Job Description P06988 Confidence 98.94% Date Thu Jan 5 10:59:46 GMT 2012 Rank 6 Aligned Residues 338 % Identity 19% Template c3k2wD_ PDB info PDB header:oxidoreductase Chain: D: PDB Molecule:betaine-aldehyde dehydrogenase; PDBTitle: crystal structure of betaine-aldehyde dehydrogenase from2 pseudoalteromonas atlantica t6c Resolution 1.90 Å

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		9	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		W	N	S	C	T	A	E	Q	Q	R	Q	L	L	M	R	P	A	I	S	A	S	E	S	I	T	R	T	V	N	D	I	L	D	N	V	K	A	R	G	D	E	A	L	R	E	Y	S	A	K	F	D	K	T	T	V	T	A	L	K	V	S	A	E	E	I	A	A	A	S	E	R	L	S	D	E	L	K	Q	A	M
Query Conservation
Alig confidence																																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		W	A	K	L	T	A	R	T	R	Q	N	M	L	R	T	F	A	N	K	I	R	E	N	K	H	I	L	A	P	M	L	V	A	E	Q	G	K	L	L	S	V	A	E	M	E	V	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	V	T	A	T	F	I
Template Known Secondary structure					S																			T																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		64	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110																												.	.	.	.	.	.
		89	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.		140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.			.	.	.
Predicted Secondary structure																																																					.																								.	.
Query SS confidence																																																					.																								.	.
Query Sequence		A	V	A	V	K	N	I	E	T	F	H	T	A	Q	K	L	P	P	V	D	V	E	T	Q	P	G	V	R	C	Q	Q	V	T	R	P	V	A	S	V	G	L	Y	I	P	G	G	S	A	P	L	F	.	S	T	V	L	M	L	A	T	P	A	S	I	A	G	C	K	K	V	V	L	C	S	P	.	.	P	P	I
Query Conservation																																																					.																								.	.
Alig confidence										.	.	.	.	.																																.	.	.					.																								.	.
Template Conservation										.	.	.	.	.																																.	.	.
Template Sequence		D	Y	G	C	D	N	A	L	.	.	.	.	.	T	I	E	G	D	I	L	P	S	D	N	Q	D	E	K	I	Y	I	H	K	V	P	R	G	V	V	V	G	I	T	A	.	.	.	W	N	F	P	L	A	L	A	G	R	K	I	G	P	A	L	I	T	G	N	T	M	V	L	K	P	T	Q	E	T	P	L	A
Template Known Secondary structure							T	T	T	.	.	.	.	.	T									S	S	T	T											S								.	.	.	S	S	S															T	T									S	S	S
Template Predicted Secondary structure										.	.	.	.	.																																.	.	.
Template SS confidence
		117	.	.	120	.	.	.	.						.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.				.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.
		166	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180					.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.
Predicted Secondary structure																	.	.	.	.
Query SS confidence																	.	.	.	.
Query Sequence		A	D	E	I	L	Y	A	A	Q	L	C	G	V	Q	D	.	.	.	.	V	F	N	V	G	G	A	Q	A	I	A	A	L	A	F	G	T	E	S	V	P	K	V	D	K	I	F	G	P	G	N	A	F	V	T	E	A	K	R	Q	V	S	Q	R	L	D	G	A	A	I	D	M	P	A	G	P	S	E	V	L	V
Query Conservation																	.	.	.	.
Alig confidence																	.	.	.	.																.	.	.	.																										.											.
Template Conservation																																				.	.	.	.																										.											.
Template Sequence		T	T	E	L	G	R	I	A	K	E	A	G	L	P	D	G	V	L	N	V	I	N	G	T	G	S	V	V	G	Q	T	L	C	E	.	.	.	.	S	P	I	T	K	M	I	T	M	T	G	S	T	V	A	G	K	Q	I	Y	K	T	S	A	E	.	Y	M	T	P	V	M	L	E	L	G	.	G	K	A	P	M
Template Known Secondary structure												T	T			T	T	T						S		T	T	T								.	.	.	.		T	T								S													T	T	.	T	T									.
Template Predicted Secondary structure																																				.	.	.	.																										.											.
Template SS confidence
		189	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.					.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.		.	.	250	.	.	.	.	.	.	.		.	.	260	.	.
		242	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260					.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.																							.
Predicted Secondary structure																					.	.	.	.																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																					.	.	.	.																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		I	A	D	S	G	A	T	P	D	F	V	A	S	D	L	L	S	Q	A	.	.	.	.	E	H	G	P	D	S	Q	V	I	L	L	T	P	A	A	D	M	A	R	R	V	A	E	A	V	E	R	Q	L	A	E	L	P	R	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A
Query Conservation																					.	.	.	.																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																					.	.	.	.														.																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																						.
Template Sequence		V	V	M	D	D	A	D	L	D	K	A	A	E	D	A	L	W	G	R	F	A	N	C	G	Q	V	C	T	C	V	E	R	L	Y	V	H	.	A	S	V	Y	D	E	F	M	A	K	F	L	P	L	V	K	G	L	K	V	G	D	P	M	D	A	D	S	Q	M	G	P	K	C	N	Q	R	E	I	D	N	I	D
Template Known Secondary structure					T	T	S															G	G	G	G		S	T	T	S								.	G	G	G														T			B			T	T	S	T	T		S	B				S
Template Predicted Secondary structure																																						.
Template SS confidence
		263	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.		.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.
		296	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																														310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.		.	.
Predicted Secondary structure																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																			.
Query SS confidence																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																			.
Query Sequence		E	T	A	R	Q	A	L	N	A	S	R	L	I	V	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	K	D	L	A	Q	C	V	E	I	S	N	Q	Y	G	P	E	H	.	L	I
Query Conservation																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																			.
Alig confidence																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																			.
Template Conservation
Template Sequence		H	I	V	H	E	A	I	K	Q	G	A	T	V	A	T	G	G	K	T	A	T	V	E	G	F	E	G	G	C	W	Y	E	P	T	V	L	V	D	V	K	Q	D	N	I	V	V	H	E	E	T	F	G	P	I	L	P	I	V	K	V	S	S	M	E	Q	A	I	E	F	C	N	D	S	I	Y	G	L	S	A	Y
Template Known Secondary structure											T								S	B				T	T			S	S			B							S			T	T	S	G	G	G	T	S				S	S								S											S	S	S			S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		342	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.
		330	.	.	.	.	.				.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.
Predicted Secondary structure								.	.	.
Query SS confidence								.	.	.
Query Sequence		I	Q	T	R	N	A	.	.	.	R	E	L	V	D	S	I	T	S	A	G	S	V	F	L	G	D	W	S	P	E	S	A	G	D	Y	A	S	G	T	N	H	V	L	P	T	Y	G	Y	T	A	T	C	S	S	L	G	L	A	D	F	Q	K	R	M	T	V	Q
Query Conservation								.	.	.
Alig confidence								.	.	.								.																									.	.	.	.
Template Conservation																		.																									.	.	.	.
Template Sequence		V	H	T	Q	S	F	A	N	I	N	Q	A	I	S	D	L	.	E	V	G	E	V	Y	I	N	R	G	M	G	E	Q	H	Q	G	F	H	N	G	W	K	Q	.	.	.	.	S	G	F	G	G	E	D	G	K	F	G	L	E	Q	Y	L	E	K	K	T	V	Y
Template Known Secondary structure																		.		S	S					S			S				T	T	S		B					T	.	.	.	.	T			S		B	S							T	T
Template Predicted Secondary structure																		.																									.	.	.	.
Template SS confidence
		422	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.		.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.					.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.