Job Description P03018 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 10:57:53 GMT 2012 Rank 8 Aligned Residues 596 % Identity 16% Template c1w36F_ PDB info PDB header:recombination Chain: F: PDB Molecule:exodeoxyribonuclease v gamma chain; PDBTitle: recbcd:dna complex Resolution 3.1 Å

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		33	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.			.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110
Predicted Secondary structure																								.	.
Query SS confidence																								.	.
Query Sequence		S	G	K	T	R	V	L	V	H	R	I	A	W	L	M	S	V	E	N	C	S	P	.	.	Y	S	I	M	A	V	T	F	T	N	K	A	A	A	E	M	R	H	R	I	G	Q	L	M	G	T	S	Q	G	G	M	W	V	G	T	F	H	G	L	A	H	R	L	L	R	A	H	H	M	D	A	N	L	P	Q	D
Query Conservation																								.	.
Alig confidence																								.	.																										.																						.	.	.
Template Conservation																																																			.																						.	.	.
Template Sequence		S	N	R	L	D	V	L	E	A	L	M	E	F	I	V	E	R	E	R	L	D	D	P	F	E	P	E	M	I	L	V	Q	S	T	G	M	A	Q	W	L	Q	M	T	L	S	Q	K	F	G	.	I	A	A	N	I	D	F	P	L	P	A	S	F	I	W	D	M	F	V	R	V	.	.	.	L	P	E	I	P	K
Template Known Secondary structure			S															S	S					S	S				B				S	S														T	T	S	.						B																.	.	.	S	S	S			S
Template Predicted Secondary structure																																																			.																						.	.	.
Template SS confidence
		7	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.		.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.				.	.	.	80	.	.
		111	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140														.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.			.	.	.	.	160									.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																.	.						.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																.	.						.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		F	Q	I	L	D	S	E	D	Q	L	R	L	L	K	R	L	I	K	A	M	N	L	D	E	K	Q	W	P	P	R	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Q	A	M	W	Y	I	N	S	Q	K	D	E	G	L	R	.	.	P	H	H	I	Q	.	.	.	.	.	.	.	.	S	Y	G	N	P	V	E
Query Conservation																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																.	.						.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																.	.						.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		E	S	A	F	N	K	Q	S	M	S	W	K	L	M	T	L	L	P	Q	L	L	E	R	E	D	F	T	L	L	R	H	Y	L	T	D	D	S	D	K	R	K	L	F	Q	L	S	S	K	A	A	D	L	F	D	Q	Y	L	V	Y	R	P	D	W	L	A	Q	W	E	T	G	H	L	V	E	G	L	G	E	A	Q
Template Known Secondary structure		S		T	T																		S	S	S	T	T							S	S	S	S		S	S																		T	T	S	S								T	T	T				T	T			T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		83	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.
		168	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.			.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																				.	.
Query SS confidence																				.	.
Query Sequence		Q	T	W	Q	K	V	Y	Q	A	Y	Q	E	A	C	D	R	A	G	.	.	L	V	D	F	A	E	L	L	L	R	A	H	E	L	W	L	N	K	P	H	I	L	Q	H	Y	R	E	R	F	T	N	I	L	V	D	E	F	Q	D	T	N	N	I	Q	Y	A	W	I	R	L	L	A	G	D	T	G	K	V	M	I
Query Conservation																				.	.
Alig confidence																				.	.																													.	.	.
Template Conservation																																																		.	.	.
Template Sequence		A	W	Q	A	P	L	W	K	A	L	V	E	Y	T	H	Q	L	G	Q	P	R	W	H	R	A	N	L	Y	Q	R	F	I	E	T	L	E	S	A	T	T	C	P	P	G	L	P	S	R	.	.	.	V	F	I	C	G	I	S	A	L	P	P	V	Y	L	Q	A	L	Q	A	L	G	K	H	I	E	I	H	L	L
Template Known Secondary structure																		T	T						S													S		T	T				S			S		.	.	.					S																T	T	T	S
Template Predicted Secondary structure																																																		.	.	.
Template SS confidence
		163	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210				.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		246									.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.											.	.	.
Predicted Secondary structure			.	.	.	.	.	.	.	.																																																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence			.	.	.	.	.	.	.	.																																																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		V	.	.	.	.	.	.	.	.	G	D	D	D	Q	S	I	Y	G	W	R	G	A	Q	V	E	N	I	Q	R	F	L	N	D	F	P	G	A	E	T	I	R	L	E	Q	N	Y	R	S	T	S	N	I	L	S	A	A	N	A	L	I	E	N	N	N	G	R	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	K	K
Query Conservation			.	.	.	.	.	.	.	.																																																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence			.	.	.	.	.	.	.	.																																																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		F	T	N	P	C	R	Y	Y	W	G	D	V	G	N	P	L	L	A	S	W	G	K	L	G	R	D	Y	I	Y	L	L	S	D	L	E	S	S	Q	E	L	D	A	F	V	D	V	T	P	D	N	L	L	H	N	I	Q	S	D	I	L	E	L	E	N	R	A	V	A	G	V	N	I	E	E	F	S	R	S	D	N
Template Known Secondary structure					S		S	S						S								T											T	T		S	S												S		S												T									S								T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		308	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.			.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.		.	360	.	.	.	.	.	.	.					.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380
Predicted Secondary structure																																					.	.																	.										.	.	.	.
Query SS confidence																																					.	.																	.										.	.	.	.
