Job Description P75857 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 12:15:06 GMT 2012 Rank 3 Aligned Residues 467 % Identity 27% Template c2vqiA_ PDB info PDB header:transport Chain: A: PDB Molecule:outer membrane usher protein papc; PDBTitle: structure of the p pilus usher (papc) translocation pore Resolution 3.2 Å

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		175	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.								.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																						.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																						.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		L	L	L	G	Y	S	F	S	G	A	N	S	I	H	S	S	A	D	S	D	S	G	D	S	Y	F	L	N	L	N	S	G	V	N	L	G	P	W	R	L	R	N	N	S	T	W	S	R	S	S	G	Q	.	.	.	.	.	.	.	T	A	E	W	K	N	L	S	S	Y	L	Q	R	A	V	I	P	L	K	G	E
Query Conservation																																																						.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																		.	.																		.																	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																		.	.																		.
Template Sequence		L	X	L	D	Y	N	L	N	G	T	V	S	R	N	Y	Q	.	.	G	G	D	S	H	Q	F	S	Y	N	G	T	V	G	G	N	L	.	P	W	R	L	R	A	D	Y	Q	G	S	Q	E	Q	S	R	Y	N	G	E	K	T	T	N	R	N	F	T	W	S	R	F	Y	L	F	R	A	I	P	R	W	R	A	N
Template Known Secondary structure																S	S	.	.	S															B		.																		S	S																				T	T	T	S
Template Predicted Secondary structure																		.	.																		.
Template SS confidence
		146	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.			.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.		.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.
		248	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		L	T	V	G	D	D	Y	T	A	G	D	F	F	D	S	V	S	F	R	G	V	Q	L	A	S	D	D	N	M	L	P	D	S	L	K	G	F	A	P	V	V	R	G	I	A	K	S	N	A	Q	I	T	I	K	Q	N	G	Y	T	I	Y	Q	T	Y	V	S	P	G	A	F	E	I	S	D	L	Y	S	T	S	S
Query Conservation
Alig confidence																											.	.	.																																																	.
Template Conservation																											.	.	.																																																	.
Template Sequence		L	T	L	G	E	N	N	I	N	S	D	I	F	R	S	W	S	Y	T	G	A	S	L	E	S	.	.	.	X	L	P	P	R	L	R	G	Y	A	P	Q	I	T	G	I	A	E	T	N	A	R	V	V	V	S	Q	Q	G	R	V	L	Y	D	S	X	V	P	A	G	P	F	S	I	Q	D	L	D	.	S	S	V
Template Known Secondary structure												S	S	S													.	.	.				G	G	G	S											S	S	S								T	T										S										.	T	T
Template Predicted Secondary structure																											.	.	.																																																	.
Template SS confidence
		224	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.				.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.		.	.	.
		328	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		S	G	D	L	L	V	E	I	K	E	A	D	G	S	V	N	S	Y	S	V	P	F	S	S	V	P	L	L	Q	R	Q	G	R	I	K	Y	A	V	T	L	A	K	Y	R	T	N	S	N	E	Q	Q	E	S	K	F	A	Q	A	T	L	Q	W	G	G	P	W	G	T	T	W	Y	G	G	G	Q	Y	A	E	Y	Y
Query Conservation
Alig confidence																																														.	.	.	.
Template Conservation																																														.	.	.	.
Template Sequence		R	G	R	L	D	V	E	V	I	E	Q	N	G	R	K	K	T	F	Q	V	D	T	A	S	V	P	Y	L	T	R	P	G	Q	V	R	Y	K	L	V	S	G	R	S	R	.	.	.	.	G	Y	E	G	P	V	F	A	T	G	E	A	S	W	G	L	S	N	Q	W	S	L	Y	G	G	A	V	L	A	G	D	Y
Template Known Secondary structure			S									T	T	S																		T	T													.	.	.	.																	S	S	S											S	S
Template Predicted Secondary structure																																														.	.	.	.
Template SS confidence
		303	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.					.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.
