Job Description Q47155 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 12:36:31 GMT 2012 Rank 3 Aligned Residues 336 % Identity 20% Template c1jihA_ PDB info PDB header:translation Chain: A: PDB Molecule:dna polymerase eta; PDBTitle: yeast dna polymerase eta Resolution 2.25 Å

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		1	.	.	.	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.
Predicted Secondary structure																																																																										.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																																										.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		M	R	K	I	I	H	V	D	M	D	C	F	F	A	A	V	E	M	R	D	N	P	A	L	R	D	I	P	I	A	I	G	G	S	R	E	R	R	G	V	I	S	T	A	N	Y	P	A	R	K	F	G	V	R	S	A	M	P	T	G	M	A	L	K	L	C	P	H	L	T	L	L	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																																																																										.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																				.	.	.	.																																			.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																				.	.	.	.
Template Sequence		L	A	C	I	A	H	I	D	M	N	A	F	F	A	Q	V	E	Q	M	R	C	G	L	S	K	E	D	P	V	V	C	V	Q	W	.	.	.	.	N	S	I	I	A	V	S	Y	A	A	R	K	Y	G	I	S	R	M	D	T	I	Q	E	A	L	K	K	C	S	N	L	I	P	I	H	T	A	V	F	K	K	G
Template Known Secondary structure		T									T	T										T	T			T	T	S							T	.	.	.	.	T											T	T	T			T	T	S										T	T											T	T
Template Predicted Secondary structure																																				.	.	.	.
Template SS confidence
		23	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.					.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.
																												73	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	P	G	R	F	D	A	Y	K	E	A	S	N	H	I	R	E	I	F	S	R	Y	T	S	R	I	E	P	L	S	L	D	E	A	Y	L	D	V	T	D	S	V	H	C	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		E	D	F	W	Q	Y	H	D	G	C	G	S	W	V	Q	D	P	A	K	Q	I	S	V	E	D	H	K	V	S	L	E	P	Y	R	R	E	S	R	K	A	L	K	I	F	K	S	A	C	D	L	V	E	R	A	S	I	D	E	V	F	L	D	L	G	R	I	C	F	N	M	L	M	F	D	N	E	Y	E	L	T
Template Known Secondary structure			S	S					T	T		S	T	T		S		T	T	S				S	S	S																								S							T	T																			S		B	S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		99	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.
																																																													116	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	H	G	S	A	T	L	I	A	Q	E	I	R	Q	T	I	F	N	E	L	Q	L
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		G	D	L	K	L	K	D	A	L	S	N	I	R	E	A	F	I	G	G	N	Y	D	I	N	S	H	L	P	L	I	P	E	K	I	K	S	L	K	F	E	G	D	V	F	N	P	E	G	R	D	L	I	T	D	W	D	D	V	I	L	A	L	G	S	Q	V	C	K	G	I	R	D	S	I	K	D	I	L	G	Y
Template Known Secondary structure		S	S		B					T												S		T	T	S	B						G	G	G	G	G					S					T	T				S			S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		179	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.
		137	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.			.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.								.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																								.	.																						.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																								.	.																						.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		T	A	S	A	G	V	A	P	V	K	F	L	A	K	I	A	S	D	M	N	K	P	N	G	Q	F	V	I	T	P	A	E	V	P	A	F	L	Q	.	.	T	L	P	L	A	K	I	P	G	V	G	K	V	S	A	A	K	L	E	A	M	.	.	.	.	.	.	.	G	L	R	T	C	G	D	V	Q	K	C	D
Query Conservation																																								.	.																						.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																								.	.																						.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		T	T	S	C	G	L	S	S	T	K	N	V	C	K	L	A	S	N	Y	K	K	P	D	A	Q	T	I	V	K	N	D	C	L	L	D	F	L	D	C	G	K	F	E	I	T	S	F	W	T	L	G	G	V	L	G	K	E	L	I	D	V	L	D	L	P	H	E	N	S	I	K	H	I	R	E	T	W	P	D	N
Template Known Secondary structure									S	S									T	T	T		S	S							G	G	G						T	S	S	S			G	G	G	S	G	G	G	S	S										T	T			S	S	S									S		S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		259	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.
		208	.	210	.	.	.	.	.	.																						.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.		250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																		.
Query SS confidence											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																		.
Query Sequence		L	V	M	L	L	K	R	F	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	K	F	G	R	I	L	W	E	R	S	Q	G	I	D	E	R	D	V	N	S	E	R	L	R	K	S	V	G	V	E	R	T	M	.	A	E	D	I	H	H	W	S	E	C	E	A	I	I	E	R
Query Conservation											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																		.
Alig confidence											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																		.
Template Conservation
Template Sequence		A	G	Q	L	K	E	F	L	D	A	K	V	K	Q	S	D	Y	D	R	S	T	S	N	I	D	P	L	K	T	A	D	L	A	E	K	L	F	K	L	S	R	G	R	Y	G	L	P	L	S	S	R	P	V	V	K	S	M	M	S	N	K	N	L	R	G	K	S	C	N	S	I	V	D	C	I	S	W	L	E	V
Template Known Secondary structure														T	S	T	T			T	T	T		S	S		T	T													T	T	T																							T	T	T	T		S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		339	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.
		266	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.					.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.					.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.							.	.	.	.	.	.	330	.
Predicted Secondary structure													.	.	.	.																														.	.	.	.																			.	.	.	.	.	.
Query SS confidence													.	.	.	.																														.	.	.	.																			.	.	.	.	.	.
Query Sequence		L	Y	P	E	L	E	R	R	L	A	K	.	.	.	.	V	K	P	D	L	L	I	A	R	Q	G	V	K	L	K	F	D	D	F	Q	Q	T	T	Q	E	H	V	W	P	.	.	.	.	R	L	N	K	A	D	L	I	A	T	A	R	K	T	W	D	E	R	.	.	.	.	.	.	R	G	G	R	G	V	R	L
Query Conservation													.	.	.	.																														.	.	.	.																			.	.	.	.	.	.
Alig confidence													.	.	.	.																														.	.	.	.																			.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		F	C	A	E	L	T	S	R	I	Q	D	L	E	Q	E	Y	N	K	I	V	I	P	R	T	V	S	I	S	L	K	T	K	S	Y	E	V	Y	R	K	S	G	P	V	A	Y	K	G	I	N	F	Q	S	H	E	L	L	K	V	G	I	K	F	V	T	D	L	D	I	K	G	K	N	K	S	Y	Y	P	L	T	K
Template Known Secondary structure																	T	T															T	T													S	S	S	S																					T	S	S	S	S		S	S		S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		419	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.
		332	.	.	.	.	.	.	.	340
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		V	G	L	H	V	T	L	L	D
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		L	S	M	T	I	T	N	F	D
Template Known Secondary structure
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		499	500	.	.	.	.	.	.	.