	I	Q	G	P	P	G	T	G	K	T	V	T	S	A	T	I	V	Y	H	L	S	K	I	H	K	.	.	.	D	R	I	L	V	C	A	P	S	N	V	A	V	D	H	L	A	A	K	L	R	D	L	.	.	.	G	L	K	V	V	R
Template Known Secondary structure															T	T		S							S	T	T	S	S																		.	.	.								S	S														T	.	.	.	T
Template Predicted Secondary structure																																															.	.	.																								.	.	.
Template SS confidence
		408	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.				.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.				.	.	.	.	480	.
		87	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		V	G	T	F	H	G	L	A	H	R	L	L	R	A	H	H	M	D	A	N	L	P	Q	D	F	Q	I	L	D	S	E	D	Q	L	R	L	L	K	R	L	I	K	A	M	N	L	D	E	K	Q	W	P	P	R	Q	A	M	W	Y	I	N	S	Q	K	D	E	G	L	R	P	H	H	I	Q	S	Y	G	N	P	V
Query Conservation
Alig confidence					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		L	T	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	K	S	R	E	D	V	E	S	S	V	S	N	L	A	L	H	N	L	V
Template Known Secondary structure					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	G	G	T	T	S			T	T	G	G	G	B
Template Predicted Secondary structure					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		482	.	.																																																											.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.
		167	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.																.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.
Predicted Secondary structure																																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		E	Q	T	W	Q	K	V	Y	Q	A	Y	Q	E	A	C	D	R	A	G	L	V	D	F	A	E	L	L	L	R	A	H	E	L	W	L	N	K	P	H	I	L	Q	H	Y	R	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	E	R	F	T	N	I	L	V	D	E	F	Q	D	T	N	N	I	Q	Y	A
Query Conservation																																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																				.
Template Conservation																																																																																	.
Template Sequence		G	R	G	A	K	G	E	L	K	N	L	L	K	L	K	D	E	V	G	E	L	S	A	S	D	T	K	R	F	V	K	L	V	R	K	T	E	A	E	I	L	N	K	A	D	V	V	C	C	T	C	V	G	A	G	D	K	R	L	D	T	K	F	R	T	V	L	I	D	E	S	T	Q	A	S	E	P	E	C	.
Template Known Secondary structure			T	T			T													S																								T		S						T	T	G	G	G		T	T			S			S					T	T	G	G	G	S						.
Template Predicted Secondary structure																																																																																	.
Template SS confidence
		504	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.
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Predicted Secondary structure																												.	.	.	.	.	.	.																																															.
Query SS confidence																												.	.	.	.	.	.	.																																															.
Query Sequence		W	I	R	L	L	A	G	D	T	G	K	V	M	I	V	G	D	D	D	Q	S	I	Y	G	W	R	.	.	.	.	.	.	.	G	A	Q	V	E	N	I	Q	R	F	L	N	D	F	P	G	A	E	T	I	R	L	E	Q	N	Y	R	S	T	S	N	I	L	S	A	A	N	A	L	I	E	N	N	N	G	R	.
Query Conservation																												.	.	.	.	.	.	.																																															.
Alig confidence		.																										.	.	.	.	.	.	.														.	.																																.
Template Conservation		.																																														.	.
Template Sequence		.	L	I	P	I	V	K	G	A	K	Q	V	I	L	V	G	D	H	Q	Q	L	G	P	V	I	L	E	R	K	A	A	D	A	G	L	K	Q	S	L	F	E	R	L	I	S	L	.	.	G	H	V	P	I	R	L	E	V	Q	Y	R	M	N	P	Y	L	S	E	F	P	S	N	M	F	Y	E	G	S	L	Q	N
Template Known Secondary structure		.					T	T	T	B	S								T	T	S													T	T	T	T										T	.	.	T											S	S													S	T	T
Template Predicted Secondary structure		.																																														.	.
Template SS confidence
			583	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.			.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.
										304	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.													.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	L	G	K	K	L	W	T	D	G	A	D	G	E	P	I	S	L	Y	C	A	F	N	E	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	D	E	A	R	F	V	V	N	R	I	K	T	W	Q	D	N	G	G	A	L	A	E	C	A	I	L	Y	R	S	N	A	Q	S	R	V	L
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		G	V	T	I	E	Q	R	T	V	P	N	S	K	F	P	W	P	I	R	G	I	P	M	M	F	W	A	N	Y	G	R	E	E	I	S	A	N	G	T	S	F	L	N	R	I	E	A	M	N	C	E	R	I	I	T	K	L	F	R	D	G	V	K	P	E	Q	I	G	V	I	T	P	Y	E	G	Q	R	A	Y	I
Template Known Secondary structure		S	S		T	T	T	T			T	T						S	S	T	T																T	T	S	S	S																				T	T			G	G	G						S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.	.	.	.	.	.	.	730	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		364	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		E	E	A	L	L	Q	A	S	M	P	Y	R	I	Y	G	G	M	R	F	F	E	R	Q	E	I	K	D	A	L	S	Y	L	R	L	I	A	N	R	N	D	D	A	A	F	E	R	V	V	N	T	P	T	R	G	I	G	D	R	T	L	D	V	V	R	Q	T	S	R	D	R	Q	L	T	L	W	Q	A	C	R	E
Query Conservation
Alig confidence																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		L	Q	Y	M	Q	M	N	G	S	L	D	K	D	L	Y	I	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure										S	S							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		740	.	.	.	.	.	.	.	.	.	750	.	.	.	.	.
		444	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		L	L	Q	E	K	A	L	A	G	R	A	A	S	A	L	Q	R	F	M	E	L	I	D	A	L	A	Q	E	T	A	D	M	P	L	H	V	Q	T	D	R	V	I	K	D	S	G	L	R	T	M	Y	E	Q	E	K	G	E	K	G	Q	T	R	I	E	N	L	E	E	L	V	T	A	T	R	Q	F	S	Y	N	E
Query Conservation
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		524	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		E	D	E	D	L	M	P	L	Q	A	F	L	S	H	A	A	L	E	A	G	E	G	Q	A	D	T	W	Q	D	A	V	Q	L	M	T	L	H	S	A	K	G	L	E	F	P	Q	V	F	I	V	G	M	E	E	G	M	F	P	S	Q	M	S	L	D	E	G	G	R	L	E	E	E	R	R	L	A	Y	V	G	V
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																											.	.	.	.	.	.															.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																											.	.	.	.	.	.															.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	K	V	E	V	A	S	V	D	A	F	Q	G	R	E	K	D	Y	I	I	L	S	C	V	R	A	N	.	.	.	.	.	.	E	Q	Q	A	I	G	F	L	R	D	P	R	R	L	.	N	V	G	L
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	S									T	T															.	.	.	.	.	.	T	T				G	G	G	G						.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																											.	.	.	.	.	.															.
Template SS confidence
																															756	.	.	.	760	.	.	.	.	.	.	.	.	.	770	.	.	.	.	.	.	.	.	.	780	.							.	.	.	.	.	.	.	.	790	.	.	.	.	.		.	.	.	.
		604	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		T	R	A	M	Q	K	L	T	L	T	Y
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		T	R	A	K	Y	G	L	V	I	L	G
Template Known Secondary structure		S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		800	.	.	.	.	.	.	.	.	.	810