Job Description P75857 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 12:15:06 GMT 2012 Rank 2 Aligned Residues 465 % Identity 50% Template c3ohnA_ PDB info PDB header:membrane protein Chain: A: PDB Molecule:outer membrane usher protein fimd; PDBTitle: crystal structure of the fimd translocation domain Resolution 3.01 Å

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		174	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		A	L	L	L	G	Y	S	F	S	G	A	N	S	I	H	S	S	A	D	S	D	S	G	D	S	Y	F	L	N	L	N	S	G	V	N	L	G	P	W	R	L	R	N	N	S	T	W	S	R	S	S	G	Q	T	A	E	W	K	N	L	S	S	Y	L	Q	R	A	V	I	P	L	K	G	E	L	T	V	G	D	D
Query Conservation
Alig confidence																			.	.																																				.	.
Template Conservation																			.	.																																				.	.
Template Sequence		A	G	L	L	N	Y	N	F	S	G	N	S	V	Q	N	R	I	.	.	G	G	N	S	H	Y	A	Y	L	N	L	Q	S	G	L	N	I	G	A	W	R	L	R	D	N	T	T	W	S	Y	N	S	S	N	K	.	.	W	Q	H	I	N	T	W	L	E	R	D	I	I	P	L	R	S	R	L	T	L	G	D	G
Template Known Secondary structure																	S	T	.	.	T																S	S	S																	.	.													T	T	T	T
Template Predicted Secondary structure																			.	.																																				.	.
Template SS confidence
		139	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.			.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190			.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.
		254	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		Y	T	A	G	D	F	F	D	S	V	S	F	R	G	V	Q	L	A	S	D	D	N	M	L	P	D	S	L	K	G	F	A	P	V	V	R	G	I	A	K	S	N	A	Q	I	T	I	K	Q	N	G	Y	T	I	Y	Q	T	Y	V	S	P	G	A	F	E	I	S	D	L	Y	S	T	S	S	S	G	D	L	L	V
Query Conservation
Alig confidence																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		Y	T	Q	G	D	I	F	D	G	I	N	F	R	G	A	Q	L	A	S	D	D	N	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	P	V	I	H	G	I	A	R	G	T	A	Q	V	T	I	K	Q	N	G	Y	D	I	Y	N	S	T	V	P	P	G	P	F	T	I	N	D	I	Y	A	A	G	N	S	G	D	L	Q	V
Template Known Secondary structure					T	T	S	S																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.								S	S	S								T	T										S											T	T	T	T	S
Template Predicted Secondary structure																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		222	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.											.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.
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Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		E	I	K	E	A	D	G	S	V	N	S	Y	S	V	P	F	S	S	V	P	L	L	Q	R	Q	G	R	I	K	Y	A	V	T	L	A	K	Y	R	T	N	S	N	E	Q	Q	E	S	K	F	A	Q	A	T	L	Q	W	G	G	P	W	G	T	T	W	Y	G	G	G	Q	Y	A	E	Y	Y	R	A	A	M	F	G
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		T	I	K	E	A	D	G	S	T	Q	I	F	T	V	P	Y	S	S	V	P	L	L	Q	R	E	G	H	T	R	Y	S	I	T	A	G	E	Y	R	S	G	N	A	Q	Q	E	K	P	R	F	F	Q	S	T	L	L	H	G	L	P	A	G	W	T	I	Y	G	G	T	Q	L	A	D	R	Y	R	A	F	N	F	G
Template Known Secondary structure						S	S	S																		T	T															S	T	T																G	G	G											S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		302	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.
		414	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		L	G	F	N	L	G	D	F	G	A	I	S	F	D	A	T	Q	A	K	S	T	L	A	D	Q	S	E	H	K	G	Q	S	Y	R	F	L	Y	A	K	T	L	N	H	L	G	T	N	F	Q	L	M	G	Y	R	Y	S	T	S	G	F	Y	T	L	S	D	T	M	Y	K	H	M	D	G	Y	E	F	N	D	G	D
Query Conservation
Alig confidence																																											.	.	.																													.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																											.	.	.																													.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		I	G	K	N	M	G	A	L	G	A	L	S	V	D	M	T	Q	A	N	S	T	L	P	D	D	S	Q	H	D	G	Q	S	V	R	F	L	Y	N	K	S	L	.	.	.	G	T	N	I	Q	L	V	G	Y	R	Y	S	T	S	G	Y	F	N	F	A	D	T	T	Y	S	R	M	N	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure								T	T															T	T																		.	.	.														T	T								S	S		S			.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																											.	.	.																													.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		382	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.				.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450
		494	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		D	E	D	T	P	M	W	S	R	Y	Y	N	L	F	Y	T	K	R	G	K	L	Q	V	N	I	S	Q	Q	L	G	E	Y	G	S	F	Y	L	S	G	S	Q	Q	T	Y	W	H	T	D	Q	Q	D	R	L	L	Q	F	G	Y	N	T	Q	I	K	D	L	S	L	G	I	S	W	N	Y	S	K	S	R	G	Q	P
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	G	T	D	Y	Y	N	L	A	Y	N	K	R	G	K	L	Q	L	T	V	T	Q	Q	L	G	R	T	S	T	L	Y	L	S	G	S	H	Q	T	Y	W	G	T	S	N	V	D	E	Q	F	Q	A	G	L	N	T	A	F	E	D	I	N	W	T	L	S	Y	S	L	T	K	N	A	W	Q	K
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.							T	T	S															T	T	T													S	S	S																S	S													T	T	T
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
								454	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.
		574	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.				.	.	.	.	.	650
Predicted Secondary structure																																																																									.	.	.
Query SS confidence																																																																									.	.	.
Query Sequence		D	A	D	Q	V	F	A	L	N	F	S	L	P	L	N	L	L	L	P	R	S	N	D	S	Y	T	R	K	K	N	Y	A	W	M	T	S	N	T	S	I	D	N	E	G	H	T	T	Q	N	L	G	L	T	E	T	L	L	D	D	G	N	L	S	Y	S	V	Q	Q	G	Y	N	.	.	.	S	E	G	K	T	A
Query Conservation																																																																									.	.	.
Alig confidence																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																								.	.	.
Template Conservation																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		G	R	D	Q	M	L	A	L	N	V	N	I	P	F	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	A	S	Y	S	M	S	H	D	L	N	G	R	M	T	N	L	A	G	V	Y	G	T	L	L	E	D	N	N	L	S	Y	S	V	Q	T	G	Y	A	G	G	G	D	G	N	S	G	S
Template Known Secondary structure																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.												T	T													T	T	T	T												T	T	S	S
Template Predicted Secondary structure																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		544	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.																		.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.
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Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		N	G	S	A	S	M	D	Y	K	G	A	F	A	D	A	R	V	G	Y	N	Y	S	D	N	G	S	Q	Q	Q	L	N	Y	A	L	S	G	S	L
Query Conservation
Alig confidence																							.	.
Template Conservation																							.	.
Template Sequence		T	G	Y	A	T	L	N	Y	R	G	G	Y	G	N	A	N	I	G	Y	S	H	.	.	S	D	D	I	K	Q	L	Y	Y	G	V	S	G	G	V
Template Known Secondary structure											S	S	S										.	.		S	S
Template Predicted Secondary structure																							.	.
Template SS confidence
		621	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.			.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.