Job Description P03018 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 10:57:53 GMT 2012 Rank 4 Aligned Residues 569 % Identity 25% Template c1w36E_ PDB info PDB header:recombination Chain: E: PDB Molecule:exodeoxyribonuclease v beta chain; PDBTitle: recbcd:dna complex Resolution 3.1 Å

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		22	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.									.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.
Predicted Secondary structure																													.	.	.	.	.	.	.	.																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																													.	.	.	.	.	.	.	.																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		R	S	N	L	L	V	L	A	G	A	G	S	G	K	T	R	V	L	V	H	R	I	A	W	L	M	S	.	.	.	.	.	.	.	.	V	E	N	C	S	P	Y	S	I	M	A	V	T	F	T	N	K	A	A	A	E	M	R	H	R	I	G	Q	L	M	G	T	S	Q	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																													.	.	.	.	.	.	.	.																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																													.	.	.	.	.	.	.	.																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		Q	G	E	R	L	I	E	A	S	A	G	T	G	K	T	F	T	I	A	A	L	Y	L	R	L	L	L	G	L	G	G	S	A	A	F	P	R	P	L	T	V	E	E	L	L	V	V	T	F	T	E	A	A	T	A	E	L	R	G	R	I	R	S	N	I	H	E	L	R	I	A	C	L	R	E	T	T	D	N	P
Template Known Secondary structure		S	S								T	T	S															T	T		S	S	T	T	S		S	S				G	G	G						S																									S	S				S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		16	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.
																												83	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	G	M	W	V	G	T	F	H	G	L	A	H	R	L	L	R	A	H	H	M	D	A	N	L	P	Q	D	F	Q	I	L	D	S	E	D	Q	L	R	L	L	K	R	L	I	K	A	M	N	L	D	E	K	Q
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																					.	.
Template Conservation																																																																.	.
Template Sequence		L	Y	E	R	L	L	E	E	I	D	D	K	A	Q	A	A	Q	W	L	L	L	A	E	R	Q	M	D	E	A	A	V	F	T	I	H	G	F	C	Q	R	M	L	N	L	N	A	F	E	S	G	M	L	F	E	Q	Q	L	I	E	D	E	S	.	.	L	L	R	Y	Q	A	C	A	D	F	W	R	R	H	C	Y
Template Known Secondary structure											S																G	G	G		S															T					T			S	S									.	.																T
Template Predicted Secondary structure																																																																.	.
Template SS confidence
		96	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.			.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.
		137	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		W	P	P	R	Q	A	M	W	Y	I	N	S	Q	K	D	E	G	L	R	P	H	H	I	Q	S	Y	G	N	P	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence											.	.	.																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation											.	.	.
Template Sequence		P	L	P	R	E	I	A	Q	V	.	.	.	V	F	E	T	W	K	G	P	Q	A	L	L	R	D	I	N	R	Y	L	Q	G	E	A	P	V	I	K	A	P	P	P	D	D	E	T	L	A	S	R	H	A	Q	I	V	A	R	I	D	T	V	K	Q	Q	W	R	D	A	V	G	E	L	D	A	L	I	E	S	S
Template Known Secondary structure		T									.	.	.			T	T		S	S									T	T	T	T	S	S	S						S				T	T																				T	T	S			S	S								S	S
Template Predicted Secondary structure											.	.	.
Template SS confidence
		174	.	.	.	.	.	180	.	.				.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250
																																																															166	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	V	E	Q	T	W	Q	K	V	Y	Q	A	Y	Q	E	A	C	D	R	A
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		G	I	D	R	R	K	F	N	R	S	N	Q	A	K	W	I	D	K	I	S	A	W	A	E	E	E	T	N	S	Y	Q	L	P	E	S	L	E	K	P	R	H	P	L	F	E	A	I	D	Q	L	L	A	E	P	L	S	I	R	D	L	V	I	T	R	A	L	A	E	I	R	E	T	V	A	R	E	K	R	R	R
Template Known Secondary structure		S		S											S			S	S				S							T	T	S	S	T	T	T	T	T						S		T	T					T	T	S				S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		251	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330
		185	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.			.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.			.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260
Predicted Secondary structure																				.	.																																				.	.