		408	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		R	A	A	M	F	G	L	G	F	N	L	G	D	F	G	A	I	S	F	D	A	T	Q	A	K	S	T	L	A	D	Q	S	E	H	K	G	Q	S	Y	R	F	L	Y	A	K	T	L	N	H	L	G	T	N	F	Q	L	M	G	Y	R	Y	S	T	S	G	F	Y	T	L	S	D	T	M	Y	K	H	M	D	G	Y
Query Conservation
Alig confidence																																																	.	.	.	.																												.	.
Template Conservation																																																	.	.	.	.																												.	.
Template Sequence		N	A	L	A	A	G	A	G	W	D	L	G	V	P	G	T	L	S	A	D	I	T	Q	S	V	A	R	I	E	G	E	R	T	F	Q	G	K	S	W	R	L	S	Y	S	K	R	F	.	.	.	.	D	D	I	T	F	A	G	Y	R	F	S	E	R	N	Y	X	T	X	E	Q	Y	L	N	A	R	Y	R	.	.
Template Known Secondary structure													S	S	S															T	T	T																	.	.	.	.													T	T													S	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																	.	.	.	.																												.	.
Template SS confidence
		383	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.					430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.
		488	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.		.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.		.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																									.																					.
Query SS confidence																																									.																					.
Query Sequence		E	F	N	D	G	D	D	E	D	T	P	M	W	S	R	Y	Y	N	L	F	Y	T	K	R	G	K	L	Q	V	N	I	S	Q	Q	L	G	E	Y	G	.	S	F	Y	L	S	G	S	Q	Q	T	Y	W	H	T	D	Q	Q	D	R	L	.	L	Q	F	G	Y	N	T	Q	I	K	D	L	S	L	G	I	S	W	N
Query Conservation																																									.																					.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																								.																					.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	N	D	Y	S	S	R	E	K	E	X	Y	T	V	T	L	N	K	N	V	A	D	W	N	T	S	F	N	L	Q	Y	S	R	Q	T	Y	W	D	I	R	K	T	D	Y	Y	T	V	S	V	N	R	Y	F	N	V	F	L	Q	G	V	A	V	G	L	S
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																				T	T	T	T													S	S	S																S	S	S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																		461	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.
		566	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		Y	S	K	S	R	G	Q	P	D	A	D	Q	V	F	A	L	N	F	S	L	P	L	N	L	L	L	P	R	S	N	D	S	Y	T	R	K	K	N	Y	A	W	M	T	S	N	T	S	I	D	N	E	G	H	T	T	Q	N	L	G	L	T	E	T	L	L	D	D	G	N	L	S	Y	S	V	Q	Q	G	Y	N	S
Query Conservation
Alig confidence																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		A	S	R	S	K	Y	L	G	R	D	N	D	S	A	Y	L	R	I	S	V	P	L	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	G	T	A	S	Y	S	G	S	X	S	N	D	R	Y	V	N	X	A	G	Y	T	D	T	F	N	D	G	L	D	S	Y	S	L	N	A	G	L	N	S
Template Known Secondary structure								T	T															T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T											T	T													G	G	G	T
Template Predicted Secondary structure																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		526	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.																		.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.
		646		.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.
Predicted Secondary structure			.
Query SS confidence			.
Query Sequence		E	.	G	K	T	A	N	G	S	A	S	M	D	Y	K	G	A	F	A	D	A	R	V	G	Y	N	Y	S	D	N	G	S	Q	Q	Q	L	N	Y	A	L	S	G	S	L	V	A	H	S
Query Conservation			.
Alig confidence			.																										.
Template Conservation																													.
Template Sequence		G	L	T	S	Q	R	Q	I	N	A	Y	Y	S	H	R	S	P	L	A	N	L	S	A	N	I	A	S	.	L	Q	K	G	Y	T	S	F	G	V	S	A	S	G	G	A	T	I	T	G
Template Known Secondary structure																		T	T										.		T	T	S
Template Predicted Secondary structure																													.
Template SS confidence
		589	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.		.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.