Query Sequence		L	W	T	D	G	A	D	G	E	P	I	S	L	Y	C	A	F	N	E	L	D	E	A	R	F	V	V	N	R	I	K	T	W	Q	D	.	.	N	G	G	A	L	A	E	C	A	I	L	Y	R	S	N	A	.	Q	S	R	V	L	E	E	A	L	.	.	.	.	L	Q	A	S	M	P	Y	R	I	Y	G	G	M
Query Conservation																																					.	.																	.										.	.	.	.
Alig confidence																																					.	.																	.										.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		K	R	P	L	D	P	L	D	S	S	I	T	F	H	V	C	H	S	P	Q	R	E	V	E	V	L	H	D	R	L	L	A	M	L	E	E	D	P	T	L	T	P	R	D	I	I	V	M	V	A	D	I	D	S	Y	S	P	F	I	Q	A	V	F	G	S	A	P	A	D	R	Y	L	P	Y	A	I	S	D	R	R
Template Known Secondary structure		S					T	T			S	S						S	S																			S	T	T			G	G	G						T	T												T	S			S	S	T	T								S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		364	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.
		381	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.					.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																				.	.	.	.																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																				.	.	.	.																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		R	F	F	E	R	Q	E	I	K	D	A	L	S	Y	L	R	L	I	A	N	R	N	D	D	A	A	F	E	R	V	V	N	T	P	.	.	.	.	T	R	G	I	G	D	R	T	L	D	V	V	R	Q	T	S	R	D	R	Q	L	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																																				.	.	.	.																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																				.	.	.	.																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		A	R	Q	S	H	P	V	L	E	A	F	I	S	L	L	S	L	P	D	S	R	F	V	S	E	D	V	L	A	L	L	D	V	P	V	L	A	A	R	F	D	I	T	E	E	G	L	R	Y	L	R	Q	W	V	N	E	S	G	I	R	W	G	I	D	D	D	N	V	R	E	L	E	L	P	A	T	G	Q	H	T
Template Known Secondary structure		T	T	T	T											T	T	G	G	G												T	T	S							T	T																	T			S		S								T	T					S	S	S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		444	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.
																					437	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	W	Q	A	C	R	E	L	L	Q	E	K	A	L	A	G	R	A	A	S	A	L	Q	R	F	M	E	L	I	D	A	L	A	Q	E	T	A	D	M	P	L	H	V	Q	T	D	R	V	I	K	D	S	G	L	R	T	M	Y	E	Q	E
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																					.	.
Template Conservation																																																																									.	.
Template Sequence		W	R	F	G	L	T	R	M	L	L	G	Y	A	M	E	S	A	Q	G	E	W	Q	S	V	L	P	Y	D	E	S	S	G	L	I	A	E	L	V	G	H	L	A	S	L	L	M	Q	L	N	I	W	R	R	G	L	A	Q	E	R	P	L	E	E	W	L	P	V	C	R	D	M	.	.	L	N	A	F	F	L	P
Template Known Secondary structure														S	S		S	T	T			S	S	S					T	T	S		S	S	T																					S	S	S								T	T						.	.
Template Predicted Secondary structure																																																																									.	.
Template SS confidence
		524	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.			.	.	.	.	.	600	.
		498	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.			.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																														.	.
Query SS confidence																														.	.
Query Sequence		K	G	E	K	G	Q	T	R	I	E	N	L	E	E	L	V	T	A	T	R	Q	F	S	Y	N	E	E	D	.	.	E	D	L	M	P	L	Q	A	F	L	S	H	A	A	L	E	A	G	E	G	Q	A	D	T	W	Q	D	A	V	Q	L	M	T	L	H	S	A	K	G	L	E	F	P	Q	V	F	I	V	G	M
Query Conservation																														.	.
Alig confidence																														.	.																										.
Template Conservation																																																									.
Template Sequence		D	A	E	T	E	A	A	M	T	L	I	E	Q	Q	W	Q	A	I	I	A	E	G	L	G	A	Q	Y	G	D	A	V	P	L	S	L	L	R	D	E	L	A	Q	R	L	D	Q	E	R	I	S	Q	R	F	L	A	.	G	P	V	N	I	C	T	L	M	P	M	R	S	I	P	F	K	V	V	C	L	L	G	M
Template Known Secondary structure			S																							T	T			S																						T	T	T	T	S	.	S	S								T	T
Template Predicted Secondary structure																																																									.
Template SS confidence
		602	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.		.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680
		576	.	.	.	580	.	.	.	.													.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640
Predicted Secondary structure											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		E	E	G	M	F	P	S	Q	M	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	L	D	E	G	G	R	L	E	E	E	R	R	L	A	Y	V	G	V	T	R	A	M	Q	K	L	T	L	T	Y	A	E	T	R	R	L	Y	G	K	E	V	Y	H	R	P	S	R	F	I	G	E	L	P	E	E	C
Query Conservation											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																											.	.
Template Conservation																																																																	.	.
Template Sequence		N	D	G	V	Y	P	R	Q	L	A	P	L	G	F	D	L	M	S	Q	K	P	K	R	G	D	R	S	R	R	D	D	D	R	Y	L	F	L	E	A	L	I	S	A	Q	Q	K	L	Y	I	S	Y	I	G	R	S	I	Q	D	N	S	E	R	F	.	.	P	S	V	L	V	Q	E	L	I	D	Y	I
Template Known Secondary structure		B	T	T	T	S	S							S	S						S			T	T																														B		S	S	S			B			.	.	B
Template Predicted Secondary structure																																																																	.	.
Template SS confidence
		681	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.	.	.	.	.	.	.	730	.	.	.	.	.	.	.	.	.	740	.	.	.			.	.	.	.	.	.	750	.	.	.	.	.