Query SS confidence																				.	.																																				.	.
Query Sequence		G	L	V	D	F	A	E	L	L	L	R	A	H	E	L	W	L	N	.	.	K	P	H	I	L	Q	H	Y	R	E	R	F	T	N	I	L	V	D	E	F	Q	D	T	N	N	I	Q	Y	A	W	I	R	L	L	A	.	.	G	D	T	G	K	V	M	I	V	G	D	D	D	Q	S	I	Y	G	W	R	G	A	Q
Query Conservation																				.	.																																				.	.
Alig confidence																				.	.																																				.	.
Template Conservation
Template Sequence		G	E	L	G	F	D	D	M	L	S	R	L	D	S	A	L	R	S	E	S	G	E	V	L	A	A	A	I	R	T	R	F	P	V	A	M	I	D	E	F	Q	D	T	D	P	Q	Q	Y	R	I	F	R	R	I	W	H	H	Q	P	E	T	A	L	L	L	I	G	D	P	K	Q	A	I	Y	A	F	R	G	A	D
Template Known Secondary structure		T																	S	T	T													S						S	G	G	G														T	T		T	T									G	G	G				T	T	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		347	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.
		261	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.																										.	.
Predicted Secondary structure																																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		V	E	N	I	Q	R	F	L	N	D	F	P	G	A	E	T	I	R	L	E	Q	N	Y	R	S	T	S	N	I	L	S	A	A	N	A	L	I	E	N	N	N	G	R	L	G	K	K	L	W	T	D	G	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	G
Query Conservation																																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence														.	.																																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation														.	.
Template Sequence		I	F	T	Y	M	K	A	R	S	E	V	H	.	.	A	H	Y	T	L	D	T	N	W	R	S	A	P	G	M	V	N	S	V	N	K	L	F	S	Q	T	D	D	A	F	M	F	R	E	I	P	F	I	P	V	K	S	A	G	K	N	Q	A	L	R	F	V	F	K	G	E	T	Q	P	A	M	K	M	W	L	M
Template Known Secondary structure														.	.									T	T	S												T	T	S	S	S	S	T	T	S	S	T	T	S									G	G	G	T	T						T	T					S
Template Predicted Secondary structure														.	.
Template SS confidence
		427	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.			.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.
		316	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.																.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.		.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																															.
Query SS confidence																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																															.
Query Sequence		E	P	I	S	L	Y	C	A	F	N	E	L	D	E	A	R	F	V	V	N	R	I	K	T	W	Q	D	N	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	A	L	A	E	C	A	I	L	Y	R	S	N	A	Q	S	R	V	L	E	E	A	L	L	Q	A	S	M	P	Y	.	R	I	Y	G	G
Query Conservation																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																															.
Alig confidence																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																															.
Template Conservation
Template Sequence		E	G	E	S	C	G	V	G	D	Y	Q	S	T	M	A	Q	V	C	A	A	Q	I	R	D	W	L	Q	A	G	Q	R	G	E	A	L	L	M	N	G	D	D	A	R	P	V	R	A	S	D	I	S	V	L	V	R	S	R	Q	E	A	A	Q	V	R	D	A	L	T	L	L	E	I	P	S	V	Y	L	S	N	R
Template Known Secondary structure			S	S				T	T																							T	T							T	T							G	G	G						S	S													T	T	T						T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		505	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.
		380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		M	R	F	F	E	R	Q	E	I	K	D	A	L	S	Y	L	R	L	I	A	N	R	N	D	D	A	A	F	E	R	V	V	N	T	P	T	R	G	I	G	D	R	T	L	D	V	V	R	Q	T	S	R	D	R	Q	L	T	L	W	Q	A	C	R	E	L	L	Q	E	K	A	L	A	G	R	A	A	S	A	L	Q
Query Conservation
Alig confidence																																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		D	S	V	F	E	T	L	E	A	Q	E	M	L	W	L	L	Q	A	V	M	T	P	E	R	E	N	T	L	R	S	A	L	A	T	S	M	M	G	L	N	A	L	D	I	E	T	L	N	N	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	E	H	A	W	D
Template Known Secondary structure			B	G	G	G	S	S													T		T	T	S										S	G	G	G	T												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		585	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.																										.	.	.	.	.	.
		460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		R	F	M	E	L	I	D	A	L	A	Q	E	T	A	D	M	P	L	H	V	Q	T	D	R	V	I	K	D	S	G	L	R	T	M	Y	E	Q	E	K	G	E	K	G	Q	T	R	I	E	N	L	E	E	L	V	T	A	T	R	Q	F	S	Y	N	E	E	D	E	D	L	M	P	L	Q	A	F	L	S	H	A	A
Query Conservation
Alig confidence																																										.	.																								.	.
Template Conservation																																										.	.																								.	.
Template Sequence		V	V	V	E	E	F	D	G	Y	R	Q	I	W	R	K	R	G	V	M	P	M	L	R	A	L	M	S	A	R	N	I	A	E	N	L	L	A	T	A	G	.	.	G	E	R	R	L	T	D	I	L	H	I	S	E	L	L	Q	E	A	G	T	Q	L	E	.	.	S	E	H	A	L	V	R	W	L	S	Q	H	I
Template Known Secondary structure																														T	T							T	S	S	S	.	.																			G	G	G		S	.	.
Template Predicted Secondary structure																																										.	.																								.	.
Template SS confidence
		640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.			680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.			.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.
		540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550							.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.																						.	.	590	.	.
Predicted Secondary structure													.	.	.	.	.	.																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence													.	.	.	.	.	.																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		L	E	A	G	E	G	Q	A	D	T	W	.	.	.	.	.	.	Q	D	A	V	Q	L	M	T	L	H	S	A	K	G	L	E	F	P	Q	V	F	I	V	G	M	E	E	G	M	F	P	S	Q	M	S	L	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	E	G	G	R	L
Query Conservation													.	.	.	.	.	.																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence													.	.	.	.	.	.																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		L	E	P	D	S	N	A	S	S	Q	Q	M	R	L	E	S	D	K	H	L	V	Q	I	V	T	I	H	K	S	K	G	L	E	Y	P	L	V	W	L	P	F	I	T	N	F	R	V	Q	E	Q	A	F	Y	H	D	R	H	S	F	E	A	V	L	D	L	N	A	A	P	E	S	V	D	L	A	E	A	E	R	L
Template Known Secondary structure			S					S	T	T	B					T	T	G	G	G	S										T	T									T	T	T	T							S						T	T	T							S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		716	.	.	.	720	.	.	.	.	.	.	.	.	.	730	.	.	.	.	.	.	.	.	.	740	.	.	.	.	.	.	.	.	.	750	.	.	.	.	.	.	.	.	.	760	.	.	.	.	.	.	.	.	.	770	.	.	.	.	.	.	.	.	.	780	.	.	.	.	.	.	.	.	.	790	.	.	.	.	.
		593	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		E	E	E	R	R	L	A	Y	V	G	V	T	R	A	M	Q	K	L	T	L	T	Y	A	E	T	R	R	L	Y	G	K	E	V	Y
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		A	E	D	L	R	L	L	Y	V	A	L	T	R	S	V	W	H	C	S	L	G	V	A	P	L	V	R	R	R	G	D	K	K	G
Template Known Secondary structure														S															S		S			S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		796	.	.	.	800	.	.	.	.	.	.	.	.	.	810	.	.	.	.	.	.	.	.	.	820	.	.	.	.	.	.	.	.